[日本語] English
万見
- PDB-4b56: Structure of ectonucleotide pyrophosphatase-phosphodiesterase-1 (NPP1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b56
タイトルStructure of ectonucleotide pyrophosphatase-phosphodiesterase-1 (NPP1)
要素ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


microglial cell migration / cellular response to sodium phosphate / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / response to platelet-derived growth factor / articular cartilage development / ligamentous ossification / : / organic phosphonate metabolic process / inorganic diphosphate transport / post-embryonic forelimb morphogenesis ...microglial cell migration / cellular response to sodium phosphate / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / response to platelet-derived growth factor / articular cartilage development / ligamentous ossification / : / organic phosphonate metabolic process / inorganic diphosphate transport / post-embryonic forelimb morphogenesis / response to vitamin B6 / tooth mineralization / GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / hematopoietic stem cell migration to bone marrow / UTP diphosphatase activity / dinucleotide phosphatase activity / coenzyme A diphosphatase activity / basal dendrite / coenzyme A catabolic process / vascular associated smooth muscle cell migration / biomineral tissue development / phosphodiesterase I / nucleotide diphosphatase / sensory perception of temperature stimulus / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / nucleoside triphosphate catabolic process / bone growth / pyrophosphatase activity / endochondral bone morphogenesis / diphosphate metabolic process / response to Gram-positive bacterium / bone trabecula formation / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mucus secretion / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / magnesium ion homeostasis / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / bone mineralization involved in bone maturation / response to sodium phosphate / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / sensory perception of mechanical stimulus / B-1 B cell homeostasis / negative regulation of bone mineralization / central nervous system myelination / phosphate ion homeostasis / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / artery development / collagen-activated signaling pathway / endochondral ossification / melanocyte differentiation / microglia differentiation / regulation of bone mineralization / phosphoric diester hydrolase activity / bone remodeling / apical dendrite / inflammatory response to antigenic stimulus / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate-containing compound metabolic process / plasma cell differentiation / hormone metabolic process / oligodendrocyte apoptotic process / cartilage development / negative regulation of ossification / phosphodiesterase I activity / axon regeneration / odontogenesis / scavenger receptor activity / adult walking behavior / fat pad development / exonuclease activity / : / aorta development / middle ear morphogenesis / smoothened signaling pathway / skin development / protein poly-ADP-ribosylation / defense response to protozoan / negative regulation of fat cell differentiation / spinal cord development / bone mineralization / response to dietary excess / response to ATP / polysaccharide binding / phosphatase activity / macrophage differentiation / T cell differentiation / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / response to magnesium ion / adipose tissue development / bone resorption / vasculogenesis / fat cell differentiation / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / cell projection
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #180 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain ...Gyrase A; domain 2 - #180 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Jansen, S. / Perrakis, A. / Ulens, C. / Winkler, C. / Andries, M. / Joosten, R.P. / Van Acker, M. / Luyten, F.P. / Moolenaar, W.H. / Bollen, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of Npp1, an Ectonucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase Involved in Tissue Calcification.
著者: Jansen, S. / Perrakis, A. / Ulens, C. / Winkler, C. / Andries, M. / Joosten, R.P. / Van Acker, M. / Luyten, F.P. / Moolenaar, W.H. / Bollen, M.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22012年11月21日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 1
B: ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,77718
ポリマ－188,5282
非ポリマー4,24916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-101.3 kcal/mol
Surface area64130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.385, 105.412, 245.258
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 169 - 902 / Label seq-ID: 83 - 816

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 1 / ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE-PHOSPHODIESTERASE-1 / E-NPP 1 / LYMPHOCYTE ANTIGEN 41 / LY-41 / ...ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE-PHOSPHODIESTERASE-1 / E-NPP 1 / LYMPHOCYTE ANTIGEN 41 / LY-41 / PHOSPHODIESTERASE I/NUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE 1 / PLASMA-CELL MEMBRANE GLYCOPROTEIN PC-1 / ALKALINE PHOSPHODIESTERASE I / NUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE / NPPASE


分子量: 94264.055 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 87-906 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: P06802, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 100 NL PROTEIN SOLUTION WITH 100 NL 10% PROPANOL, 0.1 M IMIDAZOLE AT PH 8.0 AND 3% 1,4-DIOXANE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.47 Å / Num. obs: 51597 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 110 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XRG

2xrg


解像度: 3→48.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 38.967 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.29 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 2763 5.13 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.202 51597 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 116.185 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.484 Å20 Å20 Å2
2--7.41 Å20 Å2
3----10.894 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12573 0 261 0 12834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01913232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.98418020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8683.00328128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23651551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54723.99614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.307152174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8611566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.22967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.26413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7347.14313232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3557.1512205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.88710.69618020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4621.3731660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.14570.5823385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 45590 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 192 -
Rwork0.344 3773 -
obs--99.899 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.87590.11990.14482.7803-0.94961.9222-0.0274-0.0343-0.03830.02470.05270.1443-0.1171-0.2412-0.02530.04520.01960.0170.0349-0.02890.432636.68634.133582.8933
21.95750.59280.67281.45010.24642.12150.023-0.0554-0.16670.15260.0599-0.27050.36560.8674-0.0830.36780.19980.05510.4231-0.02930.508675.68447.3834101.2728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 2032
2X-RAY DIFFRACTION2B88 - 2032

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る