+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ayb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | RNAP at 3.2Ang | ||||||
要素 | (DNA-DIRECTED RNA ...) x 13 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / MULTI-SUBUNIT / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation ...RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å | ||||||
データ登録者 | Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: Structural and Functional Analyses of the Interaction of Archaeal RNA Polymerase with DNA. 著者: Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #1: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 2011 タイトル: Archaeal RNA Polymerase: The Influence of the Protruding Stalk in Crystal Packing and Preliminary Biophysical Analysis of the Rpo13 Subunit. 著者: Wojtas, M. / Peralta, B. / Ondiviela, M. / Mogni, M. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. #2: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009 タイトル: Evolution of Complex RNA Polymerases: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure. 著者: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ayb.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4ayb.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ayb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ayb_validation.pdf.gz | 572.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4ayb_full_validation.pdf.gz | 709 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ayb_validation.xml.gz | 129.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ayb_validation.cif.gz | 170.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ayb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-DNA-DIRECTED RNA ... , 13種, 13分子 ABCDEFGHKLNPQ
#1: タンパク質 | 分子量: 99766.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO1N SUBUNIT / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB53, DNA-directed RNA polymerase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 127582.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO2 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB55, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 43792.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO1C / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB54, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 30179.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO3 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB56, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 20328.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO7 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB57, DNA-directed RNA polymerase |
#6: タンパク質 | 分子量: 12822.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPOF / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB58, DNA-directed RNA polymerase |
#7: タンパク質 | 分子量: 15139.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO8 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB59, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 9688.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO5 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB60, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 10729.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO6 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB61, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 10211.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO11 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB62, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質 | 分子量: 7617.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO10 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB63, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5606.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO12 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB64, DNA-directed RNA polymerase |
#13: タンパク質 | 分子量: 12170.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO13 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB65, DNA-directed RNA polymerase |
-非ポリマー , 3種, 12分子
#14: 化合物 | ChemComp-ZN / #15: 化合物 | ChemComp-MG / | #16: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→40.1 Å / Num. obs: 88449 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.27 Å / 冗長度: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WAQ 解像度: 3.202→40.097 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THIS ENTRY UPDATES PDB ENTRIES 2WAQ AND 2WB1.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.52 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 95.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.202→40.097 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|