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- PDB-4am8: Crystal structure of the R54G mutant of putrescine transcarbamyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4am8
タイトルCrystal structure of the R54G mutant of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis bound to a curing guanidinium ion
要素PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / PALO / DELTA-N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / AGMATINE DEIMINASE ROUTE / ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / ARGININE DEIMINASE / PHOSPHONOACETYLORNITHINE
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine carbamoyltransferase / putrescine biosynthetic process from arginine via N-carbamoylputrescine / putrescine carbamoyltransferase activity / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putrescine carbamoyltransferase PtcA / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Putrescine carbamoyltransferase PtcA / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / GLUTAMINE / ISOLEUCINE / NICKEL (II) ION / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / Putrescine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Polo, L.M. / Rubio, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Curing a Mutant Transcarbamylase with a Small Molecule: A Crystallographic View
著者: Polo, L.M. / Rubio, V.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
C: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
D: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
E: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
F: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,36229
ポリマ－240,2486
非ポリマー3,11423
水14,862825
1
A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
C: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,91216
ポリマ－120,1243
非ポリマー1,78813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11230 Å2
ΔGint-44.4 kcal/mol
Surface area35750 Å2
手法PISA
2
D: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
E: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
F: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,45013
ポリマ－120,1243
非ポリマー1,32610
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11280 Å2
ΔGint-51.7 kcal/mol
Surface area36360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.690, 130.600, 164.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.874, 0.451, 0.183), (0.046, -0.451, 0.891), (0.485, -0.77, -0.415)-12.419, 0.81, 51.398
2given(0.87, 0.083, 0.486), (0.468, -0.449, -0.761), (0.155, 0.889, -0.43)-14.585, 45.192, 23.645
3given(-0.95, 0.175, -0.26), (0.131, -0.532, -0.836), (-0.285, -0.828, 0.483)35.207, 9.73, 87.36
4given(-0.817, -0.206, -0.538), (-0.397, -0.476, 0.785), (-0.418, 0.855, 0.307)36.308, 76.657, 22.671
5given(-0.968, -0.246, -0.056), (-0.239, 0.965, -0.104), (0.08, -0.087, -0.993)58.359, -11.286, 0.708

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE / PTC / PTCASE / AGMATINE CATABOLISM PROTEIN B / PUTRESCINE TRANSCARBAMOYLASE / PUTRESCINE TRANSCARBAMYLASE


分子量: 40041.254 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 848分子

#2: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#3: 化合物
ChemComp-PAO / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE


分子量: 254.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15N2O6P
#4: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE


分子量: 59.070 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#5: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-ILE / ISOLEUCINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.02 M MAGNESIUM CHLORIDE, 30 % PEG 550 MONOMETHYLETHER, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.001 M PALO, 0.05 M GUANIDINIUM CHLORIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→41 Å / Num. obs: 130385 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2→30 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A8P

