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- PDB-4b7j: H1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b7j
タイトルH1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neuraminidase Mutant Explained by Kinetic and Structural Analysis
要素NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / NEURAMINIDASE INHIBITOR / NAI / NAIS / OSELTAMIVIR / ZANAMIVIR / ANTIVIRAL RESISTANCE / IMMUNOCOMPROMISED / H275Y
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G39 / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.417 Å
データ登録者van der Vries, E. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Liu, J. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. ...van der Vries, E. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Liu, J. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. / Martin, S.R. / Boucher, C.A.B. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: H1N1 2009 Pandemic Influenza Virus: Resistance of the I223R Neuraminidase Mutant Explained by Kinetic and Structural Analysis
著者: Van Der Vries, E. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Liu, J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. / Martin, S.R. / Boucher, C.A.B. / ...著者: Van Der Vries, E. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Xiong, X. / Liu, J. / Walker, P.A. / Haire, L.F. / Hay, A.J. / Schutten, M. / Osterhaus, A.D.M.E. / Martin, S.R. / Boucher, C.A.B. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6876
ポリマ－51,6991
非ポリマー9885
水4,161231
1
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,74724
ポリマ－206,7954
非ポリマー3,95220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17530 Å2
ΔGint-80.3 kcal/mol
Surface area45310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.550, 118.550, 67.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2091-

HOH

21A-2131-

HOH

31A-2132-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NEURAMINIDASE / 2009 N1 NEURAMINIDASE


分子量: 51698.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OSELTAMIVIR LIGAND BOUND
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/NETHERLANDS/2631_1202/2010 / 解説: PATIENT ISOLATE / Variant: H1N1 / プラスミド: PHW2000 / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: F8UU09
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト


分子量: 284.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O4 / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER (PH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→83.83 Å / Num. obs: 19102 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.417→83.828 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 931 5.1 %
Rwork0.1892 --
obs0.1914 18127 95.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.23 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2907 Å20 Å20 Å2
2---0.2907 Å20 Å2
3---0.5814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.417→83.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2998 0 63 231 3292
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8344268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2551131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4173-2.54470.2779970.23951628X-RAY DIFFRACTION65
2.5447-2.70410.28971540.24612531X-RAY DIFFRACTION100
2.7041-2.91290.28121460.21582522X-RAY DIFFRACTION100
2.9129-3.20610.22631570.18942529X-RAY DIFFRACTION100
3.2061-3.670.20191360.16282575X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.62380.18911130.14972632X-RAY DIFFRACTION100
4.6238-83.87790.22511280.19422779X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2676-0.0057-0.06870.3491-0.0390.2029-0.03580.08940.0459-0.0810.03130.1386-0.0399-0.0140.00990.0845-0.0255-0.06610.0710.0159-0.004341.0666-0.35919.2582
20.2294-00.04110.26040.00060.15220.02050.0381-0.06610.0660.00040.05050.0358-0.00160.00160.05850.015-0.0209-0.10690.02370.138930.8224-9.89327.3019
30.06550.0561-0.09770.2914-0.03610.16870.0210.21020.0718-0.16630.04090.29730.0016-0.2276-0.0587-0.21080.0496-0.19250.09680.0460.069418.76655.221619.6329
40.42890.0323-0.12820.2938-0.08570.27290.07420.13580.1845-0.1240.01930.1473-0.0637-0.00840.1532-0.00830.0178-0.07020.06890.04950.094632.59268.483717.9131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 83:156)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 157:311)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 312:376)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 377:469)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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