[日本語] English
- PDB-4b09: Structure of unphosphorylated BaeR dimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b09
タイトルStructure of unphosphorylated BaeR dimer
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
キーワードTRANSCRIPTION / RESPONSE REGULATOR / DNA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Transcriptional regulatory protein BaeR
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Choudhury, H. / Beis, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 2013
タイトル: The Dimeric Form of the Unphosphorylated Response Regulator Baer.
著者: Choudhury, H.G. / Beis, K.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
E: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
F: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
G: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
H: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
I: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
J: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
K: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
L: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,57321
ポリマ-335,17212
非ポリマー18,4019
00
1
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9514
ポリマ-55,8622
非ポリマー4,0892
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
2
C: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
D: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9514
ポリマ-55,8622
非ポリマー4,0892
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area24200 Å2
手法PISA
3
E: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
F: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9514
ポリマ-55,8622
非ポリマー4,0892
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area24250 Å2
手法PISA
4
G: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
H: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9073
ポリマ-55,8622
非ポリマー2,0451
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-15.8 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
5
I: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
J: TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9073
ポリマ-55,8622
非ポリマー2,0451
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-20.2 kcal/mol
Surface area24250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)236.602, 130.401, 198.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
12
22
32
42
52
62

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 9:126)
211CHAIN C AND (RESSEQ 9:126)
311CHAIN E AND (RESSEQ 9:126)
411CHAIN G AND (RESSEQ 9:126)
511CHAIN I AND (RESSEQ 9:126)
611CHAIN K AND (RESSEQ 9:126)
112CHAIN B AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)
212CHAIN D AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)
312CHAIN F AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)
412CHAIN H AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)
512CHAIN J AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)
612CHAIN L AND (RESSEQ 9:80 OR RESSEQ 100:125)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN BAER


分子量: 27931.006 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MG1655 (大腸菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P69229
#2: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Br12Ta6

