PDB-4am3: Crystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4am3

タイトル

Crystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNA

要素

POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
RNA, 5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*GP)-3'

キーワード

TRANSFERASE/RNA / TRANSFERASE-RNA COMPLEX / KH DOMAIN / RNASE E

機能・相同性

機能・相同性情報

polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / mRNA catabolic process / RNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / magnesium ion binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Caulobacter Crescentus Polynucleotide Phosphorylase Reveals a Mechanism of RNA Substrate Channelling and RNA Degradosome Assembly.
著者: Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2012年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Other
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4am3.cif.gz	680 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4am3.ent.gz	563.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4am3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aidC 4aimC 3gmeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	8356 5kos-3 5koq-3 3u1k-2 6out-d 2g24-3 2g20-3 1bbs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (9) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

B: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

C: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

D: RNA, 5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*GP)-3'

E: RNA, 5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*GP)-3'

H: RNA, 5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*GP)-3'

I: RNA, 5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*UP*GP*GP)-3'

ヘテロ分子

243 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.640, 112.060, 236.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / POLYNUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE / PNPASE 分子量: 76952.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア) 株: CB15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9AC32, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: RNA鎖	RNA, 5'-R(UPAPAPCPUPUPUPGPGP)-3' 分子量: 2833.711 Da / 分子数: 4 / Fragment: CO-PURIFIED RNA FROM E. COLI EXPRESSION STRAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI* (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE (A): H1 DISORDERED AND BASE ONLY IS MODELLED PHOSPHATE ION (PO4): TWO ...ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE (A): H1 DISORDERED AND BASE ONLY IS MODELLED PHOSPHATE ION (PO4): TWO PHOSPHATES MOLECULES MODELLED AT EACH ACTIVE SITE URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (U): E7, D1, I1 DISORDERED AND BASE ONLY IS MODELLED
配列の詳細	N-TERMINAL GST TAG, GST TAG REMOVED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.39 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 24% WT/V PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.1 M AMMONIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→35 Å / Num. obs: 50090 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GME

3gme

解像度: 3→34.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 37.328 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RNA CHAIN E RESIDUE 7 IS DISORDERED AND BASE IS NOT MODELLED RNA CHAINS D I AND H ARE DISORDERED AND BASE ONLY IS MODELLED. S1 DOMAINS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25391	2539	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2099	-	-	-
obs	0.21216	47529	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13720	211	30	54	14015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	14193
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.966	19274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.975	5	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.664	24.76	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.313	15	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.54	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	188	-
R_work	0.328	3210	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4676	-2.0557	-1.845	8.6637	3.4963	3.986	-0.0316	-0.0532	0.1063	-0.3922	-0.0383	-0.544	-0.1528	-0.2159	0.0699	0.6183	-0.0086	-0.0216	0.0918	0.0285	0.2133	-46.4013	54.5885	-74.6216
2	4.157	0.6238	1.1311	4.1348	-3.353	9.6021	0.0686	0.1578	0.4284	-0.5563	-0.3392	0.0715	1.0314	0.9515	0.2706	0.5669	0.0976	0.0457	0.2396	0.0214	0.0504	-21.9828	36.246	-79.1428
3	5.9419	0.8007	3.0235	3.8826	2.5874	5.7331	0.0048	0.03	-0.1671	-0.3106	0.0756	-0.0265	-0.0288	0.3218	-0.0804	0.3197	-0.0474	0.1712	0.4473	0.1022	0.1508	-18.1809	63.4945	-79.3499
4	0.9124	-0.5408	0.3961	0.6039	-0.0679	0.6285	0.0562	-0.0448	0.1421	0.0374	-0.0066	0.0069	0.4989	-0.0103	-0.0496	0.6268	0.0007	-0.0532	0.2143	-0.0186	0.2603	-39.7345	27.761	-36.2859
5	0.152	-0.2974	0.1633	1.6539	0.0163	0.438	0.029	0.1669	0.1626	0.0735	-0.1886	-0.047	0.095	0.4792	0.1596	0.0284	0.065	0.0244	0.7786	0.1145	0.3467	-0.2674	56.9861	-40.5016
6	0.3647	0.1658	-0.0575	1.1529	-0.1145	0.9193	0.0069	0.0249	-0.059	0.1181	-0.1023	0.041	-0.2767	-0.0963	0.0954	0.4329	0.0246	-0.0307	0.2912	-0.023	0.349	-44.8585	76.5288	-36.4699
7	0.0833	0.1561	-0.1968	1.1062	-0.1488	1.1333	0.034	-0.061	0.0547	-0.0673	-0.0356	0.1439	0.137	-0.1928	0.0016	0.3019	-0.0505	-0.0249	0.4128	-0.0301	0.3951	-56.65	47.2946	-39.8728
8	0.9262	0.5096	0.3188	0.5505	-0.3009	1.01	0.0398	0.105	0.0937	-0.1407	-0.1152	0.0069	0.4408	0.4087	0.0754	0.4039	0.323	0.0346	0.4816	-0.0351	0.2377	-9.6092	32.7353	-44.0443
9	0.4963	-0.1105	0.0693	0.406	-0.1191	1.0126	-0.0288	0.0728	0.0282	0.0321	-0.1814	-0.0602	-0.2199	0.2725	0.2102	0.3349	-0.1429	-0.0508	0.394	0.1127	0.3719	-20.349	81.2001	-44.1694
10	5.2753	-1.2881	2.1865	1.1893	-1.8709	2.9526	-0.3753	-0.1728	0.6322	0.2689	0.029	-0.1912	-0.4046	-0.0475	0.3463	0.7768	0.0822	-0.0084	0.325	-0.081	0.1704	-49.5469	44.356	-5.1727
11	0.3283	-1.1561	-0.2398	7.0012	4.749	5.3948	-0.2579	0.3773	0.0874	1.3074	-0.9361	0.6588	0.7502	0.3065	1.194	0.4216	-0.1683	0.0586	0.6681	0.1482	0.383	-4.6062	39.0656	-8.8134
12	2.0504	1.48	-3.4694	1.3323	-2.1349	6.3973	0.1502	-0.5606	-0.0973	0.3567	-0.3701	-0.0431	0.1556	1.0228	0.22	0.5617	-0.0418	-0.2152	0.5348	-0.0221	0.2139	-20.9525	82.5278	-7.193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	556 - 619
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	556 - 619
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	556 - 619
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	331 - 553
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	331 - 553
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	331 - 553
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	233 - 310
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	233 - 310
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	233 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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