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- PDB-4akn: N-Terminal Bromodomain of Human BRD2 With tbutyl-phenyl-amino- di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akn
タイトルN-Terminal Bromodomain of Human BRD2 With tbutyl-phenyl-amino- dimethyl-oxazolyl-quinoline-carboxylic acid
要素BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
キーワードPROTEIN BINDING / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis / histone binding / nuclear speck / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S5B / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Chung, C. / Lamotte, Y. / Donche, F. / Bouillot, A. / Mirguet, O.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Identification of a Novel Series of Bet Family Bromodomain Inhibitors: Binding Mode and Profile of I-Bet151 (Gsk1210151A).
著者: Seal, J. / Lamotte, Y. / Donche, F. / Bouillot, A. / Mirguet, O. / Gellibert, F. / Nicodeme, E. / Krysa, G. / Kirilovsky, J. / Beinke, S. / Mccleary, S. / Rioja, I. / Bamborough, P. / Chung, ...著者: Seal, J. / Lamotte, Y. / Donche, F. / Bouillot, A. / Mirguet, O. / Gellibert, F. / Nicodeme, E. / Krysa, G. / Kirilovsky, J. / Beinke, S. / Mccleary, S. / Rioja, I. / Bamborough, P. / Chung, C. / Gordon, L. / Lewis, T. / Walker, A.L. / Cutler, L. / Lugo, D. / Wilson, D.M. / Witherington, J. / Lee, K. / Prinjha, R.K.
履歴
登録2012年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22019年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,59810
ポリマ－53,3393
非ポリマー1,2597
水5,999333
1
A: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
B: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6447
ポリマ－35,5592
非ポリマー1,0855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-28.4 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
2
C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子

C: BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9076
ポリマ－35,5592
非ポリマー3484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3010 Å2
ΔGint-34.6 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.314, 55.730, 67.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / O27.1.1 / REALLY INTERESTING NEW GENE 3 PROTEIN HUMAN BRD2


分子量: 17779.547 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 67-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440

-
非ポリマー , 5種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-S5B / 4-[(2-tert-butylphenyl)amino]-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)quinoline-3-carboxylic acid


分子量: 415.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N3O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 20-26 % PEG3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 100 MM HEPES PH 7.0. AT 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→40 Å / Num. obs: 37838 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.82→67.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.36 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19731 1517 4 %RANDOM
Rwork0.16834 ---
obs0.1695 36320 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.546 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å2-0.81 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→67.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 85 333 3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193037
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.871.9414138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76934991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8325353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60525.103145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.42815548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8391510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.824→1.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 105 -
Rwork0.21 2485 -
obs--93.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9135-0.5039-0.25410.77790.11171.5245-0.0489-0.0319-0.08110.03990.00470.0866-0.0098-0.1170.04420.0320.01260.02090.0430.00530.076916.28396.75432.0946
20.48-0.333-0.12061.28930.14521.5419-0.022-0.04650.00240.1110.0738-0.0662-0.02310.0527-0.05180.05510.0146-0.02260.0235-0.00380.072534.7258.938810.8964
30.31080.01850.79321.7737-0.36882.7301-0.02460.04620.0122-0.14690.11750.0021-0.0410.0908-0.09290.01760.00650.0040.12310.01180.026-1.588518.886223.568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2B73 - 182
3X-RAY DIFFRACTION3C76 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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