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- PDB-4b5c: Crystal structure of the peptidoglycan-associated lipoprotein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b5c
タイトルCrystal structure of the peptidoglycan-associated lipoprotein from Burkholderia pseudomallei
要素PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
キーワードLIPID TRANSPORT / PAL-TOL COMPLEX / ACUTE BURKHOLDERIA PSEUODOMALLEI ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell division
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain ...Peptidoglycan-associated lipoprotein, C-terminal / Peptidoglycan-associated lipoprotein / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Peptidoglycan-associated lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gourlay, L.J. / Peri, C. / Conchillo-Sole, O. / Ferrer-Navarro, M. / Gori, A. / Longhi, R. / Rinchai, D. / Lertmemongkolchai, G. / Lassaux, P. / Daura, X. ...Gourlay, L.J. / Peri, C. / Conchillo-Sole, O. / Ferrer-Navarro, M. / Gori, A. / Longhi, R. / Rinchai, D. / Lertmemongkolchai, G. / Lassaux, P. / Daura, X. / Colombo, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Chem.Biool. / 年: 2013
タイトル: Exploiting the Burkholderia Pseudomallei Acute Phase Antigen Bpsl2765 for Structure-Based Epitope Discovery/Design in Structural Vaccinology.
著者: Gourlay, L.J. / Peri, C. / Ferrer-Navarro, M. / Conchillo-Sole, O. / Gori, A. / Rinchai, D. / Thomas, R.J. / Champion, O.L. / Michell, S.L. / Kewcharoenwong, C. / Nithichanon, A. / Lassaux, P. ...著者: Gourlay, L.J. / Peri, C. / Ferrer-Navarro, M. / Conchillo-Sole, O. / Gori, A. / Rinchai, D. / Thomas, R.J. / Champion, O.L. / Michell, S.L. / Kewcharoenwong, C. / Nithichanon, A. / Lassaux, P. / Perletti, L. / Longhi, R. / Lertmemongkolchai, G. / Titball, R.W. / Daura, X. / Colombo, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2012年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
B: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
C: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1646
ポリマ－45,9873
非ポリマー1773
水1,08160
1
A: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3882
ポリマ－15,3291
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3882
ポリマ－15,3291
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3882
ポリマ－15,3291
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.940, 74.950, 72.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 135.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE OMPA FAMILY LIPOPROTEIN / PEPTIDOGLYCAN-ASSOCIATED LIPOPROTEIN


分子量: 15328.854 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 36-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (類鼻疽菌)
株: K96423 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q63RA7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SIGNAL PEPTIDE WAS REMOVED. THE FIRST TWO RESIDUES (GS) CORRESPOND TO THE VECTOR AFTER HIS-TAG ...SIGNAL PEPTIDE WAS REMOVED. THE FIRST TWO RESIDUES (GS) CORRESPOND TO THE VECTOR AFTER HIS-TAG THROMBIN CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.3
詳細: 30% PEG10K, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.3, 30% GLYCEROL FOR CRYOPROTECTION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 16804 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OAP

1oap


解像度: 2.3→37.475 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 841 5 %
Rwork0.2065 --
obs0.2087 16673 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.318 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.898 Å20 Å2-4.7349 Å2
2---8.7667 Å20 Å2
3----9.1313 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 12 60 2902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5133953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0791095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.44410.30721620.2472605X-RAY DIFFRACTION96
2.4441-2.63270.33791220.24182633X-RAY DIFFRACTION97
2.6327-2.89760.2821310.23092637X-RAY DIFFRACTION97
2.8976-3.31670.26581460.21762628X-RAY DIFFRACTION97
3.3167-4.17780.23251440.192635X-RAY DIFFRACTION97
4.1778-37.480.19841360.18512694X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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