PDB-4az9: Crystal structure of phox homology domain of human sorting nexin 24

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4az9

タイトル

Crystal structure of phox homology domain of human sorting nexin 24

要素

SORTING NEXIN-24

キーワード

PROTEIN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol phosphate binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cytoplasmic vesicle membrane / protein transport
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Oberholzer, A.E. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Froese, D.S. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phox Homology Domain of Human Sorting Nexin 24
著者: Oberholzer, A.E. / Kiyani, W. / Krojer, T. / Shrestha, L. / von Delft, F. / Froese, D.S. / Chaikuad, A. / Raynor, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Yue, W.W.

履歴

登録	2012年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月5日	Group: Structure summary
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4az9.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4az9.ent.gz	89.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4az9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4az9_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4az9_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	4az9_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4az9_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/4az9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/4az9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mx0-1 5aws-1 5mx0-2 2ofk-d 5f2u-d 7by1-1 5z9e-d 5nrn-d 1gn1-3 3lq9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SORTING NEXIN-24

B: SORTING NEXIN-24

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SORTING NEXIN-24

ヘテロ分子

B: SORTING NEXIN-24

ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SORTING NEXIN-24

A: SORTING NEXIN-24

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.526, 54.241, 122.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SORTING NEXIN-24 分子量: 15509.854 Da / 分子数: 2 / 断片: PHOX HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 160-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y343
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 73 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→122.68 Å / Num. obs: 30020 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→122.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.213 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20473	1521	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18074	-	-	-
obs	0.18195	28447	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→122.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1863	0	8	258	2129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.964	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.257	3.001	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.666	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.968	23.98	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.505	15	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.526	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	109	-
R_work	0.282	1888	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1925	8.2865	1.5398	27.3911	2.4595	10.4013	-0.0255	-0.5698	-0.4074	0.0469	-0.243	-0.4791	0.2992	0.6367	0.2684	0.0119	0.0377	0.0047	0.1633	0.0126	0.0422	-13.3011	33.5764	-41.343
2	1.0481	-0.5378	-0.4059	4.1298	1.8388	3.1153	0.0114	0.0536	0.0299	-0.1997	-0.0117	-0.1762	-0.1867	0.2471	0.0003	0.0938	0.0071	0.0153	0.0607	0.0049	0.0553	-14.6109	6.4602	-56.4592
3	1.5125	-0.1314	-1.6277	1.71	2.1466	9.2409	0.0051	0.0009	-0.096	0.0806	-0.1242	0.0403	0.1665	0.1634	0.1191	0.106	0.0044	-0.0089	0.0589	0.0015	0.0763	-18.0187	2.4699	-42.7025
4	0.5789	0.2548	0.3899	0.9764	1.2264	4.4746	0.0409	-0.0324	-0.0292	0.0751	-0.0623	0.0599	0.1788	-0.2398	0.0215	0.069	-0.0062	0.0103	0.0726	-0.0102	0.0756	-24.1039	-0.541	-49.1081
5	0.798	0.1996	0.4983	2.4645	1.9525	4.2218	-0.0028	0.0457	-0.0467	0.0736	-0.0821	0.2283	-0.1561	-0.3154	0.085	0.0919	0.0524	-0.0015	0.0943	-0.0136	0.068	-24.8814	8.468	-52.1911
6	5.1908	-0.1999	-1.6488	1.505	0.565	6.0009	0.0666	-0.2465	-0.027	0.1856	-0.0157	-0.1344	-0.499	0.4126	-0.0509	0.1695	-0.0468	-0.0133	0.0464	-0.0061	0.0188	-15.0381	13.9351	-41.4981
7	12.638	1.7352	-3.4968	2.6766	-2.6816	9.7581	0.3799	0.0688	0.7735	0.2924	0.0769	0.039	-0.6201	-0.1177	-0.4568	0.0578	0.0245	0.0185	0.0486	0.039	0.1812	-34.453	17.4049	-14.144
8	2.9376	-1.4291	0.8856	0.7926	-0.5165	1.0252	-0.067	-0.0227	-0.1517	0.0793	0.0597	0.1052	0.1275	-0.0137	0.0074	0.0955	0.0186	0.0048	0.095	0.0146	0.111	-13.6904	3.7863	-10.2994
9	1.7663	0.2846	2.966	1.3219	-2.0318	9.9492	-0.0653	0.1997	-0.0566	-0.1541	-0.078	-0.1384	0.1718	0.4877	0.1433	0.0584	0.0198	0.0173	0.1681	-0.004	0.0657	-8.7208	7.0131	-24.7308
10	3.4676	-0.668	3.872	0.7093	-0.1339	5.5413	-0.0383	0.1136	0.0362	-0.1149	0.0503	-0.1272	-0.0882	0.2638	-0.0121	0.0465	-0.032	0.0168	0.1343	0.0244	0.0907	-2.3775	12.3161	-17.6767
11	2.9873	-1.2078	2.0996	1.1256	-1.4878	3.1671	-0.0426	0.0471	0.1509	-0.0086	-0.0167	-0.0628	-0.2476	0.2075	0.0593	0.0891	-0.0199	-0.0037	0.101	0.0123	0.104	-10.4719	14.3779	-14.2976
12	1.698	1.1626	-0.1709	4.7683	-1.0006	6.3425	0.0074	0.1821	-0.1083	-0.1724	-0.0067	0.0399	0.0314	-0.1749	-0.0007	0.0485	0.0053	-0.0076	0.1119	-0.0064	0.0592	-20.4915	9.1936	-24.8803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-8 - 0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	51 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	71 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	88 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	-8 - 0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	40 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	51 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	71 - 87
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	88 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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