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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b6i | ||||||
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タイトル | Crystal structure Rap2b (SMA2266) from Serratia marcescens | ||||||
![]() | SMA2266 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / T6SS superfamily / Type VI secretion system (T6SS), amidase immunity protein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1620 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Sma2266![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Srikannathasan, V. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Secreted Toxins and Immunity Proteins Encoded within the Type Vi Secretion System Gene Cluster of Serratia Marcescens. 著者: English, G. / Trunk, K. / Rao, V.A. / Srikannathasan, V. / Hunter, W.N. / Coulthurst, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11474.593 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.77 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4 / 詳細: 1 M LICL2, 20% PEG 6K, 0.1 M CITRIC ACID PH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月19日 |
放射 | モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.78 Å / Num. obs: 23682 / % possible obs: 10 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→44.78 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 11.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.95→61.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.955 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→61.1 Å
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拘束条件 |
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