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- PDB-4b4c: Crystal structure of the DNA-binding domain of human CHD1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b4c
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of human CHD1.
要素CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION / CHROMODOMAIN / CHROMATIN-REMODELING / HISTONE ACETYLATION COMPLEX / CHROMATIN REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome organization / histone H3K4me3 reader activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / chromatin remodeling ...nucleosome organization / histone H3K4me3 reader activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / host-mediated activation of viral transcription / nuclear chromosome / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain ...CDH1/2, SANT-Helical linker 1 / CDH1/2 SANT-Helical linker 1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal domain / : / Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1-like, C-terminal / ATP-dependent helicase CHD1-2/hrp3 HTH domain / DUF4208 / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Homeodomain-like / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Cooper, C.D.O. / Shrestha, L. / Vollmar, M. / Burgess-Brown, N. / Yue, W.W. / Carpenter, E.P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. ...Allerston, C.K. / Cooper, C.D.O. / Shrestha, L. / Vollmar, M. / Burgess-Brown, N. / Yue, W.W. / Carpenter, E.P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of Human Chd1.
著者: Allerston, C.K. / Cooper, C.D.O. / Shrestha, L. / Vollmar, M. / Burgess-Brown, N. / Yue, W.W. / Carpenter, E.P. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
履歴
登録2012年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年3月25日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3349
ポリマ－23,7131
非ポリマー6218
水3,369187
1
A: CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,66718
ポリマ－47,4262
非ポリマー1,24116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.464, 62.464, 128.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2158-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CHROMODOMAIN-HELICASE-DNA-BINDING PROTEIN 1 / CHD-1 / CHD1 / ATP-DEPENDENT HELICASE CHD1


分子量: 23713.076 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1119-1327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O14646, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE PH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→128.09 Å / Num. obs: 32880 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 29.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
autoPROCデータ削減
AP_SCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BALBES

解像度: 1.62→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9546 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9469 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.084
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 1664 5.07 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.1936 32793 99.16 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8705 Å20 Å20 Å2
2---1.8705 Å20 Å2
3---3.741 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 39 187 1680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011567HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d747SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes225HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1567HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion202SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2050SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.67 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 134 4.96 %
Rwork0.1909 2567 -
all0.1931 2701 -
obs--99.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7622 Å / Origin y: 1.528 Å / Origin z: 21.6082 Å
111213212223313233
T-0.0414 Å2-0.0102 Å20.0092 Å2--0.0788 Å20.0288 Å2---0.0531 Å2
L0.5575 °20.0192 °20.0441 °2-1.2934 °2-0.9795 °2--1.8312 °2
S-0.0395 Å °-0.0179 Å °0.0086 Å °0.0149 Å °-0.0989 Å °-0.1334 Å °-0.0957 Å °0.1746 Å °0.1384 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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