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- PDB-4ak3: Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- prop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ak3
タイトルCrystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer
要素COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FIBRILLAR COLLAGEN / EXTACELLULAR MATRIX / FIBROSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type III trimer / aorta smooth muscle tissue morphogenesis / limb joint morphogenesis / transforming growth factor beta1 production / elastic fiber assembly / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / negative regulation of neuron migration / endochondral bone morphogenesis / platelet-derived growth factor binding ...collagen type III trimer / aorta smooth muscle tissue morphogenesis / limb joint morphogenesis / transforming growth factor beta1 production / elastic fiber assembly / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / negative regulation of neuron migration / endochondral bone morphogenesis / platelet-derived growth factor binding / Extracellular matrix organization / negative regulation of immune response / layer formation in cerebral cortex / basement membrane organization / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / peptide cross-linking / Signaling by PDGF / tissue homeostasis / NCAM1 interactions / response to angiotensin / collagen fibril organization / digestive tract development / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / MET activates PTK2 signaling / Scavenging by Class A Receptors / Syndecan interactions / skin development / positive regulation of Rho protein signal transduction / SMAD binding / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / chondrocyte differentiation / Integrin cell surface interactions / supramolecular fiber organization / response to cytokine / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / response to radiation / multicellular organism growth / cerebral cortex development / platelet activation / neuron migration / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / heart development / protease binding / fibroblast proliferation / : / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1000 / Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain ...Jelly Rolls - #1000 / Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(III) chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bourhis, J.M. / Mariano, N. / Zhao, Y. / Harlos, K. / Jones, E.Y. / Moali, C. / Aghajari, N. / Hulmes, D.J.S.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Fibrillar Collagen Trimerization and Related Genetic Disorders.
著者: Bourhis, J.M. / Mariano, N. / Zhao, Y. / Harlos, K. / Exposito, J. / Jones, E.Y. / Moali, C. / Aghajari, N. / Hulmes, D.J.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Production and Crystallization of the C-Propeptide Trimer from Human Procollagen III.
著者: Bourhis, J.M. / Mariano, N. / Zhao, Y. / Walter, T.S. / El Omari, K. / Delolme, F. / Moali, C. / Hulmes, D.J. / Aghajari, N.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8552
ポリマ－28,8151
非ポリマー401
水181
1
A: COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
ヘテロ分子

A: COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
ヘテロ分子

A: COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5666
ポリマ－86,4463
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-72.3 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.047, 86.047, 72.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 COLLAGEN ALPHA-1(III) CHAIN / PROCOLLAGEN III


分子量: 28815.340 Da / 分子数: 1 / 断片: CPROPEPTIDE, RESIDUES 1222-1466 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P02461
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→43.03 Å / Num. obs: 4149 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3.2 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AE2

4ae2


解像度: 3.5→43.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.776 / SU B: 97.657 / SU ML: 0.716 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.759 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33715 192 4.6 %RANDOM
Rwork0.28276 ---
obs0.28538 3954 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1553 0 1 1 1555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9262222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75924.03262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77915179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.008156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.501→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 8 -
Rwork0.357 257 -
obs--99.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.133 Å / Origin y: 17.6626 Å / Origin z: 0.1744 Å
111213212223313233
T0.2483 Å20.0373 Å20.045 Å2-0.2227 Å2-0.0228 Å2--0.4328 Å2
L5.2604 °2-1.0753 °2-2.7492 °2-2.5658 °21.3016 °2--6.8709 °2
S-0.4975 Å °-0.1981 Å °-0.7822 Å °0.4534 Å °0.2466 Å °0.4391 Å °0.5723 Å °-0.2731 Å °0.2509 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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