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万見
- PDB-4ar9: Crystal structure of the peptidase domain of collagenase T from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ar9
タイトルCrystal structure of the peptidase domain of collagenase T from Clostridium tetani at 1.69 angstrom resolution.
要素COLLAGENASE COLT
キーワードHYDROLASE / COLLAGEN / METALLOPROTEASE / PEPTIDASE / COLLAGENOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


microbial collagenase / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Neutral Protease; domain 2 - #20 / Collagenase ColT, N-terminal domain / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #50 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 ...Neutral Protease; domain 2 - #20 / Collagenase ColT, N-terminal domain / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #50 / Collagenase ColG, catalytic helper subdomain / Collagenase G catalytic helper subdomain / Peptidase M9A/M9B, collagenase, bacterial / Peptidase M9, collagenase, N-terminal domain / Collagenase / Peptidase family M9 N-terminal / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Neutral Protease; domain 2 / Glutaredoxin / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CLOSTRIDIUM TETANI (破傷風菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Eckhard, U. / Brandstetter, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Activity Regulation and Substrate Preference of Clostridial Collagenases G, H, and T.
著者: Eckhard, U. / Schonauer, E. / Brandstetter, H.
履歴
登録2012年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGENASE COLT
B: COLLAGENASE COLT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7136
ポリマ－91,5022
非ポリマー2114
水10,251569
1
A: COLLAGENASE COLT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8563
ポリマ－45,7511
非ポリマー1052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COLLAGENASE COLT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8563
ポリマ－45,7511
非ポリマー1052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.890, 102.110, 104.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 COLLAGENASE COLT / COLLAGENASE T


分子量: 45750.816 Da / 分子数: 2 / 断片: PEPTIDASE DOMAIN, RESIDUES 340-730 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM TETANI (破傷風菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q899Y1, microbial collagenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 100MM NACL, 0.1M MES PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→39.85 Å / Num. obs: 88975 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y3U

2y3u


解像度: 1.69→38.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22105 4451 5 %RANDOM
Rwork0.17234 ---
obs0.17482 84407 95.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→38.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6325 0 4 569 6898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.026526
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.9378818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13310686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1275792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32525.075335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.632151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5621518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.935310947
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.8885196
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.004511148
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 323 -
Rwork0.268 5690 -
obs--92.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81050.2903-0.17671.49310.17171.11430.025-0.021-0.0252-0.0663-0.02820.00880.00930.03710.00320.0066-0.0043-0.00270.0359-0.00390.031-5.64314.7357-25.4257
20.9877-0.34580.29511.20170.27441.42110.11610.05740.0494-0.0273-0.0629-0.10470.1503-0.0051-0.05320.0365-0.01130.0040.03680.01440.04332.491212.2537-25.7698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A339 - 730
2X-RAY DIFFRACTION2B339 - 730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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