PDB-4b9n: Structure of the high fidelity DNA polymerase I correctly bypassi...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4b9n

タイトル

Structure of the high fidelity DNA polymerase I correctly bypassing the oxidative formamidopyrimidine-dA DNA lesion.

要素

5'-D(*CP*AP*AP*(FAX)*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'
5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*TP)-3'
DNA POLYMERASE

キーワード

TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / OXIDATIVE DNA LESION / DNA DAMAGE / TRANS LESION SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Arnold, S. / Schneider, S. / Carell, T.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Unexpected Non-Hoogsteen-Based Mutagenicity Mechanism of Fapy-DNA Lesions.
著者: Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Gasteiger, K.L. / Schneider, S. / Arnold, S. / Muller, H.C. / Stephenson, D.S. / Zipse, H. / Carell, T.

履歴

登録	2012年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.3	2013年7月3日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4b9n_full_validation.pdf.gz	894.2 KB	表示
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CIF形式データ	4b9n_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9n	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: DNA POLYMERASE

B: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*TP*TP*TP)-3'

C: 5'-D(*CP*AP*AP*(FAX)*AP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'

ヘテロ分子

79.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.452, 93.726, 105.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖	5'-D(GPCPCPTPGPAPCPTPCPTPTPTPTP)-3' 分子量: 3908.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS* (バクテリア)
#3: DNA鎖	5'-D(CPAPAP(FAX)APGPAPGPTPCPAPGPGPCPTP)-3' 分子量: 4643.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS* (バクテリア)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

DNA POLYMERASE

分子量: 70446.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
プラスミド: PDEST007 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase

#4: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 247分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	RESI 1-3 IN CHAIN B ARE DISORDERED RESI 1 AND 13-15 IN CHAIN C ARE DISORDERED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.89 Å / Num. obs: 45055 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.48 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B9M

4b9m

解像度: 2.2→45.892 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	4282	5 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1849	44989	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.497 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.5147 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.9063 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.6083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4660	433	49	241	5383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	7275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.73	2064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	819
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	862

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2003-2.2253	0.2931	135	0.2541	2599	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2253-2.2515	0.2996	141	0.2618	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2515-2.2789	0.2702	144	0.2395	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2789-2.3078	0.2681	141	0.2266	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3078-2.3382	0.2852	139	0.225	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3382-2.3702	0.2691	144	0.2268	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3702-2.404	0.2546	150	0.2206	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.4399	0.2564	146	0.2207	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4399-2.478	0.2526	144	0.2171	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.5187	0.2372	149	0.2081	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5187-2.5621	0.2308	143	0.2076	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5621-2.6087	0.2421	149	0.2166	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6087-2.6589	0.2733	132	0.2105	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6589-2.7131	0.2435	149	0.2056	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7131-2.7721	0.2127	141	0.1976	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7721-2.8366	0.2479	146	0.1913	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8366-2.9075	0.235	138	0.199	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9075-2.9861	0.2632	135	0.2117	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9861-3.074	0.2412	152	0.1995	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.074-3.1732	0.222	148	0.1963	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1732-3.2865	0.2861	140	0.1946	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2865-3.4181	0.2237	142	0.1763	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4181-3.5736	0.1952	153	0.1657	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5736-3.7619	0.1782	135	0.1549	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7619-3.9975	0.175	138	0.1476	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9975-4.3059	0.1425	142	0.1352	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3059-4.7388	0.1613	145	0.1345	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7388-5.4236	0.1722	141	0.1532	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4236-6.8296	0.2212	138	0.1957	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8296-45.9016	0.2073	142	0.171	2706	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6153	-0.8854	0.1678	1.7226	-0.2236	1.3019	-0.1509	-0.3771	-0.0518	0.3678	0.2099	0.0128	-0.0497	-0.0501	-0.018	0.229	0.0295	0.0212	0.2253	0.0057	0.1659	-10.3732	-18.3688	54.6537
2	0.9202	-0.3668	0.0073	1.2114	-0.2998	0.9701	-0.0073	-0.0603	-0.0833	0.0573	0.0224	0.026	0.0937	0.0048	0.0018	0.1409	-0.0021	0.0031	0.1797	0.0051	0.1837	-8.6527	-19.1586	40.1719
3	0.6163	0.3553	1.1952	0.7462	0.7938	2.367	0.0251	-0.0548	0.083	-0.5108	-0.0126	0.0701	-0.109	-0.3896	0.0838	0.4755	-0.0534	-0.0584	0.3637	0.0097	0.263	-39.3584	-7.781	10.4487
4	1.0948	0.0281	-0.176	1.163	-0.0492	0.5187	0.1003	0.0656	0.0517	-0.1601	-0.0527	0.2908	-0.0662	-0.1421	-0.0316	0.1833	0.0044	-0.01	0.2081	-0.0253	0.2221	-22.186	-0.2465	29.0199
5	1.6517	-0.4218	0.8837	0.4206	-0.0695	1.5661	0.1569	0.1557	-0.233	-0.1554	0.0403	0.2354	0.2197	-0.0581	-0.1093	0.1858	-0.0188	-0.0601	0.1619	-0.0019	0.208	-6.7987	-0.5984	3.4137
6	0.9374	-0.4215	-0.2168	1.0825	-0.3151	0.6813	0.1007	0.0615	-0.0085	-0.2077	-0.0527	0.0061	0.0011	0.0411	-0.0486	0.1471	-0.0012	0.0057	0.1564	-0.0027	0.1462	-3.4991	-4.1317	20.0295
7	2.4599	0.3718	1.2547	4.2395	1.342	2.1585	0.0788	0.5032	0.24	-0.3602	0.1935	-0.0645	-0.1298	-0.0108	-0.1367	0.3616	0.0381	-0.0006	0.2688	0.0152	0.2213	-22.0219	11.1395	25.0263
8	1.5078	0.3748	-1.3398	2.1945	-2.0341	5.3409	0.0451	-0.269	-0.0799	0.113	-0.0974	-0.0291	0.3857	0.3833	0.1718	1.0674	-0.2135	0.034	0.9043	0.4271	0.6557	-30.3196	-25.9279	22.6905
9	2.0445	-0.2855	-0.2549	0.8297	-0.9165	1.2675	-0.1152	-0.2094	0.5546	-0.395	0.1011	-0.5873	0.2089	-0.0103	0.0381	0.3826	-0.0543	0.0073	0.3947	-0.0204	0.4925	-24.9867	-9.3116	15.1868
10	1.1356	0.0029	0.9901	2.5081	-0.256	1.8706	-0.0084	-0.1325	0.1816	-0.5954	-0.0128	-0.2719	1.058	-0.2204	-0.0523	0.4176	-0.0461	0.0643	0.3814	-0.0005	0.3732	-22.5793	-13.3128	20.5744
11	1.1872	0.053	0.2054	1.1481	-0.7782	1.4119	-0.0754	-0.0955	-0.6744	-0.2016	0.072	-0.036	0.4661	-0.1465	0.0651	0.986	-0.4742	-0.2278	0.6424	0.2949	0.7373	-38.3767	-25.8416	19.5697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 297:368)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 369:494)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 495:585)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 586:654)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 655:732)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 733:868)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 869:876)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:4)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 5:11)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 4:10)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 11:14)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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