PDB-4b2v: S64, a spider venom toxin peptide from Sicarius dolichocephalus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b2v

タイトル

S64, a spider venom toxin peptide from Sicarius dolichocephalus

要素

S64

キーワード

TOXIN / SPIDER VENOM PEPTIDE / ICK

機能・相同性

extracellular region / U1-sicaritoxin-Sdo1a

機能・相同性情報

生物種

SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ)

手法

溶液NMR / CNS

データ登録者

Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Solution Structures of Two Homologous Venom Peptides from Sicarius Dolichocephalus
著者: Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J.

履歴

登録	2012年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 2.0	2024年11月13日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b2v.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b2v.ent.gz	148.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/4b2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/4b2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b2uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2n7f-d 1ryg-d 1q3j-d 4lfs-d 1c38-d 2lg4-d 6ay8-d 5w96-d 1k0p-d 1lmr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18729

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S64

3.57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	TOTAL ENERGY
代表モデル	モデル #4

#1: タンパク質・ペプチド	S64 分子量: 3570.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ) 解説: TRANSCRIPT IDENTIFIED FROM CDNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM VENOM GLAND MRNA 器官: VENOM GLAND / プラスミド: PLICC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1E1F1*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N HMQC
1	2	1	1H NOESY
1	3	1	1H TOCSY
1	4	1	CCCONNH
1	5	1	HBHACONNH
1	6	1	HCCONNH
1	7	1	HN(CA)CB
1	8	1	HN(CA)CO
1	9	1	HNCO
1	10	1	HN(CO)CACB
1	11	1	13C CT- HSQC2
1	12	1	13C HSQC-NOESY
1	13	1	13C HSQC2
1	14	1	15N HMQC2
1	15	1	15N HSQC- NOESY
1	16	1	1H NOESY (100MS)
1	17	1	1H TOCSY (75MS)

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED SAMPLES. STRUCTURES CREATED BY ARIA2 WITH WATER REFINEMENT.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	95% H2O/5% D2O
2	95% H20/5% D2O

試料状態

イオン強度: 0.02 M / pH: 7.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	750	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
CcpNmr Analysis	2.2		構造決定
TALOS+	3.60F1		構造決定

精密化

手法: CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PLOS ONE CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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