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- PDB-4ayb: RNAP at 3.2Ang -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ayb
タイトルRNAP at 3.2Ang
要素(DNA-DIRECTED RNA ...) x 13
キーワードTRANSFERASE / MULTI-SUBUNIT / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : ...RNA polymerase binding / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain ...DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA polymerase; domain 1 - #390 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / Dihydrolipoamide Transferase / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase ii / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Alpha-Beta Plaits - #20 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / Other non-globular / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Rubrerythrin, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Gyrase A; domain 2 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Homeodomain-like / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 ...IRON/SULFUR CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.202 Å
データ登録者Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Analyses of the Interaction of Archaeal RNA Polymerase with DNA.
著者: Wojtas, M.N. / Mogni, M. / Millet, O. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
#1: ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 2011
タイトル: Archaeal RNA Polymerase: The Influence of the Protruding Stalk in Crystal Packing and Preliminary Biophysical Analysis of the Rpo13 Subunit.
著者: Wojtas, M. / Peralta, B. / Ondiviela, M. / Mogni, M. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
#2: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: Evolution of Complex RNA Polymerases: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure.
著者: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.22012年9月5日Group: Atomic model
改定 1.32012年11月7日Group: Database references
改定 1.42019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
P: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
Q: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,66625
ポリマ－405,63613
非ポリマー1,03012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area74780 Å2
ΔGint-334.1 kcal/mol
Surface area162090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.725, 212.415, 128.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA-DIRECTED RNA ... , 13種, 13分子 ABCDEFGHKLNPQ

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 99766.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO1N SUBUNIT / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB53, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 127582.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO2 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB55, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 43792.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO1C / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB54, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 30179.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO3 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB56, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 20328.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO7 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB57, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 12822.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPOF / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB58, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 15139.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO8 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB59, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 9688.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO5 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB60, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 10729.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO6 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB61, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 10211.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO11 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB62, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 7617.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO10 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB63, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質・ペプチド DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 5606.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO12 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB64, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量: 12170.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RPO13 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB65, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 12分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40.1 Å / Num. obs: 88449 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.27 Å / 冗長度: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WAQ

