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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ahz | ||||||
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タイトル | Flo5A showing a heptanuclear gadolinium cluster on its surface after 60 min of soaking | ||||||
![]() | FLOCCULATION PROTEIN FLO5 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / ADHESIN / FLOCCULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() flocculation / fungal-type cell wall / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / side of membrane / cell periphery / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Veelders, M. / Essen, L.-O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complex Gadolinium-Oxo Clusters Formed Along Concave Protein Surfaces. 著者: Veelders, M. / Essen, L.-O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29097.939 Da / 分子数: 1 / 断片: LECTIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 23-271 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SOAKED 90 MIN WITH GDAC3 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GD / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 200 MM BISTRIS PROPANE, 500 MM NACL, 3 MM GDAC3, 20% PEG 4000, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月2日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.27 Å / Num. obs: 24900 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XJP 解像度: 1.9→19.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.919 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 197 - 199 ARE NOT WELL DEFINED. RESIDUES 199 - 204 HAVE BEEN MODELLED IN TWO DISTINCT CONFORMATION
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.17 Å
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拘束条件 |
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