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- PDB-4asn: TubR from Bacillus megaterium pBM400 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4asn
タイトルTubR from Bacillus megaterium pBM400
要素TUBR
キーワードTRANSCRIPTION / TUBULIN / FTSZ / SEGREGATION / PARTITION
機能・相同性plasmid partitioning / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA-binding protein TubR
機能・相同性情報
生物種BACILLUS MEGATERIUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Aylett, C.H.S. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Superstructure of the Centromeric Complex of Tubzrc Plasmid Partitioning Systems.
著者: Aylett, C.H.S. / Lowe, J.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBR
B: TUBR
C: TUBR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1023
ポリマ－35,1023
非ポリマー00
水00
1
A: TUBR
B: TUBR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4022
ポリマ－23,4022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
2
C: TUBR

C: TUBR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4022
ポリマ－23,4022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area1180 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.845, 179.845, 114.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 2:91)
211CHAIN B AND (RESSEQ 2:91)
311CHAIN C AND (RESSEQ 2:91)

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要素

#1: タンパク質 TUBR


分子量: 11700.768 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS MEGATERIUM (バクテリア)
株: QMB 1551 / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q848W2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.94 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BM TUBR CRYSTALS WERE PRODUCED IN 500 NL TO 500 NL PROTEIN TO PRECIPITANT SITTING DROPS: 20 MG/ML BM TUBR, 100 MM TRIS-CL PH 8.5, 0.2 M SODIUM CITRATE, 15 % (V/V) PEG 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→46.09 Å / Num. obs: 17357 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 125.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.5→46.085 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: SHARPENED -50 FOR SIDE CHAIN DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 902 5.2 %
Rwork0.1858 --
obs0.1879 17357 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 144.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→46.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2184 0 0 0 2184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3242997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.386804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004378
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A728X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B728X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
13C728X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.71920.31841650.25962740X-RAY DIFFRACTION100
3.7192-4.00620.24331500.20712739X-RAY DIFFRACTION100
4.0062-4.40910.18941620.15172766X-RAY DIFFRACTION100
4.4091-5.04640.18811460.15712736X-RAY DIFFRACTION100
5.0464-6.35530.23551540.20912739X-RAY DIFFRACTION100
6.3553-46.08930.23861250.18272735X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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