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- PDB-4ag0: Crystal structure of FimX EAL domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ag0
タイトルCrystal structure of FimX EAL domain
要素FIMX
キーワードHYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / C-DIGMP / BIOFILM
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / FimX
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Nonin-Lecomte, S. / Rety, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of an Eal Domain in Complex with Reaction Product 5'-Pgpg
著者: Robert-Paganin, J. / Nonin-Lecomte, S. / Rety, S.
履歴
登録2012年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMX
B: FIMX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9096
ポリマ－60,5652
非ポリマー3444
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-37.4 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.530, 87.660, 108.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FIMX


分子量: 30282.393 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL DOMAIN, RESIDUES 439-691 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA4959 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q9HUK6, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M NA ACETATE PH 4.5, 0.4 M K2HPO4, 1.2 M NAH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.05 Å / Num. obs: 27564 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 52.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.21
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R6O

2r6o


解像度: 2.304→40.626 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 1357 4.9 %
Rwork0.2091 --
obs0.2127 27552 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.902 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.1824 Å20 Å20 Å2
2---15.329 Å20 Å2
3---0.1465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→40.626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 0 19 115 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5515425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.351453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3041-2.38650.39731330.30072532X-RAY DIFFRACTION98
2.3865-2.4820.27861460.25642602X-RAY DIFFRACTION100
2.482-2.5950.36961220.25432602X-RAY DIFFRACTION100
2.595-2.73180.32361260.23762611X-RAY DIFFRACTION100
2.7318-2.90290.30391390.22032615X-RAY DIFFRACTION100
2.9029-3.12690.29261480.24072606X-RAY DIFFRACTION100
3.1269-3.44140.30191450.21182612X-RAY DIFFRACTION100
3.4414-3.93910.29421490.20832637X-RAY DIFFRACTION100
3.9391-4.96140.25391300.17432676X-RAY DIFFRACTION99
4.9614-40.6320.24151190.19232702X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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