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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b9g | ||||||
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タイトル | Structure of CssB subunit complemented with donor strand from CssA subunit of enterotoxigenic Escherichia coli colonization factor CS6 | ||||||
![]() | CS6 FIMBRIAL SUBUNIT B, CS6 FIMBRIAL SUBUNIT A | ||||||
![]() | CELL ADHESION / DIARRHEAL DISEASE / FIMBRIAE / FUSION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | CS6 fimbrial subunit A/B / CS6 fimbrial subunits A and B, Coli surface antigen 6 / Immunoglobulin-like - #3480 / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CS6 fimbrial subunit A / CS6 fimbrial subunit B![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roy, S.P. / Rahman, M.M. / Yu, X.D. / Tuittila, M. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Enterotoxigenic Escherichia Coli Colonization Factor Cs6 Reveals a Novel Type of Functional Assembly. 著者: Roy, S.P. / Rahman, M.M. / Yu, X.D. / Tuittila, M. / Knight, S.D. / Zavialov, A.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17557.283 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 30-167 OF CSSB1 AND 19-34 OF CSSA1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000 IN 0.2 M NA ACETATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日 / 詳細: BAND PASS 1.9X10-4 FOR A SI(111) MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→27.28 Å / Num. obs: 124292 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 5.833 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.04→27.286 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.822 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.04→27.286 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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