4a8p


解像度: 1.99→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.73 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20571 6567 5 %RANDOM
Rwork0.18215 ---
obs0.18335 123626 89.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.13 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15543 0 178 825 16546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0210524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.96821602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1123.00225665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.08352008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55424.937711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.595152721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1961565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.22445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.989→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 494 -
Rwork0.262 9821 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1985-0.4263-0.21771.75680.05490.8864-0.0113-0.0314-0.01550.0837-0.0120.03910.0428-0.03370.02340.0272-0.0075-0.00270.01610.01810.029616.3044.8128.912
21.3613-0.3828-0.40621.36360.69522.3672-0.0456-0.0511-0.06390.09340.05820.01430.15230.0625-0.01260.02140.0001-0.01320.01670.02960.063323.2870.04133.181
31.74040.7673-0.05571.5569-0.45761.1945-0.03250.026-0.1818-0.00490.0059-0.1110.15570.08360.02670.05170.0212-0.00090.01080.00110.053734.687-11.64821.802
48.8357-0.4081-3.54111.18010.64911.63250.2138-0.65890.56150.32120.0279-0.0810.00640.2751-0.24160.3184-0.0328-0.02010.1798-0.02430.227945.1026.25926.527
51.8315-0.2938-0.3680.76910.08370.6590.03960.1419-0.0062-0.0679-0.0334-0.00820.00690.0196-0.00610.058-0.0068-0.04070.01810.00820.039527.8340.19618.185
64.8850.10050.54498.78511.44244.56-0.0281-0.01340.0962-0.139-0.15810.5291-0.1531-0.22340.18610.0634-0.00410.01650.19350.01340.1713-9.29317.04745
71.21750.1164-0.56781.1409-0.4961.46390.04070.04930.0312-0.11460.00370.0632-0.0179-0.0891-0.04440.03170.0126-0.01920.01770.00460.030312.55929.48717.61
80.00040.00120.00070.00690.0060.00680.0003-0.0015-0.0144-0.00140.0383-0.05620.01230.0589-0.03850.53320.08390.05320.7072-0.07360.602932.00618.29422.415
91.13620.0396-0.42142.558-0.26981.15550.06790.04-0.0171-0.2344-0.0443-0.0994-0.0089-0.0098-0.02370.05520.01850.00140.04440.00770.009822.17730.21813.511
101.55280.11460.53580.95440.11732.59130.08510.02690.1866-0.0105-0.0329-0.0626-0.21430.0577-0.05210.10080.02480.05490.01750.02590.072626.70448.93110.755
111.45561.2475-0.00662.0443-0.23960.59390.0877-0.1420.19530.1572-0.0202-0.0218-0.28730.0214-0.06740.16730.00640.04970.0923-0.02750.105923.12649.01823.569
122.20051.75440.2395.6013-0.48211.0779-0.19730.1403-0.1071-0.26740.09950.2761-0.0226-0.2660.09780.0967-0.0066-0.04480.1219-0.0420.13074.0456.96112.827
131.01370.14070.00491.6420.5861.7114-0.0102-0.0059-0.04030.08290.03080.08850.0058-0.0856-0.02060.00930.00920.01180.02250.02740.04247.34624.45643.946
142.2114-4.50750.11079.1897-0.22630.0076-0.0332-0.03360.03240.05090.0495-0.0633-0.01160.0138-0.01630.371-0.01720.01880.3035-0.00030.285424.92135.68537.037
150.7516-0.27080.43811.308-0.42342.3611-0.0032-0.11810.03830.23680.03330.0084-0.0905-0.0358-0.03020.07020.01890.00780.0384-0.01160.05113.60229.80754.651
161.5478-0.34880.16881.35720.02530.8751-0.036-0.2605-0.02490.27290.0671-0.0977-0.00440.0515-0.0310.16350.0163-0.02360.14290.0190.062420.93420.54365.752
172.7168-4.04410.96128.6151-3.40732.6216-0.0010.03420.1778-0.0075-0.0080.0082-0.0056-0.21440.00890.00340.00920.00320.0623-0.01850.08423.57427.77544.08
182.9658-0.5026-0.86632.58252.83439.04550.03230.4289-0.0164-0.1559-0.0460.1715-0.0931-0.40060.01360.06270.027-0.06560.13710.04550.1847-5.20734.02318.984
191.5547-0.4071-0.66631.22140.17181.13020.0281-0.00310.03440.00430.0106-0.0843-0.0320.0398-0.03860.04510.0314-0.00590.04460.01980.043635.25748.969-18.815
