PDB-4ag5: Structure of VirB4 of Thermoanaerobacter pseudethanolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ag5

タイトル

Structure of VirB4 of Thermoanaerobacter pseudethanolicus

要素

TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / TYPE IV SECRETION / CONJUGATION

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Wallden, K. / Williams, R. / Yan, J. / Lian, P.W. / Wang, L. / Thalassinos, K. / Orlova, E.V. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure of the VirB4 ATPase, alone and bound to the core complex of a type IV secretion system.
著者: Karin Walldén / Robert Williams / Jun Yan / Pei W Lian / Luchun Wang / Konstantinos Thalassinos / Elena V Orlova / Gabriel Waksman /

要旨: Type IV secretion (T4S) systems mediate the transfer of proteins and DNA across the cell envelope of bacteria. These systems play important roles in bacterial pathogenesis and in horizontal transfer ...

履歴

登録	2012年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ag5.cif.gz	520.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ag5.ent.gz	427.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ag5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2136C 2137C 4ag6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i09-d 4ag6-2 1hjw-d 5gm8-d 1pe9-d 2iry-d 1ce2-d 1pzx-d 2ag2-d 2wt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

B: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

C: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

D: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

D: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

C: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.080, 110.800, 156.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN / VIRB4 ATPASE 分子量: 44165.949 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 203-594 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: B0KAW2

#1: タンパク質

TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN / VIRB4 ATPASE

分子量: 44165.949 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 203-594 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: B0KAW2

-
非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→54.04 Å / Num. obs: 69350 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 46.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AG6

