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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4arz | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Gtr1p-Gtr2p complexed with GTP-GDP | ||||||
要素 | (GTP-BINDING PROTEIN ...) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GTPASE / CELL GROWTH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MTOR signalling / protein localization to vacuolar membrane / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / Ragulator complex / microautophagy / phosphate ion transport / Amino acids regulate mTORC1 / endocytic recycling / fungal-type vacuole membrane / transcription by RNA polymerase I ...MTOR signalling / protein localization to vacuolar membrane / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / Ragulator complex / microautophagy / phosphate ion transport / Amino acids regulate mTORC1 / endocytic recycling / fungal-type vacuole membrane / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / negative regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / late endosome / late endosome membrane / chromosome, telomeric region / GTPase activity / chromatin / GTP binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Jeong, J.H. / Kim, Y.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structure of the Gtr1Pgtp-Gtr2Pgdp Complex Reveals Large Structural Rearrangements Triggered by GTP-to-Gdp Conversion 著者: Jeong, J.H. / Lee, K.H. / Kim, Y.M. / Kim, D.H. / Oh, B.H. / Kim, Y.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4arz.cif.gz | 132.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4arz.ent.gz | 103.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4arz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4arz_validation.pdf.gz | 772.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4arz_full_validation.pdf.gz | 810.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4arz_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4arz_validation.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-GTP-BINDING PROTEIN ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35892.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00582 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38633.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P53290 |
-非ポリマー , 4種, 12分子
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97928 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 14921 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.53 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 3.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 42.4489 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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