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- PDB-4b6z: Crystal structure of metallo-carboxypeptidase from Burkholderia c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b6z
タイトルCrystal structure of metallo-carboxypeptidase from Burkholderia cenocepacia
要素FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3120 / Cytosolic carboxypeptidase, N-terminal / : / Cytosolic carboxypeptidase N-terminal domain / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase ...Immunoglobulin-like - #3120 / Cytosolic carboxypeptidase, N-terminal / : / Cytosolic carboxypeptidase N-terminal domain / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Family M14 unassigned peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Joosten, R.P. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: High-Resolution Structure of the M14-Type Cytosolic Carboxypeptidase from Burkholderia Cenocepacia Refined Exploiting Pdb_Redo Strategies.
著者: Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Joosten, R.P. / Hunter, W.N.
履歴
登録2012年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
B: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
C: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
D: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,75932
ポリマ－180,7864
非ポリマー1,97428
水18,8981049
1
A: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5976
ポリマ－45,1961
非ポリマー4015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6658
ポリマ－45,1961
非ポリマー4687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6358
ポリマ－45,1961
非ポリマー4387
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,86310
ポリマ－45,1961
非ポリマー6669
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.897, 85.947, 289.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE


分子量: 45196.402 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZINC IS COORDINATED BY H171, E174, H268
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656 / プラスミド: PET15BTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EEQ5

-
非ポリマー , 7種, 1077分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 NL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 150 MM NACL AND 0.5 MM ZINC SULPHATE) WERE MIXED AT 1:1 RATIO WITH RESERVOIR (0.2M LITHIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 AND 0. ...詳細: 100 NL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 150 MM NACL AND 0.5 MM ZINC SULPHATE) WERE MIXED AT 1:1 RATIO WITH RESERVOIR (0.2M LITHIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 AND 0.1M BIS-TRIS, PH 5.5) EQUILIBRATED AGAINST A 70 UL RESERVOIR. CRYSTALS WERE OBSERVED AFTER THREE DAYS.

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 124234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K2K

3k2k


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.009 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. RESIDUE 1 IN CHAINS A,B AND C. RESIDUES 157-158 IN CHAINS A,C. RESIDUE 319 IN CHAIN B, RESIDUES 315- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. RESIDUE 1 IN CHAINS A,B AND C. RESIDUES 157-158 IN CHAINS A,C. RESIDUE 319 IN CHAIN B, RESIDUES 315-319 IN CHAIN C, RESIDUES 316-319 IN CHAIN D. RESIDUES 384 IN CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20455 6246 5 %RANDOM
Rwork0.16439 ---
obs0.16641 117888 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11931 0 112 1049 13092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.94317411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80151615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89723.516640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.856151986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.011599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 434 -
Rwork0.241 8081 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46720.0179-0.05130.72380.01291.1509-0.0010.02040.1059-0.07320.01060.0524-0.0767-0.1089-0.00960.07020.0261-0.01240.06990.01620.064.21480.4475-50.9993
20.8539-0.00260.21071.08090.18060.77330.02090.0444-0.0649-0.01150.0363-0.1450.05870.0605-0.05720.07080.00410.00670.0672-0.00290.063227.3249-15.3644-54.2709
31.04370.13820.12071.05180.21650.81640.01740.2676-0.0532-0.22590.0419-0.0801-0.0290.0655-0.05930.12660.00670.00640.13570.00680.050922.6293-14.1199-68.8499
40.80960.0135-0.03310.2438-0.03650.48020.01940.01210.03360.00930.002-0.0015-0.01190.0185-0.02140.05870.0026-0.00220.045-0.00370.047723.6535-6.1846-28.7347
51.0451-0.0165-0.07080.9163-0.42080.88460.0313-0.22870.12660.20640.00150.0431-0.14880.0001-0.03280.1088-0.01410.01250.0962-0.03980.062116.80480.8447-12.6177
68.7606-0.1446-4.80571.21470.60134.1818-0.0364-0.1884-0.20190.0845-0.03540.03450.0575-0.0550.07190.0784-0.0002-0.02530.04770.01710.03815.6951-14.3135-14.999
71.15220.12280.27640.97870.14741.10580.0224-0.0491-0.1032-0.0320.0198-0.07970.0760.0292-0.04210.05320.00370.00180.03920.00370.069626.407829.0735-37.1705
80.7599-0.0708-0.01070.6568-0.21620.7938-0.00840.1096-0.06-0.13570.01860.11570.0236-0.0775-0.01020.0853-0.0114-0.040.0701-0.01830.07525.722338.3337-54.7024
90.7193-0.09470.28780.8315-0.52020.9163-0.03430.2425-0.0564-0.19840.00580.01780.0560.06590.02840.1187-0.0074-0.00890.1091-0.02310.067815.233638.7493-61.3601
101.0287-0.1517-0.00210.98970.03361.41180.02860.0663-0.0530.0127-0.05910.16760.0151-0.18360.03050.0242-0.0173-0.00410.1185-0.02030.1196-10.571140.9249-28.3923
110.53150.0377-0.06690.43170.24160.77340.0038-0.0405-0.0180.06380.0086-0.01260.02820.0334-0.01240.052-0.0016-0.0010.0530.00450.051913.432744.4023-12.703
120.8496-0.2990.39770.71590.02581.113-0.0398-0.1511-0.00770.10570.04330.09420.0158-0.0663-0.00350.07130.00620.02390.0740.00380.0775.918249.6338-7.3168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3A236 - 383
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5B227 - 355
6X-RAY DIFFRACTION6B356 - 384
7X-RAY DIFFRACTION7C2 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8C111 - 301
9X-RAY DIFFRACTION9C302 - 384
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11D111 - 308
12X-RAY DIFFRACTION12D309 - 384

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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