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万見
- PDB-4au8: Crystal structure of compound 4a in complex with cdk5, showing an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4au8
タイトルCrystal structure of compound 4a in complex with cdk5, showing an unusual binding mode to the hinge region via a water molecule
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
キーワードTRANSFERASE / CDK2 / ALZHEIMER DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of axon extension / layer formation in cerebral cortex ...positive regulation of presynaptic cytosolic calcium concentration / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of cell cycle phase transition / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of axon extension / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / corpus callosum development / receptor catabolic process / cerebellar cortex formation / protein localization to synapse / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / ErbB-3 class receptor binding / synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of protein export from nucleus / motor neuron axon guidance / calcium ion import / axon extension / regulation of synaptic vesicle recycling / tau-protein kinase activity / synaptic vesicle transport / dendrite morphogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / receptor clustering / central nervous system neuron development / negative regulation of cell cycle / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of protein localization to plasma membrane / behavioral response to cocaine / skeletal muscle tissue development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / synapse assembly / NPAS4 regulates expression of target genes / negative regulation of proteolysis / negative regulation of protein ubiquitination / sensory perception of pain / axonogenesis / regulation of cell migration / cell-matrix adhesion / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / filopodium / intracellular protein transport / neuromuscular junction / Hsp90 protein binding / visual learning / regulation of synaptic plasticity / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / neuron differentiation / neuron migration / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / p53 binding / rhythmic process / kinase activity / cell junction / positive regulation of neuron apoptotic process / presynapse / lamellipodium / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / growth cone / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / actin cytoskeleton organization / neuron apoptotic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / perikaryon / regulation of apoptotic process / chemical synaptic transmission / neuron projection / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of cell cycle / postsynaptic density / axon / cell division / protein serine kinase activity / neuronal cell body / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)thiophene-2-sulfonamide / Cyclin-dependent kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malmstrom, J. / Viklund, J. / Slivo, C. / Costa, A. / Maudet, M. / Sandelin, C. / Hiller, G. / Olsson, L.L. / Aagaard, A. / Geschwindner, S. ...Malmstrom, J. / Viklund, J. / Slivo, C. / Costa, A. / Maudet, M. / Sandelin, C. / Hiller, G. / Olsson, L.L. / Aagaard, A. / Geschwindner, S. / Xue, Y. / Vasange, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationship of 4-(1,3-Benzothiazol-2-Yl)-Thiophene-2-Sulfonamides as Cyclin-Dependent Kinase 5 (Cdk5)/P25 Inhibitors.
著者: Malmstrom, J. / Viklund, J. / Slivo, C. / Costa, A. / Maudet, M. / Sandelin, C. / Hiller, G. / Olsson, L.L. / Aagaard, A. / Geschwindner, S. / Xue, Y. / Vasange, M.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,48411
ポリマ－67,2452
非ポリマー1,2389
水8,539474
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2075
ポリマ－33,6231
非ポリマー5854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2766
ポリマ－33,6231
非ポリマー6545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-95.9 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.271, 83.271, 191.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2105-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PSSALRE / TAU PROTEIN KINASE II ...CELL DIVISION PROTEIN KINASE 5 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE PSSALRE / TAU PROTEIN KINASE II CATALYTIC SUBUNIT / TPKII CATALYTIC SUBUNIT


分子量: 33622.719 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBACHTB / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-Z3R / 4-(1,3-benzothiazol-2-yl)thiophene-2-sulfonamide


分子量: 296.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8N2O2S3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4 / 詳細: pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.95 Å / Num. obs: 53688 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UNPUBLISHED CDK5 COMPLEX

解像度: 1.9→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9383 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9189 / SU R Cruickshank DPI: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 2726 5.09 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1974 53604 99.22 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0169 Å20 Å20 Å2
2---4.0169 Å20 Å2
3---8.0338 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.219 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4443 0 71 474 4988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014619HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.026250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1602SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes652HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4619HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion567SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5591SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3534 187 4.87 %
Rwork0.2826 3654 -
all0.2859 3841 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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