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- PDB-4b5k: Probing the active center of catalase-phenol oxidase from Scytali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5k
タイトルProbing the active center of catalase-phenol oxidase from Scytalidium thermophilum
要素CATALASE-PHENOL OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HEME CATALASE / MOLECULAR CHANNELS
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種SCYTALIDIUM THERMOPHILUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yuzugullu, Y. / Trinh, C.H. / Pearson, A.R. / Ogel, Z.B. / McPherson, M.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Investigating the Active Centre of the Scytalidium Thermophilum Catalase
著者: Yuzugullu, Y. / Trinh, C.H. / Fairhurst, L. / Ogel, Z.B. / McPherson, M.J. / Pearson, A.R.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE-PHENOL OXIDASE
B: CATALASE-PHENOL OXIDASE
C: CATALASE-PHENOL OXIDASE
D: CATALASE-PHENOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,02217
ポリマ－317,1314
非ポリマー2,89113
水36,3722019
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54190 Å2
ΔGint-411.8 kcal/mol
Surface area73680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.392, 122.000, 125.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99867, 0.05134, 0.00372), (0.05147, 0.99595, 0.07373), (8.0E-5, 0.07382, -0.99727)127.91039, -1.20575, -56.41341
2given(0.98187, -0.04465, -0.1842), (-0.04475, -0.99899, 0.00363), (-0.18418, 0.00468, -0.98288)-4.47212, -15.32873, -44.88326
3given(-0.983, -0.0068, 0.18349), (-0.00809, -0.99674, -0.08026), (0.18344, -0.08037, 0.97974)131.47949, -20.06466, -13.00562

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要素

#1: タンパク質
CATALASE-PHENOL OXIDASE


分子量: 79282.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SCYTALIDIUM THERMOPHILUM (菌類) / プラスミド: PETCATPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: R4GRT9*PLUS, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK ID I52101. ENGINEERED VAL 123 TO THR MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: PROTEIN CRYSTAL WAS OBTAINED IN 6-16 % PEG 400, 0.2 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.01 M CALCIUM CHLORIDE DEHYDRATE AND 0.05 M SODIUM CACODYLATE TRIHYDRATE AT PH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.77 Å / Num. obs: 297340 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→28.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.853 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 617 AND 622 IN CHAIN A IS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 617 AND 622 IN CHAIN A IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY. DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 617 AND 622 IN CHAIN B IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY. DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 618 AND 622 IN CHAIN C IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY. DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 649 AND 653 IN CHAIN C IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY. DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 618 AND 622 IN CHAIN D IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUE 649 AND 653 IN CHAIN D IS NOT MODELLED DUE TO WEAK DENSITY WATER MOLECULES F1874, F1875 AND F1888 PRESENT NEXT TO ARG127 IN CHAIN A HAVE OCCUPANCY VALUES OF 0.5 WATER MOLECULES F1836, F1837 AND F1839 PRESENT NEXT TO ARG127 IN CHAIN B HAVE OCCUPANCY VALUES OF 0.5 WATER MOLECULES F1713, F1910 AND F1917 PRESENT NEXT TO ARG127 IN CHAIN C HAVE OCCUPANCY VALUES OF 0.5 WATER MOLECULES F1846, F1847, F1849 AND F1850 PRESENT NEXT TO ARG127 IN CHAIN D HAVE OCCUPANCY VALUES OF 0.5 WATER MOLECULES F1266, F1309, F1456, F1795, F1796 AND F1797 WERE PLACED SO THAT THE COMPLEXES FORMED WERE SIX COORDINATE FOR CA1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18041 14884 5 %RANDOM
Rwork0.15298 ---
obs0.15436 282442 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20996 0 185 2019 23200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.94931817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1653027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55823.8951186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.902153654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.86315182
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.23362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02118718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1066 -
Rwork0.256 19490 -
obs--94.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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