2waq


解像度: 3.202→40.097 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.23 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THIS ENTRY UPDATES PDB ENTRIES 2WAQ AND 2WB1.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3005 4426 5 %
Rwork0.2425 --
obs0.2454 88375 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.52 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 95.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.1928 Å20 Å20 Å2
2---12.2327 Å20 Å2
3---3.0399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.202→40.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27103 0 18 0 27121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76237329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.61210602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2021-3.27650.39272910.3275398X-RAY DIFFRACTION97
3.2765-3.35840.35972900.31445540X-RAY DIFFRACTION99
3.3584-3.44920.37542890.30735524X-RAY DIFFRACTION99
3.4492-3.55060.33413100.28155544X-RAY DIFFRACTION99
3.5506-3.66520.31172710.27155531X-RAY DIFFRACTION99
3.6652-3.79610.31112890.25665578X-RAY DIFFRACTION100
3.7961-3.94790.32512780.24545553X-RAY DIFFRACTION100
3.9479-4.12740.31483260.2385540X-RAY DIFFRACTION100
4.1274-4.34480.31692870.21785590X-RAY DIFFRACTION100
4.3448-4.61660.24622980.19445591X-RAY DIFFRACTION100
4.6166-4.97250.25072780.20135644X-RAY DIFFRACTION100
4.9725-5.47180.2943130.23215612X-RAY DIFFRACTION100
5.4718-6.2610.31972810.25195695X-RAY DIFFRACTION100
6.261-7.87830.28753060.22795718X-RAY DIFFRACTION100
7.8783-40.09980.27153190.23735891X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4592-0.26010.02153.2027-0.41353.3510.42260.3210.4668-0.7344-0.07110.1982-0.9356-0.36550.01730.78050.2877-0.14660.56770.03990.044-58.072330.7049-41.0023
21.6291-0.16270.34212.16610.16731.6725-0.03420.0668-0.16110.51130.0477-0.1890.14880.1319-0.0014-0.17760.2087-0.0686-0.12890.041-0.0368-38.097311.40111.591
30.64920.68370.61230.88910.78230.7636-0.11520.2080.3585-0.21580.0696-0.0538-0.18230.2308-0.01670.20130.11320.05090.3107-0.02560.514-26.1420.1813-1.9669
41.5098-0.64020.99622.7621-1.21882.2976-0.11420.11480.52730.3314-0.0355-0.1112-0.4912-0.0637-0.00010.17870.02790.0138-0.0037-0.03430.4189-52.666367.81244.6378
50.82580.32630.4041.29780.32291.66790.19160.69270.1772-0.6071-0.0746-0.0794-0.12490.0239-00.50280.02940.18850.75610.39340.8126-23.902564.571-25.9886
60.737-0.27930.0741.6074-0.0560.8006-0.0580.19350.64730.24890.0120.0396-0.3031-0.0520.0278-0.11710.0984-0.0752-0.043-0.0175-0.2355-45.620643.10766.3882
71.80350.01820.71630.6722-0.19752.38310.21020.2387-0.149-0.09560.0321-0.65420.30090.3946-0.00080.04780.09430.01090.3829-0.17390.3812-22.4445-3.3751-7.4783
81.32420.1052-0.48661.22791.02311.16460.01750.2152-0.0728-0.6667-0.02010.3311-0.18030.0755-0.00010.2787-0.2064-0.04671.0533-0.01570.98341.900837.8921-29.475
91.6073-0.07060.18260.899-0.05121.8483-0.02420.61890.1793-0.57460.0868-0.2809-0.18260.2016-0.01480.10180.02410.01960.392-0.03330.3717-32.301311.5001-22.6627
102.27790.04460.15081.69450.0521.73290.1054-0.6254-0.0830.61410.08820.58890.0885-0.53480.00820.88240.22830.29610.61550.0440.1483-65.048627.672142.819
111.0852-0.9403-0.62692.0621-0.21461.3441-0.2149-0.5748-0.1141.01380.279-0.1639-0.14270.14630.00811.29820.197-0.18230.56250.12350.0387-38.472615.065149.788
120.8824-0.2011-0.19880.6531-0.17630.59270.09550.9959-0.1914-0.4991-0.20390.46070.3335-0.3252-0.01140.24660.0048-0.22410.5072-0.2050.6852-73.5684-14.2971-26.5944
130.02810.06270.05590.14180.1290.115-0.57731.0798-0.3735-0.27070.05780.54510.7843-1.1416-0.00011.0733-0.0118-0.18162.4034-0.1751.2937-99.3394-11.1045-54.9424
140.030.0707-0.05760.1551-0.13790.11450.10850.2383-0.347-0.94460.51530.73230.6054-0.44690.00030.8083-0.1414-0.52831.39370.07361.4207-85.2196-21.54-38.0025
150.0772-0.02370.07960.0063-0.02260.07830.54850.1388-0.222-0.70160.58790.59860.039-0.69070.00011.70820.2103-0.34572.0888-0.77141.8279-80.4496-26.4188-57.7583
161.03240.1866-0.06130.5512-0.31240.7288-0.1647-0.655-0.37740.75840.1167-0.83510.39860.56410.00480.95080.1927-0.37120.62760.1370.4682-13.8804-10.914235.559
170.9511-0.1364-0.05560.9584-0.19221.0545-0.17680.7894-0.0969-0.6380.1303-0.5929-0.03960.2572-0.00690.42730.17270.04620.651-0.16120.5182-23.1702-1.7332-31.6842
182.4175-0.63520.87941.9677-0.64341.6971-0.1604-0.1208-0.74490.14210.0320.06020.55520.1146-0.04120.2343-0.0657-0.13160.1229-0.04950.4734-51.2796-12.769-8.3443
191.32850.2725-0.04110.5635-0.51280.5472-0.0294-0.2733-0.65180.17660.26510.12350.2289-0.34350.00020.91710.04690.00770.46860.28610.3227-53.134-2.52538.4677
200.2436-0.5018-0.1871.9571-0.46690.9288-0.5916-0.38630.08161.49160.74470.1441-0.6635-0.51110.09870.86730.25760.02520.3671-0.24220.0553-50.535941.780939.7178
210.3796-0.00970.02230.38650.28170.72860.1188-0.34080.47250.52610.11810.5596-0.5488-0.0728-0.00740.54620.35970.28220.41010.0180.6592-79.44650.928919.5126
220.1661-0.15980.01180.1696-0.06640.17970.11970.73350.56-0.89360.4251-0.8645-0.21830.26970.00021.19610.10270.16791.4748-0.36910.8081-29.5532-1.4839-48.8604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 3:298
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 299:755
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 756:879
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 7:174
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 175:334
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 335:1125
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESID 7:125
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND RESID 126:249
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 250:395
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 2:157
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND RESID 158:263
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN E AND RESID 1:78
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN E AND RESID 79:177
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN F AND RESID 3:46
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN F AND RESID 47:110
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN G
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN H
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN K
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN L
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN N
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN P
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN Q

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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