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- PDB-4akd: High resolution structure of Mannose Binding lectin from Champeda... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4akd
タイトルHigh resolution structure of Mannose Binding lectin from Champedak (CMB)
要素MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mannose-specific lectin KM+
類似検索 - 構成要素
生物種ARTOCARPUS INTEGER (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures and Binding Specificity of Galactose- and Mannose-Binding Lectins from Champedak: Differences from Jackfruit Lectins
著者: Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Othman, S. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and Initial X-Ray Diffraction Analysis of a Mannose-Binding Lectin from Champedak.
著者: Gabrielsen, M. / Abdul-Rahman, P.S. / Isaacs, N.W. / Hashim, O.H. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2012年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+
B: MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+
C: MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+
D: MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,84819
ポリマ－64,7014
非ポリマー1,14715
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-76.2 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.887, 86.222, 95.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MANNOSE-SPECIFIC LECTIN KM+ / CHAMPEDAK MANNOSE BINDING LECTIN


分子量: 16175.169 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ARTOCARPUS INTEGER (植物) / 参照: UniProt: Q7M1T4
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CROSS-REFERENCE IS TO NEAREST UNIPROT BUT SEQUENCE IS VARIANT WITH GENBANK REFERENCE GB FR728241.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6
詳細: 0.1 M CADMIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 30% POLYETHYLENE GLYCOL 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.17 Å / Num. obs: 37852 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 22.4 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J4U

1j4u


解像度: 2.1→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9451 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9231 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4814. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CD CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=4814. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=15.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 1879 4.99 %RANDOM
Rwork0.1934 ---
obs0.1956 37670 99.95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9122 Å20 Å20 Å2
2---4.0715 Å20 Å2
3----1.8407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4519 0 15 277 4811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014662HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.196338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1514SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes99HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4662HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion595SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5289SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 117 4.08 %
Rwork0.2101 2754 -
all0.2105 2871 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1749-0.5063-0.21521.79360.7881.67390.0147-0.4596-0.07980.01210.02350.2921-0.1548-0.0143-0.03830.0945-0.02320.03410.1587-0.00040.0955-11.18713.3433.901
23.1515-0.6778-0.75861.68040.62441.81980.36040.4968-0.2872-0.4916-0.37680.344-0.3848-0.4770.01640.29310.1329-0.11910.2477-0.07880.1604-10.937.477.994
34.2103-0.5756-2.99060.93951.34394.98130.512-1.95390.8492-0.22390.4104-0.4099-0.81292.3684-0.92240.168-0.45650.16141.2923-0.49590.259223.217.9732.477
44.4052-0.2717-2.16910.7230.03082.28420.1694-0.3501-0.1258-0.222-0.1401-0.1379-0.16720.5293-0.02920.1814-0.0320.07040.17480.02090.091223.8464.5399.772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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