PDB-4b0f: Heptameric core complex structure of C4b-binding (C4BP) protein f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b0f

タイトル

Heptameric core complex structure of C4b-binding (C4BP) protein from human

要素

C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / COMPLEMENT SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of opsonization / response to symbiotic bacterium / negative regulation of complement activation, classical pathway / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schmelz, S. / Hofmeyer, T. / Kolmar, H. / Heinz, D.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Arranged Sevenfold: Structural Insights Into the C-Terminal Oligomerization Domain of Human C4B-Binding Protein.
著者: Hofmeyer, T. / Schmelz, S. / Degiacomi, M.T. / Peraro, M.D. / Daneschdar, M. / Scrima, A. / Den Heuvel, J.V. / Heinz, D.W. / Kolmar, H.

履歴

登録	2012年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b0f.cif.gz	162.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b0f.ent.gz	130.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4b0f_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b0f_full_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示
XML形式データ	4b0f_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	4b0f_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/4b0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a55
類似構造データ	4k4t-2 6hzp-d 4yxb-d 3cdu-d 3ol9-3 4yxb-1 4k4x-3 4k4z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

B: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

C: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

D: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

E: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

F: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

G: C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN

ヘテロ分子

51.8 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.850, 73.850, 204.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2
6	2
7	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 546:560 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 546:560 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 546:560 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 546:560 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 546:560 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 546:560 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 546:560 )
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 562:590 )
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 562:590 )
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 562:590 )
4	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 562:590 )
5	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 562:590 )
6	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 562:590 )
7	1	2	CHAIN G AND (RESSEQ 562:590 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	C4B-BINDING PROTEIN ALPHA CHAIN / C4B-BINDING PROTEIN CORE COMPLEX / C4BP / PROLINE-RICH PROTEIN / PRP 分子量: 7387.036 Da / 分子数: 7 / 断片: C-TERMINAL OLIGOMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 540-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P04003
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	'SAGAHAG' IS THE N-TERMINAL LINKER SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 46.5 % (V/V) PEG 400, 5 % (V/V) MPD, 0.1 M TRIS PH. 7.3 WITH 13.7 MG/ML C4BP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 26577 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.5 % / B_iso Wilson estimate: 71.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 15.2 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→46.496 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: RESIDUES A539-540, B539-542, C539- -542, C592-597, D539-542, E539-540, E596-597, F539-542, F596-597 AND G595-597 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1326	5 %
R_work	0.2121	-	-
obs	0.2138	26577	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.165 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6645 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6645 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.3291 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2935	0	2	4	2941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	3986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.106	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	522

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	3	C	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	4	D	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	5	E	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	6	F	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	7	G	116	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
2	1	A	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
2	3	C	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	4	D	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
2	5	E	225	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	6	F	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
2	7	G	229	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.9121	0.3473	147	0.3161	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9121-3.0446	0.2887	145	0.3014	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0446-3.2051	0.2892	148	0.2427	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2051-3.4059	0.2729	147	0.2437	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4059-3.6688	0.2174	152	0.2134	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6688-4.0378	0.2317	147	0.2005	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0378-4.6216	0.2086	152	0.1659	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6216-5.8209	0.2267	143	0.2036	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8209-46.5025	0.2743	145	0.2087	2810	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.7833 Å / Origin y: -15.6619 Å / Origin z: -1.8839 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2666 Å²	0.0999 Å²	0.0671 Å²	-	0.2785 Å²	-0.0165 Å²	-	-	0.2792 Å²
L	2.2015 °²	0.1679 °²	0.1662 °²	-	2.0082 °²	0.3685 °²	-	-	0.8437 °²
S	-0.1066 Å °	0.049 Å °	-0.1647 Å °	0.0649 Å °	0.0257 Å °	-0.1747 Å °	0.1233 Å °	0.1197 Å °	0.0746 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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