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- PDB-4axv: Biochemical and structural characterization of the MpaA amidase a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axv
タイトルBiochemical and structural characterization of the MpaA amidase as part of a conserved scavenging pathway for peptidoglycan derived peptides in gamma-proteobacteria
要素MPAA
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


murein tripeptide carboxypeptidase activity / amidase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Murein peptide amidase A / : / Succinylglutamate desuccinylase/Aspartoacylase catalytic domain / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Murein peptide amidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Maqbool, A. / Herve, M. / Mengin-Lecreulx, D. / Dodson, E. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Mpaa is a Murein-Tripeptide-Specific Zinc Carboxypeptidase that Functions as Part of a Catabolic Pathway for Peptidoglycan Derived Peptides in Gamma-Proteobacteria.
著者: Maqbool, A. / Herve, M. / Mengin-Lecreulx, D. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
履歴
登録2012年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22020年3月4日Group: Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MPAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0533
ポリマ－26,9251
非ポリマー1272
水82946
1
A: MPAA
ヘテロ分子

A: MPAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1056
ポリマ－53,8502
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4760 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.600, 73.600, 208.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2020-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MPAA


分子量: 26925.191 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 14-248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7N805
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9797
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→69.57 Å / Num. obs: 18606 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 7.4 / 冗長度: 40.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 42.7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.17→60.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.426 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23293 948 5.1 %RANDOM
Rwork0.19572 ---
obs0.19761 17580 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→60.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 5 46 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0381.9722654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9545244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45424.35385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.14815300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0351511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0221489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.172→2.228 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 72 -
Rwork0.197 1264 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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