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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4atl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Raucaffricine glucosidase in complex with Glucose | ||||||
要素 | RAUCAFFRICINE-O-BETA-D-GLUCOSIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALKALOID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vomilenine glucosyltransferase / raucaffricine beta-glucosidase / raucaffricine beta-glucosidase activity / vomilenine glucosyltransferase activity / alkaloid biosynthetic process / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Xia, L. / Rajendran, C. / Ruppert, M. / Panjikar, S. / Wang, M. / Stoeckigt, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2013 タイトル: High Speed X-Ray Analysis of Plant Enzymes at Room Temperature 著者: Xia, L. / Rajendran, C. / Ruppert, M. / Panjikar, S. / Wang, M. / Stoeckigt, J. #1: ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structures of Alkaloid Biosynthetic Glucosidases Decode Substrate Specificity. 著者: Xia, L. / Ruppert, M. / Wang, M. / Panjikar, S. / Lin, H. / Rajendran, C. / Barleben, L. / Stockigt, J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4atl.cif.gz | 378.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4atl.ent.gz | 312.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4atl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4atl_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4atl_full_validation.pdf.gz | 466.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4atl_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4atl_validation.cif.gz | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 13 - 512 / Label seq-ID: 13 - 512
NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.001348, 0.001071), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57832.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9SPP9, raucaffricine beta-glucosidase #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6 BUFFER AND 11% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8015 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→19.9 Å / Num. obs: 46174 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.57 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2JF6 解像度: 2.52→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 16.713 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.334 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→19.9 Å
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拘束条件 |
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