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- PDB-4b0i: Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b0i
タイトルCrystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabA) mutant (H70N) from Pseudomonas aeruginosa in complex with 3-hydroxydecanoyl-N-acetyl cysteamine
要素3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
キーワードLYASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / BACTERIAL VIRULENCE / DRUG DISCOVERY
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KBP / 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Moynie, L. / McMahon, S.A. / Leckie, S.M. / Duthie, F.G. / Koehnke, A. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism and Inhibition of the Beta-Hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Moynie, L. / Leckie, S.M. / Mcmahon, S.A. / Duthie, F.G. / Koehnke, A. / Taylor, J.W. / Alphey, M.S. / Brenk, R. / Smith, A.D. / Naismith, J.H.
履歴
登録2012年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
B: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
C: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
D: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,17010
ポリマ－93,7225
非ポリマー1,4475
水6,395355
1
C: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
D: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0684
ポリマ－37,4892
非ポリマー5792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-16.9 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
2
A: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
B: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0684
ポリマ－37,4892
非ポリマー5792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-16.6 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
3
E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
ヘテロ分子

E: 3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0684
ポリマ－37,4892
非ポリマー5792
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area3930 Å2
ΔGint-16.3 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.791, 169.686, 108.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2009-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A26 - 60
2112E26 - 60
1212A64 - 134
2212E64 - 134
1315A135 - 138
2315E135 - 138
1412A139 - 171
2412E139 - 171

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.8177, -0.5677, -0.0951), (0.0297, -0.0951), (0.0297, -0.995)6.1088, 29.5215, -61.2506
2given(0.331, 0.943, 0.0339), (-0.9418, 0.328, 0.0733), (0.058, -0.0562, 0.9967)-68.1135, -28.3795, 4.6588
3given(0.8013, 0.5878, -0.1113), (0.5863, -0.8086, -0.0494), (-0.119, -0.0256, -0.9926)-33.9203, 91.7643, -60.1804
4given(0.3075, -0.9511, 0.0285), (0.95, 0.3052, -0.0667), (0.0547, 0.0476, 0.9974)-6.2526, 74.0216, 0.8203

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要素

#1: タンパク質
3-HYDROXYDECANOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] DEHYDRATASE / BETA-HYDROXYDECANOYL THIOESTER DEHYDRASE


分子量: 18744.488 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O33877, EC: 4.2.1.60
#2: 化合物
ChemComp-KBP / S-[2-(acetylamino)ethyl] (3R)-3-hydroxydecanethioate / 3-hydroxydecanoyl-N-acetylcysteamine


分子量: 289.434 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H27NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 70 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 70 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 70 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 70 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 70 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 70 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, HIS 70 TO ASN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 13% PEG MME 5000, 0.09 M LITHIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99189
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99189 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→54.15 Å / Num. obs: 64767 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.23
反射 シェル解像度: 2.03→2.15 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FQ9

4fq9


解像度: 2.03→54.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 9.906 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20571 3280 5 %RANDOM
Rwork0.17202 ---
obs0.17378 61487 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å20 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----4.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→54.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6490 0 95 355 6940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226728
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9699083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7633.00311119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4995839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8423.525295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.551151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9791546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.371.54153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5461.51755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09626626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.66232575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.474.52457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A797tight positional0.060.05
B797tight positional0.060.05
A983medium positional0.160.5
B983medium positional0.160.5
A13loose positional0.075
B13loose positional0.075
A797tight thermal0.450.5
B797tight thermal0.450.5
A983medium thermal0.422
B983medium thermal0.422
A13loose thermal0.3710
B13loose thermal0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 247 -
Rwork0.255 4557 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.155-6.50311.948916.41411.24855.6613-0.1742-0.82510.0190.94780.2192-0.3686-0.2530.7802-0.0450.2205-0.1601-0.09290.37340.01530.2752-12.05635.175-12.597
20.7494-0.1205-0.09821.448-0.1212.18910.066-0.02850.07230.0394-0.05-0.1671-0.03150.2803-0.0160.1338-0.0652-0.00780.1870.00060.2384-19.91331.164-23.238
32.1094-0.08820.23213.471-2.17125.24110.0807-0.2353-0.02960.23980.20010.20910.2124-0.4109-0.28070.1808-0.0949-0.01140.1734-0.03260.2186-29.07529.259-18.819
420.12837.0957-1.67039.88980.98132.1626-0.09140.93990.0332-0.8594-0.097-0.10691.3180.59480.18850.75420.29490.0410.2506-0.04690.214-22.8557.153-46.501
50.89370.1247-0.01870.8164-0.0191.97530.11830.0079-0.1183-0.0507-0.0613-0.07120.32150.2051-0.0570.24680.0256-0.02880.13450.00880.2297-25.79814.576-35.296
62.52370.4038-0.68482.88-1.62284.82780.20470.19830.1674-0.2030.01140.1377-0.0338-0.1776-0.21610.2396-0.0115-0.02160.1137-0.04180.2121-32.70921.573-38.806
721.7981.8652-1.20075.0271.27550.4311-0.0154-1.4130.94430.8031-0.2148-0.087-0.4376-0.29140.23010.40440.141-0.15290.3738-0.1660.277-42.37474.494-10.701
81.0039-0.3553-0.02640.8812-0.33631.7173-0.0871-0.02370.11340.05710.0678-0.0351-0.185-0.28760.01930.1703-0.0051-0.02680.2391-0.00450.2101-41.69866.546-21.801
94.0799-1.112.40042.4611-1.01954.4480.0442-0.3129-0.32550.10790.1125-0.00890.3608-0.3856-0.15670.1556-0.04990.01490.2793-0.01430.1838-42.7856.992-17.881
105.0985-4.2019-2.08326.9483-2.59660.19760.10840.53780.0394-0.8174-0.2877-0.2950.01160.1010.17930.2577-0.0530.07650.3180.05530.2755-21.64557.639-46.761
110.9478-0.43340.41961.2169-0.01561.66350.01640.07740.0717-0.1415-0.0588-0.20190.0188-0.07190.04240.1442-0.08110.02430.17260.01370.2439-28.72156.269-35.168
124.0255-1.04332.553.652-1.75864.96560.18840.2431-0.1204-0.46460.09030.40940.1319-0.479-0.27870.1938-0.08610.03050.2769-0.01440.2156-37.74752.225-38.452
134.61611.1056-1.40232.77960.9381.69820.7967-0.8218-0.87120.5351-0.666-0.3146-0.23820.2225-0.13060.4326-0.231-0.24460.20660.14730.4558-45.047-4.225-20.107
146.03160.27180.19093.68222.7767-0.5981.4016-1.218-0.06160.2206-0.8161-0.3068-0.1633-0.1255-0.58550.9424-0.4546-0.06940.26740.05350.2449-49.8764.478-17.64
155.18550.8684-0.82312.9044-0.24133.17061.2913-0.7730.01210.3184-0.76840.0718-0.93980.1233-0.52290.6672-0.2455-0.00030.10780.03860.3322-47.8725.297-20.119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3A132 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 14
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6B132 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7C2 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8C15 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9C132 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10D2 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11D16 - 131
12X-RAY DIFFRACTION12D132 - 171
13X-RAY DIFFRACTION13E3 - 90
14X-RAY DIFFRACTION14E91 - 116
15X-RAY DIFFRACTION15E117 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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