4ag6

解像度: 2.45→54.04 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2877	3374	5.1 %
R_work	0.2334	-	-
obs	0.2362	66795	95.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.709 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.8478 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	16.8289 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.9811 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→54.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9842	0	80	161	10083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.152	13774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.049	3584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.5376	0.3266	278	0.2837	5796	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5376-2.6392	0.3657	320	0.2878	5764	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6392-2.7593	0.3164	348	0.2537	6054	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7593-2.9047	0.319	359	0.255	6268	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9047-3.0867	0.3354	342	0.2541	6434	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0867-3.325	0.2956	352	0.2298	6472	X-RAY DIFFRACTION	99
3.325-3.6596	0.263	338	0.2208	6567	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6596-4.1889	0.2655	372	0.21	6502	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1889-5.2769	0.2488	329	0.1971	6697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2769-54.0531	0.3008	336	0.2588	6867	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1427	0.0588	0.1498	0.2938	0.4041	0.3423	0.4892	-0.2968	0.508	-0.0462	-0.1357	0.0242	-0.4942	-0.208	-0.0003	0.3446	0.1044	0.0385	0.2421	-0.0871	0.3407	4.6763	36.2952	70.8798
2	0.2261	0.4566	-0.0526	1.0884	-0.2537	0.0819	0.0707	0.0373	-0.0266	-0.3099	0.0101	-0.1081	0.1676	-0.256	0	0.336	0.0789	0.0131	0.1256	0.0424	0.2503	0.9178	24.9844	67.7692
3	0.3041	0.1323	0.4293	0.534	0.6327	0.6575	-0.1955	-0.8211	0.3039	0.2152	0.8452	-0.3522	0.4164	0.5467	0.0171	0.3769	0.0964	0.0443	0.2743	0.0193	0.2246	-1.8312	15.9866	73.1886
4	-0.0085	0.4389	0.23	0.3975	-0.4851	0.521	0.1596	-0.1852	-0.0894	0.2995	-0.0385	-0.2863	0.4594	0.1073	0.0002	0.309	0.0361	-0.0352	0.2884	-0.0006	0.2299	1.7429	6.1421	75.6988
5	0.0051	-0.0535	-0.0199	0.0353	0.0133	0.1017	-0.2225	-0.3736	-0.0906	-0.1367	0.1787	0.0051	0.2301	-0.3797	0	0.3317	-0.0841	-0.066	0.1765	0.1742	0.3366	-16.4485	2.9238	65.1252
6	0.6298	0.781	0.0447	0.6487	0.2193	0.0575	-0.3695	0.6937	0.8911	0.026	0.4682	0.2838	0.4454	-0.0037	0.0136	0.3797	-0.0151	-0.2069	0.4389	0.1209	0.3403	-14.892	1	53.3138
7	1.0767	1.024	-0.4837	0.9318	0.6378	0.5817	-0.2037	-0.1937	0.3055	0.1053	0.2881	0.5584	0.3796	0.1802	-0.0024	0.2765	-0.094	-0.1047	0.253	0.0323	0.3569	-20.5905	-6.8597	60.61
8	1.107	1.3969	0.1327	1.6225	0.9461	0.9742	-0.043	0.188	-0.0882	-0.0091	0.1342	-0.0804	0.0042	0.0921	-0	0.2932	0.0008	-0.0572	0.2138	0.0132	0.2319	-5.9778	-1.2452	62.1684
9	0.7918	0.5942	0.1747	0.4396	0.1526	0.2202	-0.0443	-1.6103	0.3092	0.3363	-0.446	0.7371	-0.2546	-0.7811	-0.0207	0.2152	0.0475	0.0547	0.2078	0.1231	0.2938	-13.564	17.6848	72.8581
10	2.4041	1.011	-0.7709	3.414	1.2071	1.8843	-0.1449	0.3764	0.0644	-0.6236	0.2481	-0.1744	-0.202	0.001	0.0827	0.2291	0.033	0.0206	0.1031	0.1043	0.0824	2.3489	22.3462	58.2888
11	1.9981	0.0495	0.1649	5.4689	2.5606	1.8199	-0.3013	0.7825	0.1449	-1.4664	1.275	-0.8448	-1.1055	-0.3371	0.462	0.46	0.0699	-0.258	0.2434	0.3268	0.0966	-0.0496	31.8337	13.9511
12	1.6091	-1.3915	0.5979	0.6952	-0.4278	0.3008	0.2542	0.2012	0.0082	0.0348	-0.1178	0.0895	-0.1762	-0.2659	0	0.3634	-0.0461	-0.0765	0.2951	0.0483	0.2058	0.9756	16.7853	14.9171
13	0.242	-0.0491	0.0143	0.2307	0.0843	0	-0.5608	0.9456	-0.3696	-1.4223	0.7981	0.6277	0.7888	-0.7003	0.0002	0.5799	0.0077	-0.3051	0.617	0.0869	0.5939	0.3213	3.6939	6.9013
