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- PDB-4az9: Crystal structure of phox homology domain of human sorting nexin 24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4az9
タイトルCrystal structure of phox homology domain of human sorting nexin 24
要素SORTING NEXIN-24
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cytoplasmic vesicle membrane / protein transport
類似検索 - 分子機能
Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Oberholzer, A.E. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Froese, D.S. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...Oberholzer, A.E. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Froese, D.S. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phox Homology Domain of Human Sorting Nexin 24
著者: Oberholzer, A.E. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Froese, D.S. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.
履歴
登録2012年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Structure summary
改定 1.22013年11月20日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SORTING NEXIN-24
B: SORTING NEXIN-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1444
ポリマ－31,0202
非ポリマー1242
水4,648258
1
A: SORTING NEXIN-24
ヘテロ分子

B: SORTING NEXIN-24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1444
ポリマ－31,0202
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area1640 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
2
B: SORTING NEXIN-24

A: SORTING NEXIN-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1444
ポリマ－31,0202
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area1640 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.526, 54.241, 122.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 SORTING NEXIN-24


分子量: 15509.854 Da / 分子数: 2 / 断片: PHOX HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 160-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y343
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 73 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→122.68 Å / Num. obs: 30020 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→122.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.213 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20473 1521 5.1 %RANDOM
Rwork0.18074 ---
obs0.18195 28447 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→122.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1863 0 8 258 2129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9642699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2573.0013360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96823.9898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50515359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 109 -
Rwork0.282 1888 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.19258.28651.539827.39112.459510.4013-0.0255-0.5698-0.40740.0469-0.243-0.47910.29920.63670.26840.01190.03770.00470.16330.01260.0422-13.301133.5764-41.343
21.0481-0.5378-0.40594.12981.83883.11530.01140.05360.0299-0.1997-0.0117-0.1762-0.18670.24710.00030.09380.00710.01530.06070.00490.0553-14.61096.4602-56.4592
31.5125-0.1314-1.62771.712.14669.24090.00510.0009-0.0960.0806-0.12420.04030.16650.16340.11910.1060.0044-0.00890.05890.00150.0763-18.01872.4699-42.7025
40.57890.25480.38990.97641.22644.47460.0409-0.0324-0.02920.0751-0.06230.05990.1788-0.23980.02150.069-0.00620.01030.0726-0.01020.0756-24.1039-0.541-49.1081
50.7980.19960.49832.46451.95254.2218-0.00280.0457-0.04670.0736-0.08210.2283-0.1561-0.31540.0850.09190.0524-0.00150.0943-0.01360.068-24.88148.468-52.1911
65.1908-0.1999-1.64881.5050.5656.00090.0666-0.2465-0.0270.1856-0.0157-0.1344-0.4990.4126-0.05090.1695-0.0468-0.01330.0464-0.00610.0188-15.038113.9351-41.4981
712.6381.7352-3.49682.6766-2.68169.75810.37990.06880.77350.29240.07690.039-0.6201-0.1177-0.45680.05780.02450.01850.04860.0390.1812-34.45317.4049-14.144
82.9376-1.42910.88560.7926-0.51651.0252-0.067-0.0227-0.15170.07930.05970.10520.1275-0.01370.00740.09550.01860.00480.0950.01460.111-13.69043.7863-10.2994
91.76630.28462.9661.3219-2.03189.9492-0.06530.1997-0.0566-0.1541-0.078-0.13840.17180.48770.14330.05840.01980.01730.1681-0.0040.0657-8.72087.0131-24.7308
103.4676-0.6683.8720.7093-0.13395.5413-0.03830.11360.0362-0.11490.0503-0.1272-0.08820.2638-0.01210.0465-0.0320.01680.13430.02440.0907-2.377512.3161-17.6767
112.9873-1.20782.09961.1256-1.48783.1671-0.04260.04710.1509-0.0086-0.0167-0.0628-0.24760.20750.05930.0891-0.0199-0.00370.1010.01230.104-10.471914.3779-14.2976
121.6981.1626-0.17094.7683-1.00066.34250.00740.1821-0.1083-0.1724-0.00670.03990.0314-0.1749-0.00070.04850.0053-0.00760.1119-0.00640.0592-20.49159.1936-24.8803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 0
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3A40 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4A51 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5A71 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6A88 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7B-8 - 0
8X-RAY DIFFRACTION8B1 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9B40 - 50
10X-RAY DIFFRACTION10B51 - 70
11X-RAY DIFFRACTION11B71 - 87
12X-RAY DIFFRACTION12B88 - 102

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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