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- PDB-4afy: Crystal structure of the FimX EAL domain in complex with reaction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afy
タイトルCrystal structure of the FimX EAL domain in complex with reaction product pGpG
要素
  • 5'-R(*GP*GP)-3'
  • FIMX
キーワードHYDROLASE / CDIGMP BIOFILM / PHOSPHODIESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / cell envelope / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Uncharacterized protein / FimX
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Robert-Paganin, J. / Nonin-Lecomte, S. / Rety, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of an Eal Domain in Complex with Reaction Product 5'-Pgpg
著者: Robert-Paganin, J. / Nonin-Lecomte, S. / Rety, S.
履歴
登録2012年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIMX
B: FIMX
C: 5'-R(*GP*GP)-3'
D: 5'-R(*GP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9759
ポリマ－61,8564
非ポリマー1195
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-76.7 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.330, 104.330, 154.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2055-

HOH

21B-2037-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FIMX


分子量: 30282.393 Da / 分子数: 2 / 断片: EAL DOMAIN, RESIDUES 439-691 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA4959 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 2
参照: UniProt: Q02F59, UniProt: Q9HUK6*PLUS, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP)-3'


分子量: 645.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: HEPES 0.1 M PH 8.0, NAH2PO4 0.8 M K2HPO4 0.8 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 57232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R6O

2r6o


解像度: 2.01→43.209 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2890 5.1 %
Rwork0.2085 --
obs0.2101 57230 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.985 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5263 Å20 Å20 Å2
2--0.5263 Å20 Å2
3----1.0526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.209 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3912 92 5 268 4277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4075581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9521503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0101-2.0430.29051410.27942510X-RAY DIFFRACTION99
2.043-2.07830.29711260.24782554X-RAY DIFFRACTION100
2.0783-2.11610.30361180.24862573X-RAY DIFFRACTION100
2.1161-2.15680.28061230.24212537X-RAY DIFFRACTION100
2.1568-2.20080.32251360.24332566X-RAY DIFFRACTION100
2.2008-2.24860.28691360.23892549X-RAY DIFFRACTION100
2.2486-2.30090.28051190.22462561X-RAY DIFFRACTION100
2.3009-2.35850.31321140.21682589X-RAY DIFFRACTION100
2.3585-2.42220.26281320.23512572X-RAY DIFFRACTION100
2.4222-2.49350.27741490.22032556X-RAY DIFFRACTION100
2.4935-2.5740.27251450.2222531X-RAY DIFFRACTION100
2.574-2.6660.26121500.21152575X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.77270.24111460.21692566X-RAY DIFFRACTION100
2.7727-2.89890.23431350.20982584X-RAY DIFFRACTION100
2.8989-3.05170.25171340.21912599X-RAY DIFFRACTION100
3.0517-3.24280.22251470.20872573X-RAY DIFFRACTION100
3.2428-3.49310.24231660.20912583X-RAY DIFFRACTION100
3.4931-3.84440.24471330.20382620X-RAY DIFFRACTION100
3.8444-4.40020.19061510.17342636X-RAY DIFFRACTION100
4.4002-5.5420.20531490.17422669X-RAY DIFFRACTION100
5.542-43.21850.2331400.22172837X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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