14	0.3058	-0.329	-0.5	0.296	0.2889	0.5021	0.3907	0.495	0.6706	-0.1672	-0.4848	0.2213	-0.0125	-0.048	0.0002	0.283	0.0326	-0.0887	0.4762	0.092	0.4512	22.0067	0.7576	18.8267
15	0.1647	-0.2496	0.0021	0.5365	-0.1412	0.4022	0.3806	-0.541	-0.1464	-0.0538	-0.0217	-0.003	0.1211	0.0443	0.0001	0.3744	-0.0371	-0.1253	0.0918	0.0196	0.3254	18.9584	-6.1127	31.6591
16	1.7176	0.1318	0.4395	0.6882	0.5084	0.9179	0.4325	0.9229	-0.333	0.0894	-0.5039	-0.3279	0.3745	0.4947	-0.0279	0.3054	0.0528	-0.057	0.3117	-0.0201	0.3375	23.9981	-12.1731	21.9556
17	0.0946	-0.2438	0.3991	1.3363	-0.1879	0.2456	0.4156	-0.1721	-0.0345	-0.9739	-1.1312	0.3609	0.2593	-0.2693	-0.1761	0.3956	-0.1216	-0.1252	0.347	-0.066	0.2685	10.0479	-9.7881	17.2313
18	1.2433	-1.2837	1.1586	1.0404	-0.47	0.5394	-0.0291	0.3749	-0.4158	-0.095	0.032	-0.1679	0.0056	-0.0601	0.0002	0.2971	-0.013	-0.1104	0.3467	0.0374	0.3107	8.0099	2.9901	17.3326
19	1.1625	-0.5529	0.5303	1.9823	0.6231	0.3996	-0.0989	0.0268	-0.0452	0.214	-0.1378	-0.1812	-0.2782	-0.3028	0.0001	0.2733	-0.0897	-0.1067	0.2213	0.0363	0.2773	10.0741	13.1219	25.1928
20	1.0465	-0.3715	0.0047	0.9972	-0.0844	1.001	0.0997	-0.0272	0.0066	0.4168	0.153	0.1512	-0.6649	-1.0322	0.0119	0.3393	0.0495	-0.0534	0.5907	-0.0119	0.2322	-4.6742	24.5944	25.709
21	0.5161	-0.2788	0.9948	0.1274	-0.4651	2.0854	-0.2635	-0.6634	-1.2382	-0.0809	0.5378	-0.2388	2.1163	-1.0101	0.0538	0.541	0.9535	-0.6311	0.9567	-1.1243	0.9934	37.3816	9.6614	66.4677
22	0.989	0.7132	1.481	1.2495	0.7851	2.3284	-3.3172	-0.8643	1.8514	-1.596	0.5034	-0.9979	-0.4295	2.6101	-0.189	0.3239	0.8952	-0.3387	0.7487	-0.7164	1.0318	43.2869	2.2653	64.4306
23	-0.0146	0.0102	0.0224	0.0038	0.0458	0.0153	-0.4083	-0.6999	-0.213	-0.0701	0.4603	-0.2448	-0.4565	0.3297	0	1.1028	0.8431	-0.6008	0.9715	-0.6426	0.7086	51.1534	-0.0888	66.3872
24	0.0847	0.0045	-0.0729	0.1771	-0.1045	0.093	-1.0129	-1.5178	1.127	0.3933	-1.123	0.3457	-0.0041	0.9123	-0	0.4087	0.2102	-0.3225	0.7028	-0.0724	0.6967	51.9058	-2.4722	51.5176
25	1.1332	-0.694	1.3473	1.4234	0.1573	1.5496	-0.3902	0.1249	0.7499	0.2872	-0.0593	0.1831	-0.0458	0.228	-0.2917	0.2286	0.0102	-0.2155	0.2604	-0.0259	0.533	34.8349	-1.8477	38.8641
26	1.7094	-0.8164	1.0131	0.537	-0.0436	2.0401	0.0384	0.9588	0.187	0.1249	0.0732	-0.167	0.7566	0.7171	-0.3116	0.3274	0.083	-0.1299	0.5077	0.1324	0.3878	41.0705	-8.4313	31.6394
27	0.9959	-0.3063	-2.0713	0.7131	1.4201	5.4988	-1.5367	0.0853	0.1408	0.0174	-0.244	-0.8705	0.7766	0.9401	-0.2219	0.1784	-0.3553	-0.5452	1.0459	0.3864	1.2427	52.1216	0.7798	37.3516
28	1.4714	-0.5	-0.3373	0.7331	0.6828	2.1345	-1.195	-0.7717	1.2546	0.8013	0.6649	-0.5346	0.2332	0.3935	-0.2388	0.6423	0.3076	-0.5065	0.5004	-0.2369	0.9412	44.154	0.0022	51.5811
29	1.3893	-0.0063	0.4025	0.3009	0.5081	0.7322	-1.0118	-0.9296	1.4639	0.2218	0.2599	0.3439	0.3217	-0.4898	-0.0276	0.6164	0.2235	-0.4738	0.4494	-0.3578	1.0862	32.8542	3.1991	54.2463
30	0.0575	-0.1588	0.0782	0.1467	0.0202	0.0116	-0.5124	0.3534	0.8124	0.2687	-0.5112	-0.6426	0.2881	-0.7927	-0	0.8703	0.4583	-0.7617	0.6961	-0.3743	1.6948	26.5762	11.5082	56.2402
31	0.1775	0.1065	0.1673	0.0435	-0.0362	0.3112	-0.6771	-0.0892	-0.0448	-0.2448	0.8502	-0.5768	0.5881	-1.1714	0	1.0566	-0.3588	0.259	1.3634	-0.003	0.678	-23.2696	12.9492	13.9961
32	0.4638	0.0575	0.3321	0.0137	0.0596	0.5099	-0.9893	-0.618	0.9824	-0.9228	-1.1793	0.1771	0.3873	-0.4127	-0.0112	0.1984	-0.0057	0.1197	1.4214	0.5465	0.9822	-38.2441	13.3782	11.482
33	0.0877	0.3806	-0.0986	0.377	-0.1979	0.0462	-0.5465	0.0759	0.7201	-0.3193	0.3781	0.3367	0.6325	-0.7544	0	0.7114	0.0803	-0.1432	1.6227	0.0065	0.543	-41.4366	4.4876	14.5562
34	0.8089	-0.7943	0.451	0.3889	-0.1558	0.2059	-0.4885	-0.0161	-0.6606	-0.0231	0.7938	0.6938	-0.0829	-0.1081	-0.1108	0.1205	-0.3334	-0.2179	1.4649	0.4388	0.44	-29.2474	-4.347	36.7806
35	2.7855	-1.5996	-1.7496	1.3536	1.1823	1.2844	0.7103	-0.8834	1.1219	-0.4145	0.2648	-0.3699	-0.556	-0.4073	0.3214	0.2268	-0.3537	-0.5118	1.3737	0.6421	0.6951	-33.3323	7.3845	42.0914
