+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4azt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Co-crystal structure of WbdD and kinase inhibitor LY294002. | ||||||
![]() | METHYLTRANSFERASE WBDD | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-O-phospho-polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol 3-phospho-methyltransferase / polymannosyl GlcNAc-diphospho-ditrans,octacis-undecaprenol kinase / O antigen biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / protein kinase activity / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hagelueken, G. / Huang, H. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Wbdd; a Bifunctional Kinase and Methyltransferase that Regulates the Chain Length of the O Antigen in Escherichia Coli O9A. 著者: Hagelueken, G. / Huang, H. / Clarke, B.R. / Lebl, T. / Whitfield, C. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 159.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65063.023 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-556 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 221分子 ![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/LY2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/LY2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LY2 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→42.5 Å / Num. obs: 27997 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.1 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.34→112.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 11.451 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→112.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|