200.0208-0.11360.1644.2426-6.25629.25710.05410.05060.0212-0.18880.30010.27530.1955-0.4021-0.35420.3307-0.0146-0.00550.4180.0220.46118.81831.774-20.65
211.1214-0.7355-0.09271.54040.07390.72610.0113-0.03610.05130.1209-0.0080.0393-0.0873-0.0363-0.00340.05360.02820.01090.0660.02360.027321.18257.625-14.017
222.3976-1.62630.54621.2429-0.55710.560.11380.1821-0.0276-0.1292-0.05950.048-0.0076-0.0491-0.05420.11560.03110.00550.09970.03360.051619.54363.817-27.146
233.5937-5.1467-1.22657.41591.780.4322-0.2377-0.25570.10940.36760.3303-0.25550.10090.0792-0.09270.11620.0819-0.07280.19150.05230.231746.15835.587-8.174
245.02732.3401-3.51361.1021-1.64642.4816-0.10250.3605-0.0984-0.02280.1143-0.01920.017-0.2358-0.01180.2525-0.02860.04210.2945-0.03960.361463.06924.361-26.487
250.7241-0.04210.01541.2485-0.41861.75740.04340.11010.0354-0.1836-0.0112-0.0509-0.0791-0.0561-0.03230.07580.06380.01390.09490.00790.07744.24343.173-44.15
2610.9322-2.08115.62983.27733.705710.8271-0.2755-0.2408-0.0591-0.031-0.54610.5413-0.3168-1.14120.82170.34780.12430.06140.46240.07760.429524.33746.381-38.444
270.2440.0859-0.04981.32550.6582.10470.01150.11750.0117-0.2656-0.04240.0325-0.1146-0.12390.03090.16160.0817-0.00830.15510.03140.088636.79945.667-55.34
281.37410.42270.23063.06270.05910.90.02760.1333-0.0709-0.2799-0.00520.27940.0335-0.2052-0.02230.28180.0718-0.03720.2902-0.01120.11231.9236.808-68.358
290.50450.4290.67311.45251.17911.34260.12210.0445-0.1394-0.2354-0.11240.06130.0555-0.1299-0.00960.2420.04970.01170.2574-0.03920.164938.82727.491-59.651
300.6011-0.00790.1071.44242.03593.50390.0746-0.12110.2276-0.11140.0627-0.2454-0.36580.2161-0.13720.16570.00340.01710.15910.01850.207549.93454.848-29.788
310.9748-0.21230.23121.7377-0.18321.18310.01380.0234-0.2081-0.07410.0196-0.04040.0637-0.0319-0.03330.01330.0159-0.00290.06240.00990.096840.75322.553-25.564
320.54340.3081.88910.18811.10976.9609-0.1829-0.13960.0949-0.1274-0.14720.1-0.4498-0.89440.33020.37790.0098-0.14210.5672-0.08670.410429.37727.98-41.548
331.47930.4372-0.7071.3378-0.51651.3801-0.00770.0114-0.314-0.08380.0125-0.03280.2518-0.0827-0.00490.06810.0054-0.04840.07960.00310.189631.53412.872-26.523
342.1646-0.3402-0.22141.37280.63831.49730.00760.0873-0.3501-0.0403-0.0460.1660.162-0.19710.03830.1088-0.056-0.03680.16060.06540.268619.7476.54-21.109
352.82311.2042-0.41561.2192-0.12760.48770.1471-0.3701-0.22910.2795-0.07740.08420.1131-0.2015-0.06960.142-0.0446-0.03760.23640.08940.169924.40716.551-12.163
362.62082.8099-1.90575.9339-4.34113.24340.1519-0.0291-0.03680.121-0.3712-0.3858-0.13160.2830.21940.08880.05760.05720.1924-0.02430.216457.77830.927-39.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4A230 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5A242 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6A321 - 337
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8B73 - 84
9X-RAY DIFFRACTION9B85 - 152
10X-RAY DIFFRACTION10B153 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11B235 - 308
12X-RAY DIFFRACTION12B309 - 339
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 74
14X-RAY DIFFRACTION14C75 - 86
15X-RAY DIFFRACTION15C87 - 187
16X-RAY DIFFRACTION16C188 - 295
17X-RAY DIFFRACTION17C296 - 315
18X-RAY DIFFRACTION18C316 - 337
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 74
20X-RAY DIFFRACTION20D75 - 87
21X-RAY DIFFRACTION21D88 - 226
22X-RAY DIFFRACTION22D227 - 307
23X-RAY DIFFRACTION23D308 - 328
24X-RAY DIFFRACTION24D329 - 351
25X-RAY DIFFRACTION25E1 - 72
26X-RAY DIFFRACTION26E73 - 80
27X-RAY DIFFRACTION27E84 - 188
28X-RAY DIFFRACTION28E189 - 258
29X-RAY DIFFRACTION29E259 - 300
30X-RAY DIFFRACTION30E301 - 336
31X-RAY DIFFRACTION31F1 - 70
32X-RAY DIFFRACTION32F71 - 87
33X-RAY DIFFRACTION33F88 - 187
34X-RAY DIFFRACTION34F188 - 246
35X-RAY DIFFRACTION35F247 - 307
36X-RAY DIFFRACTION36F308 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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