36	2.381	1.0334	0.8473	0.4332	0.2298	1.5876	-0.5671	1.1434	1.0494	-0.0711	0.265	0.6388	0.2642	-0.1302	-0.4717	0.3136	-0.2309	-0.2184	0.8289	0.3028	0.7473	-35.1159	-3.5618	48.6526
37	0.0519	0.0608	-0.0687	0.004	-0.0579	0.0086	-0.0321	0.4519	-0.4248	0.0385	-0.2895	0.053	0.2578	-0.0403	0	0.3966	-0.3815	-0.5121	2.0258	1.297	1.5267	-45.7959	-0.1222	38.3821
38	0.2756	-1.0703	0.1345	1.1206	-1.037	1.2599	0.3101	0.3317	0.7352	0.0473	-0.2616	-0.0894	0.1348	-0.4466	-0.0001	0.4994	-0.1628	-0.1329	1.1654	0.1595	0.5679	-35.1094	7.1513	28.8887
39	0.1387	0.4458	-0.4962	0.1455	-0.3702	0.5172	0.4654	-0.3168	0.5886	-0.0698	0.3304	0.2443	-0.4056	0.4063	-0	0.4077	-0.1814	0.0041	1.3001	-0.199	0.8183	-25.8613	13.1548	26.0773
40	0.0149	0.0824	0.1308	0.0069	0.0653	0.0745	-0.3234	-0.5891	0.1796	0.7809	-0.4246	-0.4207	-1.2871	0.8758	0	0.9407	-0.1982	-0.0093	1.0246	0.1916	0.6503	-26.7058	22.3573	22.0521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 205:228)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 229:262)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 263:274)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 275:297)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 298:317)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 318:344)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 345:390)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 391:458)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 459:468)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 469:588)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 205:231)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 232:278)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 279:293)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 294:329)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 330:352)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 353:404)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 405:423)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 424:461)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 462:525)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 526:587)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 238:257)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN C AND RESID 258:277)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN C AND RESID 278:287)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 288:298)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID 299:347)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 348:403)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN C AND RESID 404:416)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN C AND RESID 417:459)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN C AND RESID 460:503)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 504:532)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN D AND RESID 228:248)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN D AND RESID 249:258)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN D AND RESID 259:288)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN D AND RESID 289:328)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN D AND RESID 329:338)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN D AND RESID 339:408)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID 409:418)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 419:488)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 489:519)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 520:545)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 170分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 170分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 170分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)