+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b2v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | S64, a spider venom toxin peptide from Sicarius dolichocephalus | ||||||
要素 | S64 | ||||||
キーワード | TOXIN / SPIDER VENOM PEPTIDE / ICK | ||||||
機能・相同性 | extracellular region / U1-sicaritoxin-Sdo1a 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / CNS | ||||||
データ登録者 | Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Solution Structures of Two Homologous Venom Peptides from Sicarius Dolichocephalus 著者: Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b2v.cif.gz | 176.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4b2v.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b2v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4b2v_validation.pdf.gz | 394.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4b2v_full_validation.pdf.gz | 470.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4b2v_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4b2v_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/4b2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/4b2v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3570.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ) 解説: TRANSCRIPT IDENTIFIED FROM CDNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM VENOM GLAND MRNA 器官: VENOM GLAND / プラスミド: PLICC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1E1F1*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED SAMPLES. STRUCTURES CREATED BY ARIA2 WITH WATER REFINEMENT. |
-試料調製
詳細 |
| ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 | イオン強度: 0.02 M / pH: 7.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: CNS / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PLOS ONE CITATION ABOVE. | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |