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- PDB-4aro: Hafnia Alvei phytase in complex with myo-inositol hexakis sulphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aro
タイトルHafnia Alvei phytase in complex with myo-inositol hexakis sulphate
要素HISTIDINE ACID PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / 6-PHYTASE / MYO-INOSITOL HEXAKIS PHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE / HAPP
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar-phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histidine acid phosphatase / Histidine acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種HAFNIA ALVEI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Ariza, A. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. ...Moroz, O.V. / Blagova, E.B. / Ariza, A. / Turkenburg, J.P. / Vevodova, J. / Roberts, S. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Degradation of Phytate by the 6-Phytase from Hafnia Alvei: A Combined Structural and Solution Study.
著者: Ariza, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Turkenburg, J.P. / Waterman, J. / Roberts, S.M. / Vind, J. / Sjoholm, C. / Lassen, S.F. / De Maria, L. / Glitsoe, V. / Skov, L.K. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Atomic model
改定 1.32014年2月5日Group: Database references
改定 2.02017年6月21日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_conn_angle ...atom_site / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINE ACID PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7745
ポリマ－45,3071
非ポリマー1,4664
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.300, 82.300, 103.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-748-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HISTIDINE ACID PHOSPHATASE / PHYTASE


分子量: 45307.363 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 34-446 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HAFNIA ALVEI (バクテリア) / 発現宿主: ASPERGILLUS ORYZAE (米麹菌) / 参照: UniProt: G9Y2J2, UniProt: H9TUK5*PLUS, 4-phytase
#2: 化合物 ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト


分子量: 660.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O24S6
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EUROPEAN NUCLEOTIDE ARCHIVE ENTRY JQ394762

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 40MG/ML PROTEIN IN 50MM SODIUM ACETATE PH 4.5 WITH 5 MM MIHS IN 50 MM SODIUM ACETATE PH 4.5 IN JCSG CONDITION 12 0.04 M KH2PO4 16% PEG 8K 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→41.9 Å / Num. obs: 54630 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ARS

4ars


解像度: 1.59→41.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.858 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19191 2772 5.1 %RANDOM
Rwork0.15602 ---
obs0.1578 51816 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.28 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→41.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3051 0 80 410 3541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.984657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8873.0027174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8865435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.20724.964137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53115516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0031513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.594→1.635 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 209 -
Rwork0.229 3759 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77010.0587-0.6750.86960.06941.20160.0113-0.11260.08910.0876-0.02330.1268-0.0388-0.14510.0120.01260.00550.01190.0448-0.01510.0234-33.47210.6812-3.6742
21.3721-0.1945-0.46691.41070.22870.9223-0.0872-0.1264-0.28310.1373-0.0234-0.00190.26540.10890.11060.08250.02580.01970.03580.0230.0626-17.7302-7.4971-15.2673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A46 - 136
3X-RAY DIFFRACTION1A265 - 413
4X-RAY DIFFRACTION2A25 - 45
5X-RAY DIFFRACTION2A137 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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