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- PDB-4ays: The Structure of Amylosucrase from D. radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ays
タイトルThe Structure of Amylosucrase from D. radiodurans
要素AMYLOSUCRASE
キーワードTRANSFERASE / GLUCAN SYNTHESIS / GH-13
機能・相同性
機能・相同性情報


amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain ...: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Skov, L.K. / Pizzut, S. / Remaud-Simeon, M. / Gajhede, M. / Mirza, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The Structure of Amylosucrase from Deinococcus Radiodurans Has an Unusual Open Active-Site Topology
著者: Skov, L.K. / Pizzut-Serin, S. / Remaud-Simeon, M. / Ernst, H.A. / Gajhede, M. / Mirza, O.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMYLOSUCRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0821
ポリマ－72,0821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.180, 129.180, 122.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 AMYLOSUCRASE / ALPHA-AMYLASE


分子量: 72082.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RVT9, amylosucrase
配列の詳細CONTAINS 4 EXTRA RESIDUES (GLPG) AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.27 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.843
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 18489 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 80.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UCQ

3ucq


解像度: 3.15→40.619 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1 TO 15, 124 TO 151, 229 TO 233 AND 529 TO 534 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 946 5.1 %
Rwork0.2005 --
obs0.2024 18432 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.072 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1295 Å20 Å20 Å2
2---4.1295 Å20 Å2
3---8.259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→40.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 0 0 4668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7436549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6331710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1501-3.31610.31041230.27642447X-RAY DIFFRACTION100
3.3161-3.52370.29581400.24212437X-RAY DIFFRACTION100
3.5237-3.79560.28321350.23022471X-RAY DIFFRACTION100
3.7956-4.17730.26981480.19222455X-RAY DIFFRACTION100
4.1773-4.78090.18861360.16472497X-RAY DIFFRACTION100
4.7809-6.02030.21961410.1772504X-RAY DIFFRACTION100
6.0203-40.6220.20851230.20342675X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.15551.43480.12443.96730.09694.39790.23920.6312-0.906-0.40560.10780.7591.1785-0.2471-0.17870.723-0.1251-0.24760.2854-0.01280.6569-21.4263-44.5487-4.8911
22.50220.7685-0.18992.45121.65661.2963-0.1668-0.8846-0.730.65080.3460.37740.7045-0.47440.05070.5235-0.19660.03680.61340.28140.5434-24.8153-34.92920.7874
32.7299-2.16820.23834.79740.90073.71810.2023-0.112-1.15020.10580.1587-0.13361.37251.0113-0.32980.94990.1559-0.29320.82020.14331.0649-2.4443-52.689610.5303
42.03381.4402-0.97561.249-0.10342.63730.4722-0.8445-1.51310.0178-0.128-0.35811.08771.1519-0.21550.81950.1021-0.31320.60750.13670.83861.0301-47.998610.8842
54.9427-0.6636-1.28924.01320.5393.36940.3046-0.6568-0.6714-0.12110.0307-0.27070.07880.6583-0.30990.5341-0.0153-0.15180.48940.06830.4841-7.8918-36.86696.3191
62.18280.46060.7732.88910.56182.8248-0.0827-0.36450.1791-0.00410.4652-0.69550.03761.2913-0.19740.2803-0.0783-0.05210.8328-0.1580.5561-1.4565-20.771816.4647
72.0336-0.3460.83814.0091-0.02370.5203-0.01210.24630.45310.37330.0537-0.92130.4540.6131-0.18450.69960.231-0.30111.4658-0.06980.81323.6628-23.880134.1668
83.1634-0.30410.21154.4518-0.5974.410.0882-1.1-0.18451.21710.27770.02160.6359-0.1211-0.2420.71430.0408-0.09720.91030.05970.3248-12.8445-24.04833.7919
94.4942.29481.61664.1866-0.08774.5738-0.2767-0.10040.7055-0.0210.1009-0.2639-0.86640.41970.17520.6382-0.2296-0.10350.5249-0.06760.4628-10.9748-5.250117.117
105.05243.68793.42663.27561.72746.4427-0.0597-0.91771.31930.7751-0.68330.676-1.1634-0.33170.70950.7118-0.0639-0.15520.6037-0.14950.7222-16.6876-0.045823.7102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 16:62)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 63:164)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 165:210)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 211:267)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 268:329)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 330:418)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 419:460)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 461:556)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 557:610)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 611:643)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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