[日本語] English
万見
- PDB-4axp: NMR structure of Hsp12, a protein induced by and required for die... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axp
タイトルNMR structure of Hsp12, a protein induced by and required for dietary restriction-induced lifespan extension in yeast.
要素12 KDA HEAT SHOCK PROTEIN
キーワードCELL ADHESION / AGING / LONGEVITY / PROTEOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane organization / cellular response to osmotic stress / protein folding chaperone / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / endosome / cell adhesion / lipid binding / nucleus / plasma membrane ...plasma membrane organization / cellular response to osmotic stress / protein folding chaperone / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / endosome / cell adhesion / lipid binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2440 / Heat shock protein 9/12 / Heat shock protein 9/12 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
12 kDa heat shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Herbert, A.P. / Riesen, M. / Bloxam, L. / Kosmidou, E. / Wareing, B.M. / Johnson, J.R. / Phelan, M.M. / Pennington, S.R. / Lian, L.Y. / Morgan, A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: NMR Structure of Hsp12, a Protein Induced by and Required for Dietary Restriction-Induced Lifespan Extension in Yeast.
著者: Herbert, A.P. / Riesen, M. / Bloxam, L. / Kosmidou, E. / Wareing, B.M. / Johnson, J.R. / Phelan, M.M. / Pennington, S.R. / Lian, L.Y. / Morgan, A.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Atomic model
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 12 KDA HEAT SHOCK PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7131
ポリマ－11,7131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1

-
要素

#1: タンパク質 12 KDA HEAT SHOCK PROTEIN / HSP12 / GLUCOSE AND LIPID-REGULATED PROTEIN


分子量: 11712.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PE-SUMO-PRO-KAN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22943

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH
121HBHA(CO)NH
131(H)CCH TOCSY
141HNCA
151HN(CA)CB
161HN(CA)CO
171HNCO
181N- HSQC
191C-HSQC FOLD
1101C-NOESY
1111C- TROSY-AROM
1121HBHANH
1131HNCBCGCDHD
1141N- NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED RECOMBINANT HSP12

-
試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 318.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGUENTERT精密化
CYANA2.1構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
TopSpin2.1構造決定
DANGLE1構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る