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- PDB-4aso: TubR bound to 24 bp of tubC from Bacillus thuringiensis serovar i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aso
タイトルTubR bound to 24 bp of tubC from Bacillus thuringiensis serovar israelensis pBtoxis
要素
  • (TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP) x 2
  • TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX / PARTITION / SEGREGATION
機能・相同性plasmid partitioning / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / identical protein binding / DNA / DNA (> 10) / DNA-binding transcriptional repressor TubR
機能・相同性情報
生物種BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Aylett, C.H.S. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Superstructure of the Centromeric Complex of Tubzrc Plasmid Partitioning Systems.
著者: Aylett, C.H.S. / Lowe, J.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
B: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
C: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
D: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
E: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
F: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
G: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
H: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
I: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
J: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
K: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
L: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
M: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
N: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
O: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
P: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
S: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
T: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
U: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
V: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
W: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
X: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
Y: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
Z: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,84924
ポリマ－252,84924
非ポリマー00
水00
1
A: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
B: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
S: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
T: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-44.5 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
2
C: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
D: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
S: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
T: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-40.5 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
3
E: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
F: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
U: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
V: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-51.5 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
4
G: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
H: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
U: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
V: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-47.4 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
5
I: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
J: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
W: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
X: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
6
K: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
L: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
W: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
X: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-53.2 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
7
M: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
N: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
Y: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
Z: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-46.2 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
8
O: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
P: TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS
Y: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP
Z: TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9724
ポリマ－38,9724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-49.6 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)519.251, 63.657, 167.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TUBR FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS


分子量: 12119.912 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
株: SEROVAR ISRAELENSIS / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q8KNP2
#2: DNA鎖
TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量: 7323.761 Da / 分子数: 4 / Fragment: SENSE STRAND / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
#3: DNA鎖
TUBC FROM BACILLUS THURINGIENSIS PBTOXIS 24 BP


分子量: 7408.855 Da / 分子数: 4 / Fragment: ANTISENSE STRAND / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS THURINGIENSIS (バクテリア)
Has protein modificationY
配列の詳細BP 126549-126514 DNA IS CONTINUOUS IN THE CRYSTALS, BUT HAS BEEN CUT FOR REFINEMENT TO CENTRE THE ...BP 126549-126514 DNA IS CONTINUOUS IN THE CRYSTALS, BUT HAS BEEN CUT FOR REFINEMENT TO CENTRE THE TUBC SITE ON THE TUBR DIMERS BP 126514-126549 DNA IS CONTINUOUS IN THE CRYSTALS, BUT HAS BEEN CUT FOR REFINEMENT TO CENTRE THE TUBC SITE ON THE TUBR DIMERS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.54 %
解説: RIGID BODY ON VERY LOW RESOLUTION DATA. STRUCTURE CONFIRMED BY MSE SAD ANOMALOUS DIFFERENCE MAP. REGISTER OF DNA WAS INFERRED BY MICROARRAY EXPERIMENT.
結晶化pH: 7.5
詳細: BT TUBR-TUBC CRYSTALS WERE PRODUCED IN 500 NL TO 500 NL PROTEIN TO PRECIPITANT DROPS: 10 MG/ML BT TUBR, 500 UM TUBC-24, 100 MM NA-HEPES PH 7.5, 5 MM MGCL2, 25 % (W/V) POLYACRYLIC ACID 5100 SODIUM SALT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→257.87 Å / Num. obs: 8779 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 7→7.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M9A

3m9a


解像度: 7→64.469 Å / SU ML: 1.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3712 431 5.3 %
Rwork0.3443 --
obs0.3456 8097 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→64.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11632 3936 0 0 15568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01416192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44922672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3686160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
7.0001-7.43810.45571390.45592480X-RAY DIFFRACTION95
7.4381-8.01140.43161880.40462590X-RAY DIFFRACTION98
8.0114-8.81580.42791310.33472566X-RAY DIFFRACTION98
8.8158-10.08730.33661220.34912623X-RAY DIFFRACTION98
10.0873-12.6930.33981380.34112627X-RAY DIFFRACTION97
12.693-64.47120.36011430.31982446X-RAY DIFFRACTION94

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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