PDB-4axg: Structure of eIF4E-Cup complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4axg

タイトル

Structure of eIF4E-Cup complex

要素

EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
PROTEIN CUP

キーワード

TRANSLATION / 4E-BP / MRNA LOCALIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

oocyte growth in germarium-derived egg chamber / negative regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / follicle cell of egg chamber migration / negative regulation of oskar mRNA translation / TOR signaling pathway / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / ISG15 antiviral mechanism / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kinkelin, K. / Veith, K. / Gruenwald, M. / Bono, F.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Minimal Eif4E-Cup Complex Revelas a General Mechanism of Eif4E Regulation in Translational Repression
著者: Kinkelin, K. / Veith, K. / Gruenwald, M. / Bono, F.

履歴

登録	2012年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4axg.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4axg.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4axg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4axg_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4axg_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	4axg_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	4axg_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/4axg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u7xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6baw-2 5wmt-1 5wmt-3 2xbx-d 1fy1-d 1ycd-1 2fp3-d 2duo-1 3wv9-4 4fvs-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5)

登録構造単位

A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E

B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E

C: PROTEIN CUP

D: PROTEIN CUP

85.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E

C: PROTEIN CUP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E

D: PROTEIN CUP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.580, 142.580, 108.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4093, -0.90467, 0.11854), (0.63893, -0.19144, 0.74506), (-0.65134, 0.38069, 0.65638)
ベクター: 14.13856, -67.63185, 12.28072)

#1: タンパク質	EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / EIF-4E / EIF4E / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT / MRNA CAP-BINDING PROTEIN 分子量: 27861.111 Da / 分子数: 2 / 断片: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PETMCN HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P48598
#2: タンパク質	PROTEIN CUP / OSKAR RIBONUCLEOPROTEIN COMPLEX 147 KDA SUBUNIT 分子量: 14805.982 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUE 296-425 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9VMA3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG3350, 200 MM CALCIUM ACETATE

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0718
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→81.31 Å / Num. obs: 16494 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 67.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.23
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 13.62 % / R_merge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	MR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U7X

3u7x

解像度: 2.8→81.314 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	825	5 %
R_work	0.2282	-	-
obs	0.2291	16464	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.731 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1776 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.1776 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.3553 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→81.314 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3033	0	0	14	3047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.653	4213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.314	1047
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	538

