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万見
- PDB-4afg: Capitella teleta AChBP in complex with varenicline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afg
タイトルCapitella teleta AChBP in complex with varenicline
要素CAPITELLA TELETA ACHBP
キーワードACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / NICOTINIC RECEPTOR / ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
VARENICLINE / Achbp
類似検索 - 構成要素
生物種CAPITELLA TELETA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Brams, M. / Ulens, C. / Spurny, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular Actions of Smoking Cessation Drugs at Alpha4Beta2 Nicotinic Receptors Defined in Crystal Structures of a Homologous Binding Protein.
著者: Billen, B. / Spurny, R. / Brams, M. / Van Elk, R. / Valera-Kummer, S. / Yakel, J.L. / Voets, T. / Bertrand, D. / Smit, A.B. / Ulens, C.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPITELLA TELETA ACHBP
B: CAPITELLA TELETA ACHBP
C: CAPITELLA TELETA ACHBP
D: CAPITELLA TELETA ACHBP
E: CAPITELLA TELETA ACHBP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,14415
ポリマ－132,1555
非ポリマー3,98910
水10,629590
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20750 Å2
ΔGint-15.5 kcal/mol
Surface area42400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.236, 112.549, 134.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
CAPITELLA TELETA ACHBP


分子量: 26430.957 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAPITELLA TELETA (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: I6L8L2*PLUS

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糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 595分子

#6: 化合物
ChemComp-QMR / VARENICLINE / バレニクリン


分子量: 211.262 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N3 / コメント: 薬剤, アゴニスト*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GENBANK: EY637248.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.43 Å / Num. obs: 81577 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 30.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UZ6

2uz6


解像度: 2.001→43.429 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 4075 5 %
Rwork0.172 --
obs0.1746 81489 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.906 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.189 Å20 Å20 Å2
2---5.9842 Å20 Å2
3----1.2049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→43.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8549 0 275 590 9414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29912401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8963366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051552
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0013-2.02490.32371330.26482517X-RAY DIFFRACTION95
2.0249-2.04960.26041370.23182619X-RAY DIFFRACTION100
2.0496-2.07550.29351400.21842651X-RAY DIFFRACTION100
2.0755-2.10280.26371390.21842636X-RAY DIFFRACTION100
2.1028-2.13160.28151400.20862663X-RAY DIFFRACTION100
2.1316-2.16210.27541380.19822627X-RAY DIFFRACTION100
2.1621-2.19440.23541400.19862664X-RAY DIFFRACTION100
2.1944-2.22870.27581390.19742641X-RAY DIFFRACTION100
2.2287-2.26520.27331400.18912665X-RAY DIFFRACTION100
2.2652-2.30430.24311390.17782627X-RAY DIFFRACTION100
2.3043-2.34620.24021410.17712683X-RAY DIFFRACTION100
2.3462-2.39130.23881380.18032640X-RAY DIFFRACTION100
2.3913-2.44010.26651410.19232658X-RAY DIFFRACTION100
2.4401-2.49310.2621400.1852671X-RAY DIFFRACTION100
2.4931-2.55110.23861400.17742664X-RAY DIFFRACTION100
2.5511-2.61490.2461390.17262635X-RAY DIFFRACTION100
2.6149-2.68560.25591410.17632680X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-2.76460.23451400.18072655X-RAY DIFFRACTION100
2.7646-2.85380.27261410.17752677X-RAY DIFFRACTION100
2.8538-2.95580.24981410.17682678X-RAY DIFFRACTION100
2.9558-3.07410.20341410.17332682X-RAY DIFFRACTION100
3.0741-3.2140.21511410.1662677X-RAY DIFFRACTION100
3.214-3.38340.20881410.17362672X-RAY DIFFRACTION100
3.3834-3.59530.21591420.17482700X-RAY DIFFRACTION100
3.5953-3.87270.19321410.15892690X-RAY DIFFRACTION100
3.8727-4.26210.17041430.14022705X-RAY DIFFRACTION100
4.2621-4.87810.15951440.12222746X-RAY DIFFRACTION100
4.8781-6.14320.21181440.16352733X-RAY DIFFRACTION99
6.1432-43.43910.24331510.19112858X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2071-0.19030.05771.39570.062.4988-0.0129-0.078-0.04110.13610.0077-0.1572-0.00730.16190.01770.11160.0146-0.03840.1158-0.0110.159634.8437-15.163914.9077
21.15280.1931-0.3181.59450.33922.00760.1034-0.06270.10830.02780.0299-0.1968-0.36170.285-0.07290.2176-0.08040.01830.1968-0.02970.231439.872111.182913.2845
31.2388-0.1343-0.13381.4279-0.05521.99840.0954-0.00560.2314-0.086-0.02670.0545-0.3842-0.0501-0.04280.3620.01390.06110.1239-0.00070.238315.946323.32612.2791
41.53960.0780.06131.4852-0.11272.21950.01670.00420.0917-0.0217-0.05590.2649-0.1703-0.34020.04730.14330.0759-0.00360.16590.00790.197-3.4824.904313.4324
51.09450.05390.13951.75760.25462.8612-0.0005-0.088-0.07650.156-0.03510.08830.1133-0.06040.03470.0971-0.0256-0.00520.12360.00710.15058.6756-19.170914.8284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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