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- PDB-4atb: Crystal structure of the NF90-NF45 dimerisation domain complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4atb
タイトルCrystal structure of the NF90-NF45 dimerisation domain complex with CTP
要素
  • INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
  • INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / TEMPLATE-FREE NUCLEOTIDYL TRANSFERASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / precatalytic spliceosome / Neutrophil degranulation / catalytic step 2 spliceosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus ...Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / precatalytic spliceosome / Neutrophil degranulation / catalytic step 2 spliceosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin enhancer-binding factor 3 / : / : / DZF C-terminal domain / DZF domain / DZF N-terminal domain / DZF domain profile. / domain in DSRM or ZnF_C2H2 domain containing proteins / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain ...Interleukin enhancer-binding factor 3 / : / : / DZF C-terminal domain / DZF domain / DZF N-terminal domain / DZF domain profile. / domain in DSRM or ZnF_C2H2 domain containing proteins / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Interleukin enhancer-binding factor 2 / Interleukin enhancer-binding factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wolkowicz, U.M. / Cook, A.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: NF45 Dimerizes with NF90, Zfr and Spnr Via a Conserved Domain that Has a Nucleotidyltransferase Fold.
著者: Wolkowicz, U.M. / Cook, A.G.
履歴
登録2012年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
B: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3
C: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
D: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,7888
ポリマ－165,7734
非ポリマー1,0154
水00
1
A: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
B: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3944
ポリマ－82,8872
非ポリマー5072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-25.3 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
2
C: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2
D: INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3944
ポリマ－82,8872
非ポリマー5072
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-26.2 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.158, 83.967, 159.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.58491, -0.00013, 0.8111), (-1.0E-5, -1, -0.00016), (0.8111, 9.0E-5, -0.58491)
ベクター: 25.59116, 1.51806, -51.02044)

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 2 / NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T-CELLS 45 KDA / NF45


分子量: 40359.840 Da / 分子数: 2 / 断片: DZF DOMAIN, RESIDUES 29-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-6-P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9CXY6
#2: タンパク質 INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 3 / NF90


分子量: 42526.727 Da / 分子数: 2 / 断片: DZF DOMAIN, RESIDUES 1-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETMCN-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z1X4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
配列の詳細TWO RESIDUES ADDED AT N-TERMINUS DERIVED FROM PRESCISSION CLEAVAGE SITE TWO RESIDUES AT N-TERMINUS ...TWO RESIDUES ADDED AT N-TERMINUS DERIVED FROM PRESCISSION CLEAVAGE SITE TWO RESIDUES AT N-TERMINUS ADDED FROM TEV CLEAVAGE SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 12-14 % PEG3350, 200 MM MGCL2, 100 MM MES PH 6.5 AND 5 % GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→66 Å / Num. obs: 33184 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 40.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AT7

4at7


解像度: 3.1→66.427 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 1718 5.2 %
Rwork0.2142 --
obs0.2162 33174 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 15.336 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.8279 Å20 Å216.4201 Å2
2---18.0185 Å20 Å2
3---2.1905 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→66.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9664 0 60 0 9724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87313542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.973590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.19130.32911480.31182633X-RAY DIFFRACTION98
3.1913-3.29430.37451430.29312632X-RAY DIFFRACTION99
3.2943-3.4120.30251540.26122686X-RAY DIFFRACTION99
3.412-3.54860.27331510.23392666X-RAY DIFFRACTION98
3.5486-3.71010.24891530.21092637X-RAY DIFFRACTION99
3.7101-3.90570.2621460.2082649X-RAY DIFFRACTION98
3.9057-4.15030.20581620.19092625X-RAY DIFFRACTION98
4.1503-4.47070.21711320.17662617X-RAY DIFFRACTION96
4.4707-4.92050.21651380.16982557X-RAY DIFFRACTION95
4.9205-5.63220.22491400.19652608X-RAY DIFFRACTION95
5.6322-7.09470.21751200.23392573X-RAY DIFFRACTION93
7.0947-66.44190.26281310.19242573X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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