PDB-4b6z: Crystal structure of metallo-carboxypeptidase from Burkholderia c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b6z

タイトル

Crystal structure of metallo-carboxypeptidase from Burkholderia cenocepacia

要素

FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Joosten, R.P. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: High-Resolution Structure of the M14-Type Cytosolic Carboxypeptidase from Burkholderia Cenocepacia Refined Exploiting Pdb_Redo Strategies.
著者: Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Joosten, R.P. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b6z.cif.gz	620.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b6z.ent.gz	515.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4b6z_validation.pdf.gz	515.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b6z_full_validation.pdf.gz	531.1 KB	表示
XML形式データ	4b6z_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	4b6z_validation.cif.gz	94.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k2kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hxw-5 2bb0-1 2osw-2 3vv2-d 3pu8-2 6d6l-2 5efd-2 6z36-1 1yux-d 1wmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

B: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

C: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

D: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

ヘテロ分子

183 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.897, 85.947, 289.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	FAMILY M14 UNASSIGNED PEPTIDASE 分子量: 45196.402 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZINC IS COORDINATED BY H171, E174, H268 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア) 株: J2315 / LMG 16656 / プラスミド: PET15BTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EEQ5

-
非ポリマー , 7種, 1077分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 NL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 150 MM NACL AND 0.5 MM ZINC SULPHATE) WERE MIXED AT 1:1 RATIO WITH RESERVOIR (0.2M LITHIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 AND 0. ...詳細: 100 NL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 150 MM NACL AND 0.5 MM ZINC SULPHATE) WERE MIXED AT 1:1 RATIO WITH RESERVOIR (0.2M LITHIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 AND 0.1M BIS-TRIS, PH 5.5) EQUILIBRATED AGAINST A 70 UL RESERVOIR. CRYSTALS WERE OBSERVED AFTER THREE DAYS.

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE

結晶化

詳細: 100 NL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG ML-1 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0, 150 MM NACL AND 0.5 MM ZINC SULPHATE) WERE MIXED AT 1:1 RATIO WITH RESERVOIR (0.2M LITHIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 AND 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 124234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K2K

3k2k

解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.009 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. RESIDUE 1 IN CHAINS A,B AND C. RESIDUES 157-158 IN CHAINS A,C. RESIDUE 319 IN CHAIN B, RESIDUES 315- ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20455	6246	5 %	RANDOM
R_work	0.16439	-	-	-
obs	0.16641	117888	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11931	0	112	1049	13092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	12786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.143	1.943	17411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.801	5	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.897	23.516	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.856	15	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.01	15	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	10146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	434	-
R_work	0.241	8081	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4672	0.0179	-0.0513	0.7238	0.0129	1.1509	-0.001	0.0204	0.1059	-0.0732	0.0106	0.0524	-0.0767	-0.1089	-0.0096	0.0702	0.0261	-0.0124	0.0699	0.0162	0.06	4.2148	0.4475	-50.9993
2	0.8539	-0.0026	0.2107	1.0809	0.1806	0.7733	0.0209	0.0444	-0.0649	-0.0115	0.0363	-0.145	0.0587	0.0605	-0.0572	0.0708	0.0041	0.0067	0.0672	-0.0029	0.0632	27.3249	-15.3644	-54.2709
3	1.0437	0.1382	0.1207	1.0518	0.2165	0.8164	0.0174	0.2676	-0.0532	-0.2259	0.0419	-0.0801	-0.029	0.0655	-0.0593	0.1266	0.0067	0.0064	0.1357	0.0068	0.0509	22.6293	-14.1199	-68.8499
4	0.8096	0.0135	-0.0331	0.2438	-0.0365	0.4802	0.0194	0.0121	0.0336	0.0093	0.002	-0.0015	-0.0119	0.0185	-0.0214	0.0587	0.0026	-0.0022	0.045	-0.0037	0.0477	23.6535	-6.1846	-28.7347
5	1.0451	-0.0165	-0.0708	0.9163	-0.4208	0.8846	0.0313	-0.2287	0.1266	0.2064	0.0015	0.0431	-0.1488	0.0001	-0.0328	0.1088	-0.0141	0.0125	0.0962	-0.0398	0.0621	16.8048	0.8447	-12.6177
6	8.7606	-0.1446	-4.8057	1.2147	0.6013	4.1818	-0.0364	-0.1884	-0.2019	0.0845	-0.0354	0.0345	0.0575	-0.055	0.0719	0.0784	-0.0002	-0.0253	0.0477	0.0171	0.038	15.6951	-14.3135	-14.999
7	1.1522	0.1228	0.2764	0.9787	0.1474	1.1058	0.0224	-0.0491	-0.1032	-0.032	0.0198	-0.0797	0.076	0.0292	-0.0421	0.0532	0.0037	0.0018	0.0392	0.0037	0.0696	26.4078	29.0735	-37.1705
8	0.7599	-0.0708	-0.0107	0.6568	-0.2162	0.7938	-0.0084	0.1096	-0.06	-0.1357	0.0186	0.1157	0.0236	-0.0775	-0.0102	0.0853	-0.0114	-0.04	0.0701	-0.0183	0.0752	5.7223	38.3337	-54.7024
9	0.7193	-0.0947	0.2878	0.8315	-0.5202	0.9163	-0.0343	0.2425	-0.0564	-0.1984	0.0058	0.0178	0.056	0.0659	0.0284	0.1187	-0.0074	-0.0089	0.1091	-0.0231	0.0678	15.2336	38.7493	-61.3601
10	1.0287	-0.1517	-0.0021	0.9897	0.0336	1.4118	0.0286	0.0663	-0.053	0.0127	-0.0591	0.1676	0.0151	-0.1836	0.0305	0.0242	-0.0173	-0.0041	0.1185	-0.0203	0.1196	-10.5711	40.9249	-28.3923
11	0.5315	0.0377	-0.0669	0.4317	0.2416	0.7734	0.0038	-0.0405	-0.018	0.0638	0.0086	-0.0126	0.0282	0.0334	-0.0124	0.052	-0.0016	-0.001	0.053	0.0045	0.0519	13.4327	44.4023	-12.703
12	0.8496	-0.299	0.3977	0.7159	0.0258	1.113	-0.0398	-0.1511	-0.0077	0.1057	0.0433	0.0942	0.0158	-0.0663	-0.0035	0.0713	0.0062	0.0239	0.074	0.0038	0.077	5.9182	49.6338	-7.3168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	111 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	236 - 383
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	227 - 355
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	356 - 384
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	111 - 301
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	302 - 384
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	111 - 308
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	309 - 384

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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