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万見
- PDB-4agh: Structural features of ssDNA binding protein MoSub1 from Magnapor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4agh
タイトルStructural features of ssDNA binding protein MoSub1 from Magnaporthe oryzae
要素MOSUB1, TRANSCRIPTION COFACTOR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / SSDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II transcriptional coactivator Sub1/Tcp4-like / Transcriptional coactivator p15 (PC4), C-terminal / Transcriptional Coactivator p15 (PC4) / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator p15 (PC4) C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNAPORTHE ORYZAE (イネいもち病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.787 Å
データ登録者Huang, J. / Zhao, Y. / Huang, D. / liu, J. / Peng, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural Features of the Single-Stranded DNA-Binding Protein Mosub1 from Magnaporthe Oryzae.
著者: Huang, J. / Zhao, Y. / Huang, D. / Liu, H. / Justin, N. / Zhao, W. / Liu, J. / Peng, Y.
履歴
登録2012年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOSUB1, TRANSCRIPTION COFACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9181
ポリマ－16,9181
非ポリマー00
水1,964109
1
A: MOSUB1, TRANSCRIPTION COFACTOR

A: MOSUB1, TRANSCRIPTION COFACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8362
ポリマ－33,8362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area3210 Å2
ΔGint-25.1 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.109, 60.109, 114.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 MOSUB1, TRANSCRIPTION COFACTOR


分子量: 16917.803 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-162 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MAGNAPORTHE ORYZAE (イネいもち病菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: G4NEJ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9715
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→57.2 Å / Num. obs: 12162 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 1.787→47.381 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 582 4.8 %
Rwork0.1757 --
obs0.177 12162 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.434 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1732 Å20 Å20 Å2
2---0.1732 Å20 Å2
3---0.3465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.787→47.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数632 0 0 109 741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.056863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.017245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7866-1.96640.25171460.21842781X-RAY DIFFRACTION99
1.9664-2.25090.18441440.16492844X-RAY DIFFRACTION100
2.2509-2.83590.20581520.16592876X-RAY DIFFRACTION100
2.8359-47.3980.20221400.17623079X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8731-2.986-4.33564.2494.01034.4157-0.3808-0.3777-0.37050.45980.134-0.12550.80370.26230.2220.27430.020.02690.18860.03680.2613-2.095717.00989.6805
24.46780.9364-2.27835.4385-2.29064.5072-0.08390.3218-0.263-0.19690.12290.07290.2696-0.1225-0.06280.1041-0.01860.02130.1443-0.02670.1813-8.673419.9824.4886
34.33861.2806-3.12023.1871-3.81076.8876-0.390.06-0.3328-0.25960.01340.18920.48750.0210.05460.2121-0.03960.08550.19190.00670.2316-13.356412.976812.0573
42.77351.62681.02524.74374.59186.7908-0.01950.04270.2528-0.29520.1496-0.1779-0.47290.3456-0.14920.11730.01380.02140.11480.00310.1811-5.848136.55558.5319
53.2544-3.1824-2.00793.89070.96222.57850.20630.69110.4964-0.0787-0.2-1.20680.10071.01950.06410.27390.02580.00510.5301-0.05880.4228-1.132238.611421.3105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 38:54)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 55:76)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 77:85)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 86:110)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 111:117)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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