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- PDB-4axj: Structure of the Clostridium difficile EutM protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axj
タイトルStructure of the Clostridium difficile EutM protein
要素ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ETHANOLAMINE / BACTERIAL MICROCOMPARTMENT / BMC
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine catabolic process / bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily ...BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein EutM
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Pitts, A.C. / Tuck, L.R. / Faulds-Pain, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: Plos One / : 2012
タイトル: Structural Insight Into the Clostridium Difficile Ethanolamine Utilisation Microcompartment.
著者: Pitts, A.C. / Tuck, L.R. / Faulds-Pain, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Other
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
B: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
C: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0715
ポリマ-31,8793
非ポリマー1922
3,711206
1
A: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
B: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
C: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
ヘテロ分子

A: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
B: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
C: ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,14110
ポリマ-63,7576
非ポリマー3844
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-120.8 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.368, 46.380, 76.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1092-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 ETHANOLAMINE CARBOXYSOME STRUCTURAL PROTEIN / EUTM


分子量: 10626.194 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM DIFFICILE (バクテリア)
: 630 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q187N0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細INSERTION OF GLYCINE AT N-TERMINUS AFTER INITIATING METHIONINE AND C-TERMINAL HIS-TAG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PROTEIN IN H2O AT 10 MG/ML. CRYSTALLISED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, 100/100 NL DROPS, 100 UL WELL. WELL SOLUTION OF 200 MM LI2SO4, 100 MM PHOSPHATE/CITRATE PH 4.2, 20 % W/V PEG 1000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9804
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→38.2 Å / Num. obs: 30458 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EWH
解像度: 1.62→23.691 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 1527 5 %
Rwork0.1646 --
obs0.1662 30452 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.918 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.334 Å20 Å2-0.7064 Å2
2--12.6948 Å20 Å2
3---5.9833 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→23.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 10 206 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5472546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.797666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.113318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.67790.25711610.22072866X-RAY DIFFRACTION98
1.6779-1.74510.22811420.19762865X-RAY DIFFRACTION98
1.7451-1.82440.22021510.17072853X-RAY DIFFRACTION98
1.8244-1.92060.18381360.15912922X-RAY DIFFRACTION98
1.9206-2.04090.23521310.15852907X-RAY DIFFRACTION98
2.0409-2.19830.1941590.15912906X-RAY DIFFRACTION99
2.1983-2.41940.19791620.15092893X-RAY DIFFRACTION99
2.4194-2.7690.19991570.15432925X-RAY DIFFRACTION99
2.769-3.48690.19891550.17052945X-RAY DIFFRACTION99
3.4869-23.69310.17271730.16272843X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0218-0.0116-0.03040.03380.03920.06430.00570.0055-0.01130.00070.0083-0.00730.02770.02160.1557-0.02070.0379-0.03660.0260.0066-0.0153-18.080113.2141-13.7668
20.0023-0.00430.00230.0106-0.00720.00960.03630.0337-0.0122-0.00930.00220.01170.02390.04110.06680.07410.046-0.01010.0622-0.01980.0818-17.00327.0539-11.9016
30.0122-0.0007-0.00130.006-0.00390.00440.0039-0.0082-0.01090.00730.0135-0.02010.02740.02320.08840.00120.0481-0.03460.0443-0.01680.0131-18.510811.5102-7.784
40.01180.0033-0.00560.0193-0.00940.01540.00790.00870.02260.0010.01080.0224-0.01890.01580.14620.0162-0.02980.02240.06350.05660.0422-13.163218.2148-15.8593
50.00960.0055-0.01140.0034-0.00520.01980.01120.0028-0.00820.0064-0.0018-0.0094-0.0066-0.0090.08320.02210.0376-0.02060.04590.00460.0259-16.566619.7103-7.7779
60.0210.013-0.0280.0106-0.01050.0689-0.01030.0254-0.00010.00620.0164-0.01060.04210.0361-0.00150.0590.0272-0.01560.0622-0.00710.0185-9.76285.80080.2587
70.00670.00280.00320.0026-0.00070.00410.009-0.0066-0.0036-0.0005-0.0053-0.00370.00760.0037-0.0010.01330.0313-0.00740.0115-0.0410.025-30.535112.1267-21.2551
80.00510.005900.00670.00070.00030.0072-0.0066-0.0318-0.01130.0020.00240.00840.00450.0778-0.0092-0.023-0.0193-0.033-0.04320.0246-37.98410.7768-20.3568
90.00210.0039-0.00280.0102-0.00820.00630.0067-0.00010.01130.01660.00740.0134-0.0212-0.01140.13450.02610.03880.0073-0.00260.01340.0002-37.480818.155-26.9116
100.00140.00340.00510.01880.01760.01890.0305-0.008-0.00140.00040.0066-0.01360.01060.00890.43350.04270.04660.0142-0.0049-0.04380.0338-26.173911.2151-21.6794
110.0302-0.00340.03030.0177-0.00210.03190.00170.0012-0.0104-0.00540.0046-0.00020.00530.00360.01940.0143-0.02480.00020.0229-0.01920.0149-50.825914.6313-11.4792
120.0026-0.0030.00060.0039-0.00170.00330.00110.00690.0052-0.00870.01360.00970.0018-0.01320.1661-0.0126-0.02030.00870.01180.01650.0048-58.161513.2918-3.9005
130.0116-0.00420.00180.0105-0.00430.0024-0.00880.0047-0.0060.0027-0.0021-0.00320.0145-0.0058-0.07470.0375-0.0214-0.03180.0225-0.02920.0455-54.27637.4387-9.4507
140.14330.00170.09980.1980.10940.1329-0.00380.0045-0.0099-0.0186-0.00180.0270.0074-0.0051-0.00070.005-0.0516-0.02970.0581-0.00970.0012-49.836111.7881-10.4275
150.1409-0.0851-0.07380.0520.04820.08340.03220.00030.05070.0260.04330.0424-0.0818-0.04970.06440.0536-0.00260.01370.03260.01310.0346-59.580818.9322-10.373
160.00260.00490.00240.01970.00960.00920.0105-0.01390.00630.0141-0.0082-0.007-0.00790.0054-0.01290.0563-0.04220.02290.0245-0.01080.0397-50.900920.3643-11.5288
170.0071-0.00560.00520.0043-0.00410.0041-0.01710.0271-0.0401-0.00640.0053-0.04140.003-0.0071-0.03540.1361-0.05150.02820.0727-0.03930.116-47.45656.3093-21.7753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:28)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 29:38)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 39:51)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 52:69)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 70:78)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 79:90)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 2:14)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 15:51)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 52:69)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 70:90)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 5:14)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 15:28)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 29:38)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 39:51)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 52:69)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 70:78)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 79:90)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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