PDB-4aia: The structural basis of 3-methyladenine recognition by 3- methyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aia

タイトル

The structural basis of 3-methyladenine recognition by 3- methyladenine DNA glycosylase I (TAG) from Staphylococcus aureus

要素

DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

キーワード

HYDROLASE / 3-METHYLADENINE RECOGNITION / DNA REPAIR

機能・相同性

Hypothetical protein; domain 2 / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / :

機能・相同性情報

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yan, X. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: A Model for 3-Methyladenine Recognition by 3-Methyladenine DNA Glycosylase I (Tag) from Staphylococcus Aureus.
著者: Zhu, X. / Yan, X. / Carter, L.G. / Liu, H. / Graham, S. / Coote, P.J. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Other
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aia.cif.gz	400.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aia.ent.gz	331.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4aia_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aia_full_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示
XML形式データ	4aia_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	4aia_validation.cif.gz	65.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ai4C 4ai5C 2jg6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ai5-1 2jg6-d 4ai5-2 4ai4-d 4ai5-5 4ai5-3 1c81-d 2grj-2 6pwg-2 5o9j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

B: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

C: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

D: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

E: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

109 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.000, 78.590, 179.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2010- HOH
2	1	A-2109- HOH

#1: タンパク質	DNA-3-METHYLADENINE GLYCOSYLASE I / 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE I 分子量: 21573.484 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: MSSA476 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6G8R1, DNA-3-methyladenine glycosylase I
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ADK / 3-METHYL-3H-PURIN-6-YLAMINE / 3-METHYLADENINE / 3-メチルアデニン分子量: 149.153 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇N₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29.6 Å / Num. obs: 92544 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JG6

2jg6

解像度: 1.8→28.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.544 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	4654	5 %	RANDOM
R_work	0.17846	-	-	-
obs	0.18045	87884	98.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7598	0	80	927	8605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	7972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.189	1.961	10807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.008	5	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.369	24.922	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.185	15	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.958	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	308	-
R_work	0.233	5568	-
obs	-	-	85.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6536	-0.2211	0.0009	0.9166	0.1424	0.4743	-0.0191	-0.0712	-0.005	0.0754	0.0275	0.0627	-0.0065	-0.0471	-0.0085	0.0156	0.0025	0.013	0.0143	0.0086	0.0598	20.1189	-14.7232	5.7929
2	0.7034	-0.5121	-0.1023	1.9589	0.1471	0.5511	0.0211	0.0799	-0.0167	-0.1622	0.0178	0.0131	-0.0013	0.0035	-0.0389	0.0246	-0.0049	-0.0036	0.0145	0.005	0.044	26.8658	-17.4431	-6.8932
3	1.2362	0.0869	0.2526	1.158	0.2213	0.8596	-0.0197	0.0286	0.0223	-0.0219	0.0235	0.0098	0.0158	0.0176	-0.0038	0.0639	0.0177	0.0043	0.0094	-0.0046	0.0377	11.0168	-35.7329	22.3995
4	1.8065	-0.3569	-0.0544	1.0504	0.2895	1.3048	-0.0297	-0.181	0.1788	0.149	0.0757	-0.2014	0.0215	0.172	-0.046	0.0905	0.0214	-0.0183	0.0567	-0.0333	0.0857	22.0116	-29.7609	33.1949
5	2.2684	-0.9776	0.1454	2.5104	0.2332	1.0596	-0.0502	-0.21	0.0437	0.1294	0.0499	-0.094	-0.0954	-0.0113	0.0003	0.1259	0.0418	0.0139	0.1383	-0.0177	0.0881	12.8062	3.465	83.0936
6	2.3675	-1.2614	0.2449	3.1657	0.5061	1.2149	0.0699	0.0878	-0.4922	-0.1406	-0.0684	0.463	0.0507	-0.1589	-0.0014	0.1117	0.0285	-0.0161	0.1599	-0.034	0.1961	4.9274	-7.8164	73.7138
7	0.8374	-0.0405	-0.4053	1.0375	0.0215	2.5061	-0.05	-0.4062	-0.0518	0.205	0.0382	-0.0425	0.1151	0.1384	0.0118	0.1521	0.0742	-0.0198	0.2555	0.0379	0.1134	-11.5511	-11.5543	50.5746
8	2.4851	-0.5987	-0.7421	0.6158	0.3315	2.8462	-0.0417	-0.1886	-0.1856	0.0519	0.0318	0.059	0.1961	-0.1768	0.0099	0.1293	0.0277	0.0067	0.0935	0.028	0.1089	-18.3709	-14.5636	37.9008
9	2.4746	-0.8329	1.1492	1.9292	-0.0622	1.973	0.3142	0.8215	-0.1282	-0.5038	-0.3756	0.1001	0.03	0.3324	0.0613	0.2601	0.1908	-0.0067	0.4309	-0.0781	0.1199	25.7508	-13.5997	55.4871
10	2.8644	-1.1849	1.0784	2.6489	-0.4934	3.1554	0.0527	0.4336	0.2871	-0.1396	-0.2285	-0.1623	-0.2535	0.2782	0.1757	0.1291	0.044	0.0111	0.1979	0.0293	0.1398	29.9891	-6.1216	67.3073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	126 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	108 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	108 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-1 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	126 - 186
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	-1 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	126 - 186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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