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万見
- PDB-4b2u: S67, A spider venom toxin peptide from Sicarius dolichocephalus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2u
タイトルS67, A spider venom toxin peptide from Sicarius dolichocephalus
要素S67
キーワードTOXIN / SPIDER VENOM PEPTIDE / ICK
機能・相同性extracellular region / U2-sicaritoxin-Sdo1a
機能・相同性情報
生物種SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Solution Structures of Two Homologous Venom Peptides from Sicarius Dolichocephalus.
著者: Loening, N.M. / Wilson, Z.N. / Zobel-Thropp, P.A. / Binford, G.J.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S67


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2571
ポリマ－4,2571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #7

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要素

#1: タンパク質・ペプチド S67


分子量: 4256.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SICARIUS DOLICHOCEPHALUS (クモ)
解説: TRANSCRIPT IDENTIFIED FROM CDNA LIBRARY CONSTRUCTED FROM VENOM GLAND MRNA
器官: VENOM GLAND / プラスミド: PLICC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1E1F0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C CT-HSQC
12113C CT-HSQC AROMATIC
131HN(CA)CB
141HNCO
151HN(CA)CO
161HN(CO)CACB
17115N HMQC
1811H NOESY (120MS)
1911H TOCSY (120MS)
1101CC(CO)NH
1111H(CCO)NH
112113C ARO NOESY (150MS)
113113C NOESY (150MS)
114115N NOESY (150MS)
115113C NOESY (120MS
1161D2O)
1171(H)CCH TOCSY
1181HACACO
119113C CT- HSQC (D2O)
120113C HSQC (D2O)
121121 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
122115N HMQC
123137 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
124115N HMQC
125154 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
126115N HMQC
127170 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
128115N HMQC
129193 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
130115N HMQC
1311117 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
132115N HMQC
1331155 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
134115N HMQC
1351194 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
136115N HMQC
1371330 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
138115N HMQC
1391507 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
140115N HMQC
141112 MIN AFTER REHYDRATING IN D2O
142115N HMQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED SAMPLES. STRUCTURES CREATED BY ARIA2 WITH WATER REFINEMENT.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
195% H2O/5% D2O
2100% D2O
試料状態イオン強度: 0.02 M / pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 310.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker AvanceBrukerAvance7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CCPNMR ANALYSIS2.2構造決定
TALOSPLUS 3.60F13.60F1構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE PLOS ONE CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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