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- PDB-4an8: Structure of Thermus thermophilus CasA (Cse1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4an8
タイトルStructure of Thermus thermophilus CasA (Cse1)
要素CSE1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR / CASCADE / CASA
機能・相同性Topoisomerase I; Chain A, domain 4 - #100 / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / defense response to virus / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ACETATE ION / CRISPR-associated protein CasA/Cse1
機能・相同性情報
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sashital, D.G. / Wiedenheft, B. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Mechanism of Foreign DNA Selection in a Bacterial Adaptive Immune System.
著者: Sashital, D.G. / Wiedenheft, B. / Doudna, J.A.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSE1
B: CSE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2685
ポリマ－113,0912
非ポリマー1773
水6,269348
1
A: CSE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6633
ポリマ－56,5451
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CSE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6042
ポリマ－56,5451
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.360, 48.110, 129.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CSE1


分子量: 56545.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV PROTEASE SCAR AT N-TERMINUS (GAGS)
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB188
プラスミド: PSV272 (PET VECTOR WITH ADDED TEV PROTEASE SITE)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53VY1
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 2.1M NAAC, MES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.83 Å / Num. obs: 51896 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→46.825 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 1-3, 130-143, 401-411 AND 497-502 ARE DISORDERED. CHAIN B RESIDUES 1-4, 129-143, 401-423 AND 494-502 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 2594 5 %
Rwork0.1959 --
obs0.1984 51896 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.448 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2968 Å20 Å21.022 Å2
2--0.7999 Å20 Å2
3----1.0967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7301 0 12 348 7661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11910206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1862842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34180.31071280.25382433X-RAY DIFFRACTION96
2.3418-2.38680.30891350.24262582X-RAY DIFFRACTION100
2.3868-2.43560.28211360.23742571X-RAY DIFFRACTION100
2.4356-2.48850.26671360.23122587X-RAY DIFFRACTION100
2.4885-2.54640.30191360.22942595X-RAY DIFFRACTION100
2.5464-2.61010.27641350.23012552X-RAY DIFFRACTION100
2.6101-2.68060.30131370.22792607X-RAY DIFFRACTION100
2.6806-2.75950.29971350.22192557X-RAY DIFFRACTION100
2.7595-2.84860.29021370.21982607X-RAY DIFFRACTION100
2.8486-2.95040.30411360.21472594X-RAY DIFFRACTION100
2.9504-3.06850.25441350.20062565X-RAY DIFFRACTION100
3.0685-3.20810.22141390.18952630X-RAY DIFFRACTION100
3.2081-3.37720.22491360.18212582X-RAY DIFFRACTION100
3.3772-3.58870.23861360.18932588X-RAY DIFFRACTION100
3.5887-3.86570.21591370.17552611X-RAY DIFFRACTION100
3.8657-4.25450.22641380.17012618X-RAY DIFFRACTION100
4.2545-4.86950.20511390.16042641X-RAY DIFFRACTION100
4.8695-6.13290.24931390.19012643X-RAY DIFFRACTION100
6.1329-46.83480.2351440.20382739X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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