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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ah0 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DB 985-D(CGCAAATTTGCG)2 COMPLEX AT 1.20 A RESOLUTION | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / MINOR GROOVE / DODECAMER / A3T3 / DNA-DRUG COMPLEX / DNA HYDRATION / HYDRATED MAGNESIUM | 機能・相同性 | Chem-D98 / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | データ登録者 | Munnur, D.G. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T. / Teixeira, S.C.M. / Neidle, S. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: A Detailed Study of Water Network in the Minor Groove of D(Cgcgaattcgcg)2 and D(Cgcaaatttgcg)2 in Presence of Linear Groove Binders 著者: Munnur, D.G. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T. / Teixeira, S.C.M. / Neidle, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ah0.cif.gz | 43.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ah0.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ah0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ah0_validation.pdf.gz | 617.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ah0_full_validation.pdf.gz | 626.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ah0_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ah0_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ah0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ah0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-D98 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MAGNESIUM CHLORIDE, DNA, DB985, MPD, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 285 K, PH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→40.29 Å / Num. obs: 20606 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1S2R 解像度: 1.2→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.282 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES - REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.068 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→14.4 Å
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拘束条件 |
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