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1440	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1440	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-2.9756	0.3611	134	0.3144	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9756-3.2053	0.2569	134	0.2628	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2053-3.5279	0.2724	135	0.2298	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5279-4.0384	0.2617	136	0.2108	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0384-5.0878	0.235	139	0.1897	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0878-81.3479	0.2118	147	0.2448	2779	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8234	1.1629	0.6941	2.2533	0.3564	3.8905	-0.0426	0.3201	0.1848	-0.1307	-0.0068	0.089	-0.5257	0.1743	0.0763	0.5282	-0.1337	-0.0887	0.3075	0.0425	0.3835	47.0754	-34.3053	-3.3237
2	1.8112	0.65	0.5417	1.0427	-0.5063	3.7444	-0.3026	0.3635	-0.0497	-0.1407	0.2679	-0.2616	-0.1177	-0.3897	0.0219	0.6726	-0.3448	-0.2115	0.8743	0.0797	0.5931	35.6095	-48.0844	-23.4612
3	1.7273	0.6087	0.8569	1.6906	0.151	3.5505	-0.3864	-0.074	0.1361	-0.3203	0.0904	0.1275	-0.3565	-0.1264	-0.049	0.363	-0.0107	-0.0596	0.3786	0.0376	0.4729	39.9452	-40.5345	-5.0435
4	5.7524	-3.5329	1.454	3.8329	-2.009	3.0535	0.5413	1.8426	-0.0834	-1.8768	-0.6343	-0.1083	-0.519	0.2886	-0.1302	0.8466	-0.1935	-0.0876	0.7268	-0.019	0.416	52.4546	-44.1928	-18.5359
5	2.5069	-1.8127	-0.2833	1.5008	0.5647	5.0332	0.2233	0.5408	-0.6317	-0.199	0.1588	0.4643	1.4394	-0.1109	0.2687	0.4979	-0.1062	-0.0753	0.3689	0.0167	0.5093	45.8535	-58.2774	-5.3899
6	1.9064	-0.3693	-0.1562	3.0913	-0.4504	3.6606	0.0026	0.2361	-0.309	-0.2263	0.0347	-0.0068	0.0197	0.4624	-0.0167	0.2021	-0.0994	-0.0568	0.2667	-0.0131	0.3223	51.4735	-50.5023	-3.8908
7	3.1204	0.0372	-2.582	2.7093	-0.4937	6.2039	0.0694	1.3759	-0.7789	-0.8255	0.166	-0.0633	1.4377	-0.8879	0.0819	0.5576	-0.0606	-0.1103	0.4316	-0.1725	0.5107	51.8512	-59.2908	-7.4025
8	5.0019	0.7685	1.4833	0.642	-0.7663	2.3342	-0.5032	1.143	-1.4479	-0.2607	0.4214	0.6821	1.5079	-0.1547	-0.8445	0.9564	-0.0169	-0.084	0.5765	-0.3687	0.9947	53.9483	-62.6161	-12.8067
9	0.1304	0.25	-0.323	0.9743	-1.0885	2.0673	0.3461	-0.1254	-0.0406	-0.5471	-0.6404	-0.4643	-0.2841	1.0292	0.1562	0.5491	-0.0588	0.1091	0.688	0.0828	0.4334	61.0998	-35.2254	1.2133
10	1.4585	-0.8338	0.2459	3.4441	-0.593	4.582	-0.7839	-1.1017	-0.0219	0.6581	0.6172	0.5947	-0.0684	-0.3019	0.007	0.3728	-0.0341	0.024	0.4348	0.004	0.4151	45.2761	-38.5408	10.532
11	3.3582	1.6607	1.0987	2.1346	-0.8906	1.926	0.0934	0.2829	0.5427	-0.0853	-1.0404	0.1903	-1.071	-0.4318	-0.194	0.9212	0.4842	-0.323	0.9024	0.0598	0.9466	31.0659	-32.7354	-8.6174
12	4.0535	-3.6342	3.3005	3.5833	-3.0765	3.0004	0.2979	-0.0175	1.0315	0.227	-0.7236	0.0266	-0.0778	-0.6083	-0.2408	1.011	0.0362	-0.2114	0.6775	-0.1799	0.877	30.0853	-38.9254	-4.6485
13	2.3694	1.2965	0.5582	2.1062	-0.6663	5.3728	0.2826	0.3038	0.6642	-0.1781	0.6318	1.2547	-0.1119	-2.0637	0.8153	0.2789	-0.5939	-0.6299	1.1344	-0.0026	0.1978	32.6069	-37.7694	-33.8076
14	1.7485	-0.7431	1.085	1.6072	0.2167	2.5106	0.0121	1.4651	0.3141	-1.3739	0.1228	0.1765	0.2909	-0.6114	0.1219	0.7173	-0.3669	-0.1406	1.0272	0.252	0.3615	39.2266	-32.8357	-41.7325
15	2.049	-1.7278	0.9114	5.692	-4.5498	6.1631	-0.2483	1.3633	0.8834	-0.9563	0.48	0.8566	-0.4318	-1.7928	-0.5407	0.9715	-0.2684	-0.3171	1.3495	0.2695	0.7178	33.7934	-28.8371	-43.8618
16	2.9651	0.3127	1.0766	3.8192	-0.7843	4.9893	0.0134	1.037	0.3744	-0.761	0.1719	0.3947	-0.6814	-0.8652	0.0515	0.8522	-0.2614	-0.1703	1.1169	0.3324	0.8465	39.8681	-28.027	-47.034
17	4.2425	-2.4171	1.3418	4.5143	0.7768	1.1705	0.4583	0.9358	0.5045	-1.1789	0.4278	-0.5086	0.5294	-0.4641	0.5592	1.369	-0.5934	0.0062	1.4063	0.2557	0.7531	46.0724	-28.7737	-49.0696
18	2.7903	0.1567	0.5363	2.1113	0.6516	1.7039	0.0569	1.4671	0.9372	-1.4552	0.7924	0.2931	0.3857	0.3121	0.0849	1.8551	-0.2411	0.2381	1.3524	0.299	0.7859	46.2153	-28.8172	-55.416
19	9.7435	0.8013	-0.3994	7.3328	-0.0494	1.8124	-0.7447	0.2175	0.9642	-0.5542	0.1851	1.4482	-1.7181	0.0745	0.0083	0.8895	0.1096	-0.0663	0.8461	-0.1138	1.0734	29.8954	-22.8824	-27.2943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 66:81)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 82:92)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 93:128)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 129:143)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 144:154)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 155:217)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 218:235)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 236:248)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 318:328)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 329:339)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 362:370)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 371:376)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 69:128)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 129:170)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 171:187)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 188:218)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESSEQ 219:234)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESSEQ 235:248)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 325:339)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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