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万見
- PDB-4ajm: Development of a plate-based optical biosensor methodology to ide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ajm
タイトルDevelopment of a plate-based optical biosensor methodology to identify PDE10 fragment inhibitors
要素CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / cGMP binding / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3A6 / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Geschwindner, S. / Johansson, P. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. ...Geschwindner, S. / Johansson, P. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. / Tigerstrom, A. / Aharony, D. / Albert, J.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Development of a Plate-Based Optical Biosensor Methodology to Identify Pde10 Fragment Inhibitors
著者: Geschwindner, S. / Johansson, P. / Spadola, L. / Akerud, T. / Back, E. / Hillertz, P. / Horsefeld, R. / Scott, C. / Spear, N. / Tian, G. / Tigerstrom, A. / Aharony, D. / Albert, J.S.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A
D: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4997
ポリマ－75,8692
非ポリマー6305
水1,892105
1
A: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0243
ポリマ－37,9351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
D: CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4754
ポリマ－37,9351
非ポリマー5403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.986, 81.694, 164.764
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.174, -0.943, -0.284), (0.981, -0.14, -0.135), (0.088, -0.302, 0.949)
ベクター: -0.0422, -0.77611, 0.0522)

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要素

#1: タンパク質 CAMP AND CAMP-INHIBITED CGMP 3', 5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE 10A / PHOSPHODIESTERASE 10A


分子量: 37934.602 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 439-764 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-3A6 / 3-AMINO-6-FLUORO-2-[4-(2-METHYLPYRIDIN-4-YL)PHENYL]-N-(METHYLSULFONYL)QUINOLINE-4-CARBOXAMIDE


分子量: 450.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19FN4O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細COMPLEX WITH COMPOUND AZ13118687 (RESIDUE 3A6)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.84 Å / Num. obs: 25245 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 57.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.39→2.45 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→14.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9431 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9222 / SU R Cruickshank DPI: 0.635 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.665 / SU Rfree Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.279
詳細: REFINEMENT NOTES 1: IDEAL-DIST CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5321. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM ...詳細: REFINEMENT NOTES 1: IDEAL-DIST CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN MG. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5321. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED USED: 8.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1260 5.08 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.2121 24825 91.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4693 Å20 Å20 Å2
2---5.1279 Å20 Å2
3---2.6586 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.351 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5184 0 36 105 5325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015347HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.997247HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1861SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes762HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5347HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion691SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6390SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 139 4.69 %
Rwork0.2309 2822 -
all0.2311 2961 -
obs--91.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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