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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aw8 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of ZinT from Salmonella enterica in complex with zinc ion and PEG | ||||||
要素 | Metal-binding protein ZinT | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ZINC TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Alaleona, F. / Ilari, A. / Battistoni, A. / Petrarca, P. / Chiancone, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2014 タイトル: The Salmonella enterica ZinT structure, zinc affinity and interaction with the high-affinity uptake protein ZnuA provide insight into the management of periplasmic zinc. 著者: Andrea Ilari / Flaminia Alaleona / Giancarlo Tria / Patrizia Petrarca / Andrea Battistoni / Carlotta Zamparelli / Daniela Verzili / Mattia Falconi / Emilia Chiancone / 要旨: BACKGROUND: In Gram-negative bacteria the ZnuABC transporter ensures adequate zinc import in Zn(II)-poor environments, like those encountered by pathogens within the infected host. Recently, the ...BACKGROUND: In Gram-negative bacteria the ZnuABC transporter ensures adequate zinc import in Zn(II)-poor environments, like those encountered by pathogens within the infected host. Recently, the metal-binding protein ZinT was suggested to operate as an accessory component of ZnuABC in periplasmic zinc recruitment. Since ZinT is known to form a ZinT-ZnuA complex in the presence of Zn(II) it was proposed to transfer Zn(II) to ZnuA. The present work was undertaken to test this claim. 手法: ZinT and its structural relationship with ZnuA have been characterized by multiple biophysical techniques (X-ray crystallography, SAXS, analytical ultracentrifugation, fluorescence spectroscopy). RESULTS: The metal-free and metal-bound crystal structures of Salmonella enterica ZinT show one Zn(II) binding site and limited structural changes upon metal removal. Spectroscopic titrations with ...RESULTS: The metal-free and metal-bound crystal structures of Salmonella enterica ZinT show one Zn(II) binding site and limited structural changes upon metal removal. Spectroscopic titrations with Zn(II) yield a KD value of 22±2nM for ZinT, while those with ZnuA point to one high affinity (KD<20nM) and one low affinity Zn(II) binding site (KD in the micromolar range). Sedimentation velocity experiments established that Zn(II)-bound ZinT interacts with ZnuA, whereas apo-ZinT does not. The model of the ZinT-ZnuA complex derived from small angle X-ray scattering experiments points to a disposition that favors metal transfer as the metal binding cavities of the two proteins face each other. CONCLUSIONS: ZinT acts as a Zn(II)-buffering protein that delivers Zn(II) to ZnuA. GENERAL SIGNIFICANCE: Knowledge of the ZinT-ZnuA relationship is crucial for understanding bacterial Zn(II) uptake. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aw8.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aw8.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4aw8_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4aw8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4aw8_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4aw8_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4aw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/4aw8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21495.193 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-216 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR (サルモネラ菌) 遺伝子: zinT, DBP43_03300, DVH39_02025, DVH40_02355, DVH41_01240, DVH48_05500 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: A0A315GY36 |
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-非ポリマー , 5種, 159分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-PG6 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: AMMONIUM SULPHATE 0.2M, SODIUM ACETATE 0.1M PH 4.6, PEG 4000 25%-30% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50.7 Å / Num. obs: 21245 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 10EK 解像度: 2→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.851 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50.7 Å
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拘束条件 |
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