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- PDB-4b6i: Crystal structure Rap2b (SMA2266) from Serratia marcescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b6i
タイトルCrystal structure Rap2b (SMA2266) from Serratia marcescens
要素SMA2266
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Sma2266
機能・相同性情報
生物種SERRATIA MARCESCENS (霊菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: New Secreted Toxins and Immunity Proteins Encoded within the Type Vi Secretion System Gene Cluster of Serratia Marcescens.
著者: English, G. / Trunk, K. / Rao, V.A. / Srikannathasan, V. / Hunter, W.N. / Coulthurst, S.J.
履歴
登録2012年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Database references
改定 1.42017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMA2266
B: SMA2266
C: SMA2266
D: SMA2266


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8984
ポリマ－45,8984
非ポリマー00
水2,882160
1
A: SMA2266
D: SMA2266


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9492
ポリマ－22,9492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
2
B: SMA2266
C: SMA2266


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9492
ポリマ－22,9492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-15.7 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.055, 56.894, 122.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-2006-

HOH

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要素

#1: タンパク質
SMA2266


分子量: 11474.593 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: J9PBR6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 1 M LICL2, 20% PEG 6K, 0.1 M CITRIC ACID PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月19日
放射モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.78 Å / Num. obs: 23682 / % possible obs: 10 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→44.78 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→61.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22873 1269 5.1 %RANDOM
Rwork0.17558 ---
obs0.17824 23682 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.955 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→61.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 0 160 3344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.954391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0533.0035411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.13525.595168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80315601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1561516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 79 -
Rwork0.19 1388 -
obs--87.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2211-1.027-0.36861.70760.25851.3593-0.0122-0.05220.00720.04350.0739-0.02610.1240.1599-0.06170.01230.0157-0.00560.055-0.01330.021635.788849.197911.444
21.3727-0.4490.71632.0856-0.36852.21370.05170.035-0.132-0.09410.00710.08870.25190.0808-0.05880.04350.0137-0.01780.0058-0.00820.02697.409216.624619.0653
30.9593-0.05380.01242.12760.15521.07160.08880.0386-0.0155-0.1985-0.06590.15640.0141-0.0316-0.02290.02810.0136-0.01580.0241-0.00160.01314.321832.522214.6894
41.54230.11730.07461.28670.17261.4159-0.0214-0.10840.1159-0.0129-0.01930.02710.03310.02530.04070.02020.00690.01740.021-0.00780.029420.389554.21416.0695
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4D18 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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