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- PDB-4b96: Family 3b carbohydrate-binding module from the biomass sensoring ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b96
タイトルFamily 3b carbohydrate-binding module from the biomass sensoring system of Clostridium clariflavum
要素CELLULOSE BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN SYSTEM / CELLULOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Endoglucanase-like / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Endoglucanase-like / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM CLARIFLAVUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.911 Å
データ登録者Yaniv, O. / Reddy, Y.H.K. / Yoffe, H. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Cbm3B from the Biomass Sensoring System of Clostridium Clarifalvum
著者: Yaniv, O. / Reddy, Y.H.K. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.
履歴
登録2012年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1655
ポリマ－18,0191
非ポリマー1464
水3,063170
1
A: CELLULOSE BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子

A: CELLULOSE BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33110
ポリマ－36,0382
非ポリマー2938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area2730 Å2
ΔGint-100.3 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.212, 135.212, 54.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2068-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CELLULOSE BINDING DOMAIN-CONTAINING PROTEIN


分子量: 18018.988 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 333-480 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM CLARIFLAVUM (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 19732 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G8LST1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M NACL, 0.1 M NA ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED CHANNEL-CUT SILICON MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 23184 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.68 % / Biso Wilson estimate: 22.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM 0404 CBM3B

解像度: 1.911→49.278 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 1051 5.1 %
Rwork0.1528 --
obs0.1546 20626 47.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 378 Å2 / ksol: 0.69 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.911→49.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 4 170 1453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6671851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.853489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.149183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9115-1.99850.225700.1991189X-RAY DIFFRACTION23
1.9985-2.10380.22091060.18312142X-RAY DIFFRACTION42
2.1038-2.23560.21451390.16982496X-RAY DIFFRACTION49
2.2356-2.40830.19511620.17382613X-RAY DIFFRACTION51
2.4083-2.65060.21871240.16442718X-RAY DIFFRACTION53
2.6506-3.03410.22231660.15852726X-RAY DIFFRACTION54
3.0341-3.82240.17851550.13282755X-RAY DIFFRACTION54
3.8224-49.29480.1511290.14222936X-RAY DIFFRACTION57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5243-3.46520.38814.7663-0.18772.2954-0.2103-0.2462-0.75490.0650.11680.4694-0.0293-0.53530.04450.1625-0.0238-0.00410.243-0.02410.197465.001953.9795.2808
29.45731.66492.29446.1856-1.10587.2309-0.0027-0.1824-0.90890.02120.1313-0.53470.21720.004-0.07620.18240.0291-0.0160.2351-0.0350.265388.84649.69558.3476
32.71240.15840.12931.7430.16541.8137-0.02680.2320.058-0.2120.04780.0576-0.0746-0.03240.01180.1424-0.001-0.00590.12250.00540.117577.575658.5048-0.0595
42.91760.1378-0.43610.9428-2.03564.7743-0.0490.48890.1783-0.8130.2442-0.235-0.79520.459-0.25760.26290.03450.03740.230.0330.174781.930464.3831-4.0539
53.08290.50090.57182.4548-0.14421.97280.00710.07730.2563-0.11890.00750.0358-0.1682-0.07750.08780.1529-0.02060.01110.1452-0.00450.140578.97961.62492.3274
63.47614.6617-4.05929.2247-6.79135.4396-0.19180.1842-0.0812-0.53590.3475-0.26280.5376-0.15680.06170.1934-0.0616-0.00750.2761-0.02270.27596.665458.83935.837
73.5808-0.33450.38451.73830.29873.32630.0345-0.1620.00910.0485-0.0314-0.0740.15250.04210.00350.0952-0.03540.01070.11290.01540.095875.563156.440810.7585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 19 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 20 THROUGH 64 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 65 THROUGH 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 76 THROUGH 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 110 THROUGH 116 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 117 THROUGH 151 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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