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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4at7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the NF90-NF45 dimerisation domain complex | ||||||
![]() | (INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR ...) x 2 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / DRPB76 / NFAR / ILF3 / ILF2 / TEMPLATE-FREE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / precatalytic spliceosome / Neutrophil degranulation / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding ...Regulation of CDH11 gene transcription / PKR-mediated signaling / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / negative regulation of viral genome replication / precatalytic spliceosome / Neutrophil degranulation / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / defense response to virus / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wolkowicz, U.M. / Cook, A.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NF45 Dimerizes with NF90, Zfr and Spnr Via a Conserved Domain that Has a Nucleotidyltransferase Fold. 著者: Wolkowicz, U.M. / Cook, A.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40359.840 Da / 分子数: 1 / 断片: DZF DOMAIN, RESIDUES 29-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42526.727 Da / 分子数: 1 / 断片: DZF DOMAIN, RESIDUES 1-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 661分子 ![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | TWO RESIDUES ADDED AT N-TERMINUS OF CHAIN A DERIVED FROM PRESCISSION CLEAVAGE SITE. TWO RESIDUES AT ...TWO RESIDUES ADDED AT N-TERMINUS OF CHAIN A DERIVED FROM PRESCISSIO |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 100 MM MES PH 6.0, 0.22 M SODIUM MALONATE, 18 % PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL FIXED-EXIT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0077 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→79 Å / Num. obs: 74599 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: INITIAL MODEL GENERATED FROM A GOLD DERIVATIVE SOLVED IN SPACE GROUP C 2 解像度: 1.902→88 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.139 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.902→88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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