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.88 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.4
詳細: 1.2 M SODIUM ACETATE AND 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→76.23 Å / Num. obs: 89499 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.3→49.549 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: LINKER REGION BETWEEN 126-141 IS MISSING THERE IS DENSITY BUT TOO POOR TO BUILD THE LINKER RELIABLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 4488 5 %
Rwork0.2252 --
obs0.2262 89468 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.903 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21096 0 162 0 21258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05530630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.48544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023708
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
13E935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
14G935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
15I935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
16K935X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
21B777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
23F777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
24H777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
25J777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
26L777X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.33750.33121380.35212811X-RAY DIFFRACTION99
3.3375-3.37680.33151430.33312829X-RAY DIFFRACTION98
3.3768-3.41790.36831590.35192775X-RAY DIFFRACTION98
3.4179-3.46120.36811580.32432829X-RAY DIFFRACTION99
3.4612-3.50670.31141590.3182770X-RAY DIFFRACTION99
3.5067-3.55470.33131270.29232857X-RAY DIFFRACTION98
3.5547-3.60550.2961500.28822790X-RAY DIFFRACTION98
3.6055-3.65930.26071510.27862832X-RAY DIFFRACTION99
3.6593-3.71650.28911480.26582817X-RAY DIFFRACTION99
3.7165-3.77740.32291570.25972801X-RAY DIFFRACTION99
3.7774-3.84250.26221400.24832857X-RAY DIFFRACTION99
3.8425-3.91230.23271340.23862793X-RAY DIFFRACTION98
3.9123-3.98760.26421460.24292882X-RAY DIFFRACTION99
3.9876-4.06890.25571350.23292805X-RAY DIFFRACTION99
4.0689-4.15730.2151370.21522844X-RAY DIFFRACTION99
4.1573-4.2540.22431570.20922823X-RAY DIFFRACTION99
4.254-4.36030.22081560.20952822X-RAY DIFFRACTION99
4.3603-4.47810.2451670.22822X-RAY DIFFRACTION99
4.4781-4.60980.20881440.192812X-RAY DIFFRACTION98
4.6098-4.75850.19781640.18932820X-RAY DIFFRACTION99
4.7585-4.92840.20611340.19152848X-RAY DIFFRACTION99
4.9284-5.12560.22581430.19922862X-RAY DIFFRACTION99
5.1256-5.35860.2281590.21972824X-RAY DIFFRACTION99
5.3586-5.64070.27021400.23582885X-RAY DIFFRACTION99
5.6407-5.99360.27011530.22682822X-RAY DIFFRACTION99
5.9936-6.45540.26431640.2362865X-RAY DIFFRACTION99
6.4554-7.10340.24361440.22562870X-RAY DIFFRACTION99
7.1034-8.12730.22141650.19962841X-RAY DIFFRACTION99
8.1273-10.22480.20491570.17722880X-RAY DIFFRACTION99
10.2248-49.55450.23961590.22292892X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.59014.3614-0.78538.5032-1.1734.023-0.26560.58891.1991-0.3560.15240.0379-0.5883-0.14470.11240.54110.142-0.03680.550.06540.6005-20.7529-37.5364-102.5748
29.44260.1629-1.52748.54412.39825.7139-0.28260.6907-0.4263-0.01310.2212-0.1101-0.06090.2690.04350.99250.22670.01180.6534-0.02460.5017-22.0585-41.0102-50.9048
36.04035.6818-0.62359.609-0.64821.6685-0.43110.5768-0.4772-0.90090.3174-0.28810.3976-0.4530.13030.6390.0362-0.00720.7866-0.07080.6586-24.0897-63.5926-100.5786
47.2357-4.04390.60299.7558-0.57627.05810.37591.2313-1.1753-1.1338-0.36340.08121.70131.0926-0.08341.55630.52280.1081.1903-0.17830.9968-17.3268-70.5461-57.4864
59.9588-0.6881.925.07740.01563.04280.13590.4352-0.3527-0.2742-0.11830.72820.5146-0.1395-0.04850.7412-0.0085-0.01280.4857-0.01660.5293-46.3394-22.4294-36.6167
65.91180.3385-0.4096.7994-0.4232.9225-0.1083-0.2584-0.84280.6614-0.01120.86870.1303-0.50890.09220.56050.05590.09770.76480.04020.6759-69.471813.5607-29.4077
76.65692.84842.60073.79491.69545.50460.0726-0.2551-0.38251.1130.0319-0.74150.82750.7169-0.07921.1470.3951-0.13440.85040.04160.8519-11.5429-56.4585-29.5025
85.38560.62830.36216.65121.93285.1928-0.28751.1133-0.7124-0.49040.3999-1.04750.33761.27-0.12630.53780.0880.11981.2218-0.11090.8865-48.82614.936-102.7769
95.5258-0.8748-2.0093.50250.66544.13740.168-0.70091.2270.5294-0.0403-0.0438-1.50770.6795-0.20361.6845-0.4295-0.11880.8681-0.11431.1223-34.2113-4.534636.2357
107.5905-2.0696-1.64377.3928-1.73858.25540.19920.74780.4998-0.6407-0.3086-0.3419-0.69940.05680.01820.9501-0.2698-0.00890.69820.11360.6549-42.3916-21.761915.0909
118.555-0.35183.46198.8798-0.588.0193-0.1443-0.63470.14520.85940.06-0.25110.18530.08690.07070.4287-0.0165-0.0140.959-0.06030.5057-67.389417.1118-81.4849
128.30420.6873-1.20238.90632.65148.77850.3798-0.76350.64440.5925-0.0477-0.0832-0.1713-0.1414-0.33440.44540.09060.11720.9638-0.01520.6154-7.2715-49.7613-80.871
137.0179-0.53274.17078.2828-0.91349.40140.12860.6822-0.3402-0.81110.02170.16790.13690.3987-0.14970.71580.2511-0.00820.77290.07930.5603-52.08149.0794-51.1104
148.10810.30020.16115.5823-2.37057.8030.027-0.9798-0.19780.64310.25180.46360.0569-0.1238-0.25321.18510.25560.02840.62250.09270.6462-43.2267-4.6975-14.7682
158.54860.46980.59110.7307-0.40342.0552-0.00230.90470.173-0.1346-0.0735-0.22170.20810.62740.05960.97080.1552-0.01650.79970.04630.7995-22.5916-11.2971-34.4631
163.5253.3444-0.34379.28931.21012.6502-0.0617-0.45970.16980.5437-0.0448-0.0466-0.35860.18220.11890.60540.1148-0.0850.74340.01930.7106-49.637330.7259-31.4036
175.6534.29671.14583.26270.77482.6243-0.2231-0.2226-0.35250.52290.01960.04540.4494-0.15870.23911.07210.24390.17420.65610.07940.9574-36.3865-62.1624-36.7164
181.25732.7579-0.10296.42640.35532.42790.01410.13590.6452-0.2099-0.35460.2202-0.69340.4010.36130.8246-0.0629-0.12021.0770.0661.2594-55.45739.6788-96.487
192.0646-2.8371-0.90660.8439-0.15981.9092-0.3822-0.29380.46080.07830.0847-0.5393-0.38070.97030.29440.9104-0.3008-0.11791.2104-0.03631.254-16.809-23.427830.1835
207.01393.8098-2.19812.0935-1.52917.5005-0.34161.00560.6669-0.81270.334-0.9477-2.14991.5204-0.08282.0252-0.7878-0.10921.50420.28471.5069-18.6082-3.42118.5752
217.5109-1.1817-0.98156.383-1.21747.9268-0.0781-0.53820.55890.91730.2171-1.424-0.43912.1582-0.1220.7287-0.1175-0.26851.7032-0.05361.0599-39.475727.5099-74.9627
228.5635-1.6747-1.69716.6278-0.84547.7764-0.0275-1.36890.04671.00080.48470.8321-0.2811-1.409-0.40320.75090.27460.10011.6040.04880.6313-37.7896-49.6783-78.4894
238.9131-2.0032-0.03184.9202-0.12236.03220.46111.53620.7848-1.1307-0.1160.4261-1.2643-0.9469-0.37451.11810.3589-0.05841.23170.15970.6974-68.665534.5716-53.537
244.8752-1.01511.70467.5977-1.6829.94610.2185-0.86-0.61811.41890.1766-0.30751.29720.4362-0.36761.63980.2075-0.14610.74580.0860.6862-27.1942-30.6632-12.5339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND ((RESSEQ 9:126))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND ((RESSEQ 141:240))
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND ((RESSEQ 9:125))
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND ((RESSEQ 142:240))
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND ((RESSEQ 9:126))
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN E AND ((RESSEQ 9:126))
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G AND ((RESSEQ 9:126))
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN I AND ((RESSEQ 9:126))
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN K AND ((RESSEQ 9:126))
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND ((RESSEQ 141:240))
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND ((RESSEQ 141:240))
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN G AND ((RESSEQ 141:240))
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN I AND ((RESSEQ 141:240))
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN K AND ((RESSEQ 141:240))
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND ((RESSEQ 9:125))
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN F AND ((RESSEQ 9:125))
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN H AND ((RESSEQ 9:125))
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN J AND ((RESSEQ 9:125))
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN L AND ((RESSEQ 9:125))
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND ((RESSEQ 142:240))
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN F AND ((RESSEQ 142:240))
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN H AND ((RESSEQ 142:240))
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN J AND ((RESSEQ 142:240))
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN L AND ((RESSEQ 142:240))

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る