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万見
- PDB-4arv: Yersinia kristensenii phytase apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4arv
タイトルYersinia kristensenii phytase apo form
要素PHYTASE
キーワードHYDROLASE / 6-PHYTASE / MYO-INOSITOL HEXAKIS PHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE / HISTIDINE ACID PHOSPHATASE / HAPP
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / PHOSPHATE ION / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / Histidine acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA KRISTENSENII (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. ...Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Degradation of Phytate by the 6-Phytase from Hafnia Alvei: A Combined Structural and Solution Study.
著者: Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Turkenburg, J.P. / Waterman, J. / Roberts, S.M. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYTASE
B: PHYTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,41214
ポリマ－97,1992
非ポリマー1,21312
水20,8971160
1
A: PHYTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1407
ポリマ－48,5991
非ポリマー5406
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHYTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2727
ポリマ－48,5991
非ポリマー6736
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.410, 67.723, 73.164
Angle α, β, γ (deg.)76.67, 87.35, 78.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHYTASE


分子量: 48599.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA KRISTENSENII (バクテリア)
発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: H9TUK6, 4-phytase

-
非ポリマー , 5種, 1172分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#5: 化合物 ChemComp-P15 / 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL / ヘキサエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 296.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PROTEIN CONCENTRATION 10MG/ML; CONDITION A12 FROM PACT SCREEN: SUCCINATE PHOSPHATE BORATE PH 5.0, 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→1.75 Å / Num. obs: 118484 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.75 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ARS

4ars


解像度: 1.67→27.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.814 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19847 5512 5.1 %RANDOM
Rwork0.16363 ---
obs0.16538 103327 91.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.25 Å2-0.21 Å2
2---0.01 Å20.44 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→27.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6360 0 75 1160 7595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.9789150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8753.00214955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8155862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78325.294306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.793151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8241531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.666→1.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 369 -
Rwork0.247 6884 -
obs--82.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1407-0.06050.2761.2294-0.27361.47770.0423-0.2854-0.24280.13650.07160.08820.1884-0.1866-0.11390.0597-0.0209-0.00280.09680.0480.083929.18513.578142.9771
22.3625-0.21590.73560.8663-0.66052.1617-0.0150.14410.3387-0.0189-0.0195-0.0409-0.23340.08080.03450.0402-0.00510.00980.02040.00650.067231.26720.115121.6598
31.0361-0.0280.05920.9914-0.1381.23630.0382-0.1444-0.20140.0818-0.00360.05460.1556-0.0688-0.03470.0363-0.0149-0.0020.03390.01270.06660.3666-5.66286.6744
42.3866-0.08390.83740.9507-0.52191.9996-0.06340.22420.3203-0.0574-0.0187-0.0366-0.26250.12840.08220.0571-0.0097-0.00310.03880.01050.06621.459712.3197-13.4637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION1A45 - 134
3X-RAY DIFFRACTION1A264 - 414
4X-RAY DIFFRACTION2A24 - 44
5X-RAY DIFFRACTION2A135 - 263
6X-RAY DIFFRACTION3B1 - 23
7X-RAY DIFFRACTION3B45 - 134
8X-RAY DIFFRACTION3B264 - 414
9X-RAY DIFFRACTION4B24 - 44
10X-RAY DIFFRACTION4B135 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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