PDB-4arm: Structure of the inactive pesticin T201A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arm

タイトル

Structure of the inactive pesticin T201A mutant

要素

(PESTICIN) x 2

キーワード

TOXIN / MURAMIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PESTIS (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
著者: Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. / Zeth, K.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Other
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arm.cif.gz	297.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arm.ent.gz	243.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4arm_validation.pdf.gz	434.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4arm_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	4arm_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4arm_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aqnC 4arjC 4arlC 4arpC 4arqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4arq-2 2vv8-d 5jtc-d 5nyr-1 4arq-1 5nyp-1 5nyq-1 2pa3-d 4ayz-d 6tj5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PESTICIN

B: PESTICIN

80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PESTICIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PESTICIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.623, 43.248, 133.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PESTICIN 分子量: 40312.176 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: T7, PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159
#2: タンパク質	PESTICIN 分子量: 40303.145 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / プラスミド: T7, PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 201 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 201 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→44 Å / Num. obs: 50034 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.002→43.809 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	3503	7 %
R_work	0.176	-	-
obs	0.1786	50034	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.178 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8547 Å²	0 Å²	0.6346 Å²
2-	-	-0.7729 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.0817 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→43.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5512	0	0	667	6179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	7678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.905	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0018-2.0292	0.2962	134	0.2406	1783	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0292-2.0582	0.2414	142	0.2029	1886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0582-2.0889	0.2571	137	0.1958	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0889-2.1216	0.2202	141	0.1916	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1216-2.1564	0.2825	137	0.1909	1820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1564-2.1935	0.2621	140	0.1946	1862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1935-2.2334	0.2777	138	0.1908	1833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2334-2.2764	0.2367	141	0.1911	1863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2764-2.3228	0.2205	137	0.1836	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3228-2.3733	0.2294	143	0.1809	1892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3733-2.4285	0.2391	140	0.1783	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4285-2.4893	0.2071	136	0.1759	1812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4893-2.5566	0.2073	143	0.1696	1899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5566-2.6318	0.2459	140	0.1808	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6318-2.7167	0.2147	140	0.1762	1866	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7167-2.8138	0.2339	138	0.1713	1824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8138-2.9264	0.2056	141	0.1795	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9264-3.0596	0.2554	140	0.1713	1856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0596-3.2209	0.2072	140	0.167	1866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2209-3.4226	0.2084	141	0.1596	1869	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4226-3.6867	0.1962	140	0.161	1853	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6867-4.0575	0.1797	140	0.155	1872	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0575-4.6441	0.1553	143	0.1429	1896	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6441-5.8488	0.1922	142	0.1731	1888	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8488-43.8195	0.1959	149	0.2157	1969	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1952	-0.2564	-0.3823	1.3388	-0.0828	1.4017	-0.0207	-0.5204	-0.0255	0.3504	0.0491	0.0106	0.2049	-0.7693	0.0644	0.4767	-0.1021	-0.0414	0.6088	0.0841	0.1457	-18.4628	-0.3112	-9.5528
2	2.9862	-0.2835	1.2453	2.5839	-0.931	2.251	-0.0082	-0.5892	-0.6204	0.512	-0.0387	-0.0724	0.793	0.2039	-0.0617	0.6086	0.0523	0.0309	0.6828	0.0972	0.2503	-6.6734	-6.1032	-6.1716
3	0.5891	0.1125	0.811	0.9301	0.2967	1.5559	-0.0898	-0.1314	0.1281	0.1527	0.1357	-0.1512	-0.2222	0.7173	0.0693	0.251	-0.0357	-0.0247	0.4639	-0.0218	0.1229	-4.1417	6.0283	-19.0677
4	0.7581	-0.0001	0.4553	1.5444	-0.4708	0.8978	0.018	0.077	-0.0222	-0.1186	0.0381	-0.0588	0.0223	0.1128	-0.0519	0.1061	-0.0023	0.0262	0.0664	-0.0211	0.1234	-2.4657	18.709	-56.5093
5	0.2514	0.187	-0.1153	1.2679	0.1275	0.5372	-0.0129	0.0543	-0.0365	-0.0197	0.0234	0.0299	0.0432	0.0014	-0.0263	0.1053	-0.0143	0.001	0.0824	0.0024	0.0989	0.8364	1.2434	-47.1258
6	1.8951	-0.2428	-0.0204	1.6983	-0.5051	2.2873	-0.0953	-0.2654	0.1069	0.2615	0.1423	-0.2741	0.0932	0.0604	0.0518	0.1303	0.0119	-0.0528	0.1066	-0.0101	0.13	11.0235	-0.699	-40.6703
7	0.6718	-0.2844	-0.7592	1.2004	0.5096	0.9389	-0.2134	-0.5305	0.1544	0.3465	0.0326	0.0393	0.2361	-0.2052	0.1027	0.4084	0.038	0.0243	0.619	-0.1166	0.2787	-48.6989	15.1892	-8.1078
8	0.9306	-0.0869	-0.4398	1.3985	0.7683	1.5364	0.0753	-0.3969	0.2967	0.2364	0.0183	-0.1387	-0.2537	0.1527	-0.0876	0.2646	0.0162	0.0184	0.3593	-0.0838	0.1723	-35.8982	14.9684	-19.9939
9	0.8083	0.0183	0.3896	0.8058	-0.3537	1.1816	0.002	0.0181	0.1151	0.0148	0.0275	0.0605	-0.1703	-0.0855	-0.0225	0.1034	0.0107	0.0232	0.103	-0.0023	0.109	-35.6527	17.281	-55.0542
10	1.6337	0.0928	-0.3578	1.2971	0.2886	0.8739	-0.0061	0.0942	-0.135	0.0309	0.1112	-0.1661	0.2597	0.0033	-0.1061	0.0944	-0.0037	-0.0283	0.1187	-0.0311	0.1383	-26.9669	-0.8234	-42.9278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 14:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 59:75)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 76:163)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 164:252)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 253:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 337:359)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 13:75)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 76:164)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 165:277)